Aprendizado de m quina simb lico
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Aprendizado de Máquina Simbólico PowerPoint PPT Presentation


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Aprendizado de Máquina Simbólico. José Augusto Baranauskas [email protected] http://www.fmrp.usp.br/augusto Departamento de Física e Matemática – DFM Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto – FFCLRP Universidade de São Paulo – USP 5-13 de Maio de 2003

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Aprendizado de Máquina Simbólico

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Aprendizado de m quina simb lico

Aprendizado de MáquinaSimbólico

José Augusto Baranauskas

[email protected]

http://www.fmrp.usp.br/augusto

Departamento de Física e Matemática – DFM

Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto – FFCLRP

Universidade de São Paulo – USP

5-13 de Maio de 2003

Ribeirão Preto, SP


Coleta de dados

Coleta de Dados

  • Pessoas são naturalmente observadoras


Coleta de dados1

Coleta de Dados

  • Geralmente observamos processos que ocorrem na natureza ou criados pelo homem e tentamos compreendê-los


Coleta de dados2

Coleta de Dados

  • Em algumas situações, um ser humano pode decidir medir ou coletar algumas variáveis (ou atributos) do processo em questão para facilitar a compreensão


Armazenamento de dados

Armazenamento de Dados

Memória humana

Papéis ou fichas

Arquivos texto ou planilhas

DBMS

Data Marting ou Data Warehousing


Queries sobre os dados

Queries sobre os Dados

  • Embora o modo tradicional de interagir com os dados seja satisfatório para consultas bem definidas, ele não é projetado para responder questões do tipo

    • É possível prever o comportamento do processo em questão?

    • Como os dados podem ser usados para construir classificadores do processo a partir do qual os dados foram coletados?

    • Como entender melhor os dados e usá-los para obter algum tipo de vantagem ou tornar o processo melhor?


Aprendizado indutivo

Aprendizado Indutivo

  • Um sistema de aprendizado [supervisionado] é um programa de computador que toma decisões baseadas na experiência contida em exemplos solucionados com sucesso(Weiss & Kulikowski 1991)

  • A indução é a forma de inferência lógica que permite obter conclusões genéricas sobre um conjunto particular de exemplos

  • Apesar da indução ser o recurso mais utilizado pelo cérebro humano, para derivar conhecimento novo, ela deve ser utilizada com cautela, pois se o número de exemplos for insuficiente, ou se os exemplos não forem bem escolhidos, as hipóteses obtidas podem ser de pouco valor


Exemplo

Exemplo

  • Um cientista está pesquisando a audição das formigas

  • A formiga está parada e o cientista dá um grito. A formiga sai correndo.

  • Ele então arranca uma das pernas da formiga, e dá outro grito, da mesma intensidade que o primeiro. A formiga corre, mas não tão depressa como anteriormente

  • O cientista então arranca as outras pernas e dá outro grito. A formiga não corre. Então ele conclui que as formigas ouvem pelas pernas.

  • A conclusão, baseada no experimento do cientista, não é válida porque ele escolheu mal as características relevantes na determinação da audição das formigas


Hierarquia do aprendizado

Aprendizado

Indutivo

Aprendizado

Supervisionado

Aprendizado

não

Supervisionado

Classificação

Regressão

Hierarquia do Aprendizado


Hierarquia do aprendizado1

Aprendizado

Indutivo

Aprendizado

Supervisionado

Aprendizado

não

Supervisionado

Classificação

Regressão

Hierarquia do Aprendizado

Efetuado a partir de

exemplos externos

(coletados)


Hierarquia do aprendizado2

Aprendizado

Indutivo

Aprendizado

Supervisionado

Aprendizado

não

Supervisionado

Classificação

Regressão

Hierarquia do Aprendizado

Exemplos

estão rotulados

(classe é conhecida)


Hierarquia do aprendizado3

Aprendizado

Indutivo

Aprendizado

Supervisionado

Aprendizado

não

Supervisionado

Classificação

Regressão

Hierarquia do Aprendizado

A classe é discreta


Exemplos

Exemplos

  • Considerando dados sobre pacientes, um médico pode diagnosticar se eles possuem ou não problemas cardíacos. Com base nos diagnósticos, o médico pode rotular os pacientes como saudáveis, doentes ou inconclusivos, determinando, desta forma, os rótulos que podem ser usados por um indutor para aprender o conceito sobre problemas cardíacos

  • Por outro lado, considerando um processo que adquire informações sobre as condições meteorológicas, tais como pressão atmosférica, temperatura, umidade relativa e tipo de condição (dia ensolarado, chuvoso, chuvisco, etc), é possível utilizar o tipo de condição como o rótulo da classe para ser utilizada por um indutor para aprender o conceito de tipo de condição atmosférica


Processo de aprendizado

Processo de Aprendizado

Especialista

Conhecimento

do Domínio

Conhecimento

do Domínio

Dados

Brutos

Classificador

Especificação

do Problema

Indutor

Exemplos

Avaliação


Processo de aprendizado1

Processo de Aprendizado

CD pode

ser usado

ao selecionar

os dados

Especialista

CD pode ser usado

para fornecer

informação já

conhecida ao indutor

Conhecimento

do Domínio

Conhecimento

do Domínio

Dados

Brutos

Classificador

Especificação

do Problema

Indutor

Exemplos

Avaliação


Processo de aprendizado2

Processo de Aprendizado

Especialista

Conhecimento

do Domínio

Conhecimento

do Domínio

Dados

Brutos

Classificador

Especificação

do Problema

Indutor

Exemplos

O classificador

gerado é avaliado

e o processo

pode ser repetido

Avaliação


Processo de aprendizado3

Processo de Aprendizado

Especialista

Classificador deve

fornecer uma

descrição compacta

do conceito

existente nos dados

Conhecimento

do Domínio

Conhecimento

do Domínio

Dados

Brutos

Classificador

Especificação

do Problema

Indutor

Exemplos

Avaliação


Processo de classifica o de novos exemplos

Processo de Classificação de Novos Exemplos

Exemplos

Não Rotulados

(sem classe)

Especialista

Conhecimento

do Domínio

Conhecimento

do Domínio

Dados

Brutos

Classificador

Classificar

Novos Exemplos

Especificação

do Problema

Indutor

Exemplos

Exemplos Rotulados

(com classe)

Avaliação


Aprendizado supervisionado

Aprendizado Supervisionado

  • Aprendizado Supervisionado (feedback)

    • Exemplo:par (x, f(x))x é a entrada (vetor de atributos)f(x) é a saída (f desconhecida!)

    • Indução ou inferência indutiva: dada uma coleção de exemplos de f, retornar uma função h que aproxima f.

    • h é denominada uma hipótese (classificador)

(a)

(b)

(d)

(c)


Tipos de classificador

Tipos de Classificador

  • Não Simbólico ou Caixa-preta

    • Não facilmente interpretado por humanos

    • Desenvolve sua própria representação de conceitos

    • Não fornece esclarecimento ou explicação sobre o processo de classificação

  • Simbólico ou Orientado a conhecimento

    • Cria estruturas simbólicas que podem ser compreendidas por seres humanos

    • ”Os resultados da indução devem ser descrições simbólicas das entidades dadas... devem ser compreensíveis como simples ‘pedaços’ de informação, diretamente interpretáveis em linguagem natural...” (Michalski 1983a)


Exemplo rvore de decis o

Is patient feeling

good?

yes

no

healthy

Has patient

pain?

no

yes

Patient´s

temperature

sick

 37

> 37

healthy

sick

Exemplo: Árvore de Decisão

Is patient feeling good = yes : healthy

Is patient feeling good = no :

:...Has patient pain = no :

:...Patient’s temperature <= 37: healthy

: Patient’s temperature > 37: sick

Has patient pain = yes : sick


Winconsin breast cancer data

Citation Request:

This breast cancer databases was obtained from the University of Wisconsin Hospitals, Madison from Dr. William H. Wolberg. If you publish results when using this database, then please include this information in your acknowledgements.

1. Title: Wisconsin Breast Cancer Database (January 8, 1991)

2. Sources:

-- Dr. WIlliam H. Wolberg (physician)

University of Wisconsin Hospitals

Madison, Wisconsin

USA

-- Donor: Olvi Mangasarian ([email protected])

Received by David W. Aha ([email protected])

-- Date: 15 July 1992

...

4. Relevant Information:

Samples arrive periodically as Dr. Wolberg reports his clinical cases. The database therefore reflects this chronological grouping of the data. This grouping information appears immediately below, having been removed from the data itself:

Group 1: 367 instances (January 1989)

Group 2: 70 instances (October 1989)

Group 3: 31 instances (February 1990)

Group 4: 17 instances (April 1990)

Group 5: 48 instances (August 1990)

Group 6: 49 instances (Updated January 1991)

Group 7: 31 instances (June 1991)

Group 8: 86 instances (November 1991)

-----------------------------------------

Total: 699 points (as of the donated datbase on 15 July 1992)

5. Number of Instances: 699 (as of 15 July 1992)

6. Number of Attributes: 10 plus the class attribute

7. Attribute Information: (class attribute has been moved to last column)

# Attribute Domain

-- -----------------------------------------

1. Sample code number id number

2. Clump Thickness 1 - 10

3. Uniformity of Cell Size 1 - 10

4. Uniformity of Cell Shape 1 - 10

5. Marginal Adhesion 1 - 10

6. Single Epithelial Cell Size 1 - 10

7. Bare Nuclei 1 - 10

8. Bland Chromatin 1 - 10

9. Normal Nucleoli 1 - 10

10. Mitoses 1 - 10

11. Class: (2 for benign, 4 for malignant)

8. Missing attribute values: 16

There are 16 instances in Groups 1 to 6 that contain a single missing

(i.e., unavailable) attribute value, now denoted by "?".

9. Class distribution:

Benign: 458 (65.5%)

Malignant: 241 (34.5%)

Winconsin Breast Cancer Data


Winconsin breast cancer data1

7. Attribute Information: (class attribute has been moved to last column)

# Attribute Domain

-- ---------------------------------------

1. Sample code number id number

2. Clump Thickness 1 - 10

3. Uniformity of Cell Size 1 - 10

4. Uniformity of Cell Shape 1 - 10

5. Marginal Adhesion 1 - 10

6. Single Epithelial Cell Size 1 - 10

7. Bare Nuclei 1 - 10

8. Bland Chromatin 1 - 10

9. Normal Nucleoli 1 - 10

10. Mitoses 1 - 10

11. Class: (2 for benign, 4 for malignant)

1000025,5,1,1,1,2,1,3,1,1,2

1002945,5,4,4,5,7,10,3,2,1,2

1015425,3,1,1,1,2,2,3,1,1,2

1016277,6,8,8,1,3,4,3,7,1,2

1017023,4,1,1,3,2,1,3,1,1,2

1017122,8,10,10,8,7,10,9,7,1,4

1018099,1,1,1,1,2,10,3,1,1,2

1018561,2,1,2,1,2,1,3,1,1,2

1033078,2,1,1,1,2,1,1,1,5,2

1033078,4,2,1,1,2,1,2,1,1,2

1035283,1,1,1,1,1,1,3,1,1,2

1036172,2,1,1,1,2,1,2,1,1,2

1041801,5,3,3,3,2,3,4,4,1,4

...

Winconsin Breast Cancer Data


Winconsin breast cancer data2

Read 699 cases (10 attributes)

Decision Tree:

Uniformity of Cell Size <= 2:

:...Bare Nuclei <= 3:

: :...Uniformity of Cell Shape <= 2: 2 (372.6)

: : Uniformity of Cell Shape > 2:

: : :...Single Epithelial Cell Size <= 3: 2 (30.8)

: : Single Epithelial Cell Size > 3: 4 (2.0)

: Bare Nuclei > 3:

: :...Clump Thickness <= 3: 2 (11.6)

: Clump Thickness > 3:

: :...Bland Chromatin > 2: 4 (8.1/0.1)

: Bland Chromatin <= 2:

: :...Marginal Adhesion <= 3: 4 (2.0)

: Marginal Adhesion > 3: 2 (2.0)

Uniformity of Cell Size > 2:

:...Uniformity of Cell Shape <= 2:

:...Clump Thickness <= 5: 2 (19.0/1.0)

: Clump Thickness > 5: 4 (4.0)

Uniformity of Cell Shape > 2:

:...Uniformity of Cell Size > 4: 4 (177.0/5.0)

Uniformity of Cell Size <= 4:

:...Bare Nuclei <= 2:

:...Marginal Adhesion <= 3: 2 (11.4/1.2)

: Marginal Adhesion > 3: 4 (3.0)

Bare Nuclei > 2:

:...Clump Thickness > 6: 4 (31.8/1.0)

Clump Thickness <= 6:

:...Uniformity of Cell Size <= 3: 4 (13/2)

Uniformity of Cell Size > 3:

:...Marginal Adhesion <= 5: 2 (5.8/1.0)

Marginal Adhesion > 5: 4 (5.0)

Evaluation on training data (699 cases):

Decision Tree

----------------

Size Errors

16 11( 1.6%) <<

(a) (b)<-classified as

---- ----

450 8(a): class 2

3 238(b): class 4

Time: 0.2 secs

Winconsin Breast Cancer Data


Winconsin breast cancer data3

Read 699 cases (10 attributes)

Options:

Pruning confidence level 75%

Test requires two branches with >= 1 items

Decision tree:

Uniformity of Cell Size <= 2:

:...Bare Nuclei <= 3:

: :...Uniformity of Cell Shape <= 2: 2 (372.6)

: : Uniformity of Cell Shape > 2:

: : :...Single Epithelial Cell Size <= 3: 2 (30.8)

: : Single Epithelial Cell Size > 3: 4 (2.0)

: Bare Nuclei > 3:

: :...Clump Thickness <= 3: 2 (11.6)

: Clump Thickness > 3:

: :...Marginal Adhesion > 8: 2 (1.0)

: Marginal Adhesion <= 8:

: :...Bland Chromatin > 1: 4 (9.1/0.1)

: Bland Chromatin <= 1:

: :...Clump Thickness <= 7: 2 (1.0)

: Clump Thickness > 7: 4 (1.0)

Uniformity of Cell Size > 2:

:...Uniformity of Cell Shape <= 2:

:...Clump Thickness > 5: 4 (4.0)

: Clump Thickness <= 5:

: :...Bare Nuclei <= 7: 2 (18.0)

: Bare Nuclei > 7: 4 (1.0)

Uniformity of Cell Shape > 2:

:...Uniformity of Cell Size <= 4:

:...Bare Nuclei <= 2:

: :...Marginal Adhesion > 3: 4 (3.0)

: : Marginal Adhesion <= 3:

: : :...Normal Nucleoli <= 7: 2 (10.4/0.2)

: : Normal Nucleoli > 7: 4 (1.0)

: Bare Nuclei > 2:

: :...Clump Thickness <= 6:

: :...Uniformity of Cell Size <= 3:

: : :...Clump Thickness > 5: 2 (1.0)

: : : Clump Thickness <= 5:

: : : :...Bare Nuclei > 7: 4 (6.0)

: : : Bare Nuclei <= 7:

: : : :...Single Epithelial Cell Size <= 3: 4 (5.0)

: : : Single Epithelial Cell Size > 3: 2 (1.0)

: : Uniformity of Cell Size > 3:

: : :...Marginal Adhesion > 5: 4 (5.0)

: : Marginal Adhesion <= 5:

: : :...Uniformity of Cell Shape <= 4: 2 (3.8)

: : Uniformity of Cell Shape > 4:

: : :...Marginal Adhesion <= 2: 4 (1.0)

: : Marginal Adhesion > 2: 2 (1.0)

: Clump Thickness > 6:

: :...Uniformity of Cell Size <= 3: 4 (10.0)

: Uniformity of Cell Size > 3:

: :...Mitoses <= 1: 4 (13.8)

: Mitoses > 1:

: :...Bare Nuclei > 8: 4 (6.0)

: Bare Nuclei <= 8:

: :...Clump Thickness <= 9: 2 (1.0)

: Clump Thickness > 9: 4 (1.0)

Uniformity of Cell Size > 4:

:...Clump Thickness > 6: 4 (106.0)

Clump Thickness <= 6:

:...Marginal Adhesion <= 1:

:...Bland Chromatin <= 3: 2 (2.0)

: Bland Chromatin > 3: 4 (2.0)

Marginal Adhesion > 1:

:...Uniformity of Cell Shape > 7: 4 (31.0)

Uniformity of Cell Shape <= 7:

:...Mitoses > 1: 4 (13.0)

Mitoses <= 1:

:...Single Epithelial Cell Size <= 4: 4 (11.0)

Single Epithelial Cell Size > 4:

:...Clump Thickness > 5:

:...Normal Nucleoli <= 8: 2 (2.0)

: Normal Nucleoli > 8: 4 (1.0)

Clump Thickness <= 5:

:...Normal Nucleoli <= 8: 4 (7.0)

Normal Nucleoli > 8:

:...Clump Thickness <= 4: 2 (1.0)

Clump Thickness > 4: 4 (1.0)

Evaluation on training data (699 cases):

Decision Tree

----------------

Size Errors

38 0( 0.0%) <<

(a) (b)<-classified as

---- ----

458 (a): class 2

241(b): class 4

Time: 0.1 secs

Winconsin Breast Cancer Data


Genetics data

1. Title of Database: Primate splice-junction gene sequences (DNA)

with associated imperfect domain theory

2. Sources:

(a) Creators:

- all examples taken from Genbank 64.1 (ftp site: genbank.bio.net)

- categories "ei" and "ie" include every "split-gene"

for primates in Genbank 64.1

- non-splice examples taken from sequences known not to include

a splicing site

(b) Donor: G. Towell, M. Noordewier, and J. Shavlik,

{towell,[email protected], [email protected]

(c) Date received: 1/1/92

4. Relevant Information Paragraph:

Problem Description:

Splice junctions are points on a DNA sequence at which `superfluous' DNA is removed during the process of protein creation in higher organisms. The problem posed in this dataset is to recognize, given a sequence of DNA, the boundaries between exons (the parts of the DNA sequence retained after splicing) and introns (the parts of the DNA sequence that are spliced out). This problem consists of two subtasks: recognizing exon/intron boundaries (referred to as EI sites), and recognizing intron/exon boundaries (IE sites). (In the biological community, IE borders are referred to a ``acceptors'' while EI borders are referred to as ``donors''.)

Attributes predicted: given a position in the middle of a window

60 DNA sequence elements (called "nucleotides" or "base-pairs"),

decide if this is a

a) "intron -> exon" boundary (ie) [These are sometimes called "donors"]

b) "exon -> intron" boundary (ei) [These are sometimes called "acceptors"]

c) neither (n)

Results of study indicated that machine learning techniques (neural networks, nearest neighbor, contributors' KBANN system) performed as well/better than classification based on canonical pattern matching (method used in biological literature).

5. Number of Instances: 3190

6. Number of Attributes: 62

-- class (one of n, ei, ie)

-- instance name

-- 60 sequential DNA nucleotide positions

7. Attribute information:

Attribute #: Description:

============ ============

1 One of {n ei ie}, indicating the class.

2 The instance name.

3-62 The remaining 60 fields are the sequence, starting at position -30 and ending at position +30. Each of these fields is almost always filled by one of

{a, g, t, c}. Other characters indicate ambiguity among the standard characters according to the following table:

character meaning

-------------------------

D A or G or T

N A or G or C or T

S C or G

R A or G

8. Missing Attribute Values: none

9. Class Distribution:

EI: 767 (25%)

IE: 768 (25%)

Neither: 1655 (50%)

Genetics Data


Genetics data1

Genetics Data

  • C,C,A,G,C,T,G,C,A,T,C,A,C,A,G,G,A,G,G,C,C,A,G,C,G,A,G,C,A,G,G,T,C,T,G,T,T,C,C,A,A,G,G,G,C,C,T,T,C,G,A,G,C,C,A,G,T,C,T,G,EI

  • A,G,A,C,C,C,G,C,C,G,G,G,A,G,G,C,G,G,A,G,G,A,C,C,T,G,C,A,G,G,G,T,G,A,G,C,C,C,C,A,C,C,G,C,C,C,C,T,C,C,G,T,G,C,C,C,C,C,G,C,EI

  • G,A,G,G,T,G,A,A,G,G,A,C,G,T,C,C,T,T,C,C,C,C,A,G,G,A,G,C,C,G,G,T,G,A,G,A,A,G,C,G,C,A,G,T,C,G,G,G,G,G,C,A,C,G,G,G,G,A,T,G,EI

  • ...


Genetics data2

Read 3190 cases (60 attributes)

Decision tree:

A29 = N: EI (1.0)

A29 in {D,S,R}: N (0.0)

A29 = C:

:...A30 = A: N (125.0/1.0)

: A30 = T: N (133.0)

: A30 = C: N (118.0)

: A30 in {N,D,S,R}: N (0.0)

: A30 = G:

: :...A31 = A: N (7.0)

: A31 = G: N (13.0)

: A31 = C: N (13.0)

: A31 in {N,D,S,R}: N (0.0)

: A31 = T:

: :...A34 = A: N (1.0)

: A34 = T: N (3.0)

: A34 = G: EI (26.0/3.0)

: A34 = C: N (3.0)

: A34 in {N,D,S,R}: EI (0.0)

A29 = T:

:...A34 = A: N (106.0)

: A34 = T: N (116.0)

: A34 = C: N (94.0/1.0)

: A34 in {N,D,S,R}: N (0.0)

: A34 = G:

: :...A30 = A: N (13.0)

: A30 = T: N (19.0)

: A30 = C: N (22.0)

: A30 in {N,D,S,R}: N (0.0)

: A30 = G:

: :...A31 = A: N (8.0)

: A31 = G: N (6.0)

: A31 = C: N (6.0)

: A31 in {N,D,S,R}: EI (0.0)

: A31 = T:

: :...A33 = A: EI (52.0)

: A33 = T: N (2.0)

: A33 = G: N (3.0/1.0)

: A33 = C: EI (4.0/1.0)

: A33 in {N,D,S,R}: EI (0.0)

A29 = A:

:...A31 = A: N (118.0/1.0)

: A31 = G: N (97.0/1.0)

: A31 = C: N (102.0)

: A31 in {N,D,S,R}: N (0.0)

: A31 = T:

: :...A30 = A: N (23.0)

: A30 = T: N (24.0)

: A30 = C: N (28.0)

: A30 in {N,D,S,R}: N (0.0)

: A30 = G:

: :...A34 = A: N (6.0/1.0)

: A34 = T: N (5.0/1.0)

: A34 = C: N (8.0)

: A34 in {N,D,S,R}: EI (0.0)

: A34 = G:

: :...A33 = A: EI (55.0/1.0)

: A33 = G: N (1.0)

: A33 = C: N (1.0)

: A33 in {N,D,S,R}: EI (0.0)

: A33 = T:

: :...A28 = A: EI (4.0)

: A28 in {T,C,N,D,S,R}: EI (0.0)

: A28 = G: N (2.0)

A29 = G:

:...A28 in {N,D,S,R}: IE (0.0)

(restante da árvore foi omitido)

Evaluation on training data (3190 cases):

Decision Tree

----------------

Size Errors

169 117( 3.7%) <<

(a) (b) (c)<-classified as

---- ---- ----

1588 19 48(a): class N

9 752 6(b): class EI

12 23 733(c): class IE

Time: 0.7 secs

Genetics Data


Rela o entre tamanho da hip tese e erro

Relação entre Tamanho da Hipótese e Erro

Erro

Teste

Treinamento

N1

N2

N3

Tamanho da Hipótese


Gdm genome data mining

GDM: Genome Data Mining

  • Tradicionalmente

    • Dados são armazenados em arquivos

    • É possível que um resumo desses dados sejam colocados em uma base de dados que permita extrair alguns relatórios ou realizar consultas de uma forma limitada

  • GDM

    • Todas as informações serão mantidas em um modelo relacional de forma integrada

    • Aplicação de algoritmos de Aprendizado de Máquina como uma ferramenta de apoio à decisão a consultas relacionadas a modelos biológicos


Composi o

Composição

  • Biblioteca

    • Dados consolidados oriundos de diversos bancos de dados disponíveis na Internet

    • Dados gerados e consolidados localmente (projetos locais)

  • Área de Trabalho

    • Dados gerados e ainda não consolidados (projetos locais)


Alguns bancos de dados considerados no gdm

GenPept

PIR-Protein

PROSITE

Restriction Enzymes

Pfam

GB_New

GP_New

Alguns Bancos de Dados considerados no GDM

  • UniGene

  • OMIM

  • LocusLink

  • HomoloGene

  • Sage

  • GenBank

  • SWISS-PROT


Quais db a serem consultados

Quais DB a serem consultados?

  • Dado um gene:

    • qual método utilizado para mapeá-lo?

    • quais seus homólogos?

    • qual a função de sua proteína? a que superfamília pertence? Domínio funcional?

    • quais as doenças associadas?

    • quais referências biblográficas sobre esse gene? E referências cruzadas?

    • quais tags associados?


Quais db a serem consultados1

Quais DB a serem consultados?

  • Dado um gene:

    • qual método utilizado para mapeá-lo? (OMIM)

    • quais seus homólogos? (HomoloGene)

    • qual a função de sua proteína? a que superfamília pertence? Domínio funcional? (PIR, SwissProt, GenPept, Pfam)

    • quais as doenças associadas? (OMIN, SwissProt)

    • quais referências biblográficas sobre esse gene? E referências cruzadas? (OMIN, PIR, SwissProt)

    • quais tags associados? (Sage)


Pir protein information resource

ENTRY Beginning-of-Entry TITLE ALTERNATE_NAMES CONTAINS ORGANISM #formal_name ... #common_name ... DATE #sequence_revision ... #text_change ... ACCESSIONS REFERENCE <Ref_num> REFERENCE BLOCK (repeated) #authors #journal | #book | #submission | #citation #title | #description #cross-references #contents #note #accession

ACCESSION BLOCK (repeated) ##status ##molecule_type ##residues ##label ##cross-references ##genetics ##note COMMENT COMMENTS (repeated) GENETICS GENETICS BLOCK (repeated) #gene #map_position #genome #genetic_code #start_codon #introns #note CLASSIFICATION #superfamily KEYWORDS FEATURE SUMMARY #length ... #moleculer-weight ... #checksum SEQUENCE ///

PIR: Protein Information Resource


Swissprot

ID GRAA_HUMAN STANDARD; PRT; 262 AA.AC P12544;DT 01-OCT-1989 (Rel. 12, Created)DT 01-OCT-1989 (Rel. 12, Last sequence update)DT 16-OCT-2001 (Rel. 40, Last annotation update)DE Granzyme A precursor (EC 3.4.21.78) (Cytotoxic T-lymphocyte proteinaseDE 1) (Hanukkah factor) (H factor) (HF) (Granzyme 1) (CTL tryptase)DE (Fragmentin 1).GN GZMA OR CTLA3 OR HFSP.OS Homo sapiens (Human).OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;OC Mammalia; Eutheria; Primates; Catarrhini; Hominidae; Homo.OX NCBI_TaxID=9606;RN [1]RP SEQUENCE FROM N.A.RC TISSUE=T-cell;

RX MEDLINE=88125000; PubMed=3257574;RA Gershenfeld H.K., Hershberger R.J., Shows T.B., Weissman I.L.;RT "Cloning and chromosomal assignment of a human cDNA encoding a T...

CC -!- FUNCTION: THIS ENZYME IS NECESSARY FOR TARGET CELL LYSIS IN CELL-CC MEDIATED IMMUNE RESPONSES. IT CLEAVES AFTER LYS OR ARG. MAY BECC INVOLVED IN APOPTOSIS.CC -!- CATALYTIC ACTIVITY: HYDROLYSIS OF PROTEINS, INCLUDING FIBRONECTIN,CC TYPE IV COLLAGEN AND NUCLEOLIN. PREFERENTIAL CLEAVAGE: ARG-|-XAA,CC LYS-|-XAA >> PHE-|-XAA IN SMALL MOLECULE SUBSTRATES.CC -!- SUBUNIT: HOMODIMER; DISULFIDE-LINKED.CC -!- SUBCELLULAR LOCATION: CYTOPLASMIC GRANULES.CC -!- SIMILARITY: BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY S1; ALSO KNOWN AS THECC TRYPSIN FAMILY. STRONGEST TO OTHER GRANZYMES AND TO MAST CELLCC PROTEASES.DR EMBL; M18737; AAA52647.1; -.DR PIR; A28943; A28943.DR PIR; A30525; A30525.DR PIR; A30526; A30526.DR PIR; A31372; A31372.DR PDB; 1HF1; 15-OCT-94.DR MEROPS; S01.135; -.DR MIM; 140050; -.DR InterPro; IPR001254; Trypsin.DR Pfam; PF00089; trypsin; 1.DR SMART; SM00020; Tryp_SPc; 1.DR PROSITE; PS50240; TRYPSIN_DOM; 1.DR PROSITE; PS00134; TRYPSIN_HIS; 1.DR PROSITE; PS00135; TRYPSIN_SER; 1.KW Hydrolase; Serine protease; Zymogen; Signal; T-cell; Cytolysis;KW Apoptosis; 3D-structure.FT SIGNAL 1 26FT PROPEP 27 28 ACTIVATION PEPTIDE.FT CHAIN 29 262 GRANZYME A.FT ACT_SITE 69 69 CHARGE RELAY SYSTEM (BY SIMILARITY).FT ACT_SITE 114 114 CHARGE RELAY SYSTEM (BY SIMILARITY).FT ACT_SITE 212 212 CHARGE RELAY SYSTEM (BY SIMILARITY).FT DISULFID 54 70 BY SIMILARITY.FT DISULFID 148 218 BY SIMILARITY.FT DISULFID 179 197 BY SIMILARITY.FT DISULFID 208 234 BY SIMILARITY

SwissProt


Gdm genome data mining1

GDM: Genome Data Mining

  • Definir uma estrutura capaz de manter as informações não só para consultas e relatórios mais simples pelo grupo de pesquisa, mas também atue como uma ferramenta de apoio à decisão a consultas relacionadas a modelos biológicos

  • Todas as informações serão mantidas em um modelo relacional de forma integrada

  • Abordagem nova que proporcionará aos usuários um alto nível de automatização interligando dados genômicos de diferentes fontes


Aprendizado de m quina simb lico

UniGene

Projeto 1

GDM

Projeto 2

PIR

Projeto 3

Sage

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conversões

DB locais

DB externos


Contato

Contato

  • José Augusto Baranauskas

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  • Departamento de Física e Matemática – DFM

  • Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto – FFCLRP

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