1 / 19

Ismert transzkripciós faktor kötőhelyek annotálása és elemzése ortológ gerinces promótereken

Ismert transzkripciós faktor kötőhelyek annotálása és elemzése ortológ gerinces promótereken. Sebestyén Endre és Barta Endre MBK, Bioinformatika csoport 2005. Célkitűzések. Ismert transzkripciós faktor kötőhelyek vizsgálata Előfordulásuk gyakorisága Evolúciós konzerváltság

kelsie-oneil
Download Presentation

Ismert transzkripciós faktor kötőhelyek annotálása és elemzése ortológ gerinces promótereken

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Ismert transzkripciós faktor kötőhelyek annotálása és elemzése ortológ gerinces promótereken Sebestyén Endre és Barta Endre MBK, Bioinformatika csoport 2005

  2. Célkitűzések • Ismert transzkripciós faktor kötőhelyek vizsgálata • Előfordulásuk gyakorisága • Evolúciós konzerváltság • Transzkripciós starthelyhez-hez viszonyított elhelyezkedés

  3. Ismert kötőhely adatbázisok • Adatbázisok • JASPAR • TRANSFAC • Kísérletesen vizsgált adatok gyűjteménye • Konszenzus szekvencia vagy eloszlásmátrix a kötőhelyek jellemzésére 2 3 4 5 A 16 352 3 354 C 46 0 10 0 G 18 2 2 5 T 309 35 374 30

  4. Kötőhelyek keresése promóterszekvenciákon • TRANSFAC mátrixgyűjteménnyel való keresés eredménye • Sok, biológiailag nem feltétlenül releváns (fals pozitív) kötőhely ugyanazon a szekvencián

  5. DoOP, Ortológ promóter adatbázis • Ortológ promótercsoportok analízise • Többszörös szekvenciaillesztés (Dialign) • Konszenzus szekvencia készítés, motívumkeresés • Evolúciósan konzervált régiók (motívumok) definiálása

  6. Statisztikák I (Vizsgált minta) • Ortológ promóterek 3 csoportban • Csak ember, csimpánz, makákó szekvenciákat tartalmazó csoportok • Egyéb emlős fajokat is tartalmazó csoportok • Egyéb, nem emlős fajokat tartalmazó csoportok

  7. csak főemlősök nem emlős fajok egyéb emlős fajok A háromféle promótercsoport szekvenciaillesztésének különbségei

  8. Statisztikák II (Leggyakoribb kötőhelyek)

  9. Leggyakrabban előforduló kötőhelyek tr. faktorainak néhány funkciója • SP1 : háztartási gének előtt általános • AP2 alpha : embriogenezis, morfogenezis • FREAC-3 és 7 : embriogenezis • S8 : embriogenezis • MZF-1-4 : hematopoetikus őssejtekben • deltaEF1 : embriogenezis

  10. Konzervált kötőhelyek m3 motívum ggGTCAcgTGAc m4 motívum cCcggcccGgaGc N-Myc SAP-1

  11. Statisztikák III (Legkonzerváltabb kötőhelyek)

  12. bHLH és ETS domain • bHLH domain • S. cerevisiae, D. melanogaster fajokban is • általában fejlődés és szövetspecifikus génexpressziót szabályozó faktorokban • ETS domain • szivacsokban is megtalálható • fejlődés, differenciáció, sejtproliferáció • mindkettő korai eukarióta evolúció során jöhetett létre

  13. Konzervált kötőhelyek tr. starthelyhez viszonyított pozíciója • Van-e preferált pozíciója az adott kötőhelynek a transzkripciós starthelyhez képest? • Humán szekvenciák vizsgálata (megfelelően annotált 5’ UTR) • Átlagos kötőhelyszám 15 bázis hosszú ablakon belül

  14. AP2 alpha (leggyakoribb) relatív pozíciója

  15. SAP-1 (legkonzerváltabb) relatív pozíciója

  16. TATA-box tulajdonságai • összesen : 3029 • szekvenciában : 2998 (10,20%) • csoportban : 1096 (42,71%) • konzervált : 308 + 124 (10,2%, 14,26%)

  17. Összefoglalás • Vizsgáltuk a különböző kötőhelyek mennyiségét az ortológ promóterekben • A DoOP adatbázis segítségével megállapítottuk a kötőhelyek konzerváltságának mértékét • Vizsgáltuk a kötőhelyek pozícióbeli preferenciáját a transzkripciós starthelyhez képest

  18. További tervek • Az ismert kötőhelyek ábrázolása a DoOP adatbázisban • A kötőhelyek együttes előfordulásának vizsgálata

  19. Köszönetnyilvánítás • Bioinformatika csoport • Barta Endre • Tóth Gábor • Pálfy Tamás • Nagy Tibor

More Related