Dns mar ieri en tisk s daudzveid bas noteik an
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 21

DNS marķieri ģenētiskās daudzveidības noteikšanā PowerPoint PPT Presentation


  • 127 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

DNS marķieri ģenētiskās daudzveidības noteikšanā. Karina Lati ševa kl08161. Ģenētiskā daudzveidība svarīga:. lai saglabātu spēju vairoties, izturību pret slimībām un spēju pielāgoties mainīgiem apstākļiem nodrošina rezervi selekcijai, veidojot jaunas kultūraugu un mājdzīvnieku šķirnes.

Download Presentation

DNS marķieri ģenētiskās daudzveidības noteikšanā

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Dns mar ieri en tisk s daudzveid bas noteik an

DNS marķieri ģenētiskās daudzveidības noteikšanā

Karina Latiševa

kl08161


En tisk daudzveid ba svar ga

Ģenētiskā daudzveidība svarīga:

  • lai saglabātu spēju vairoties, izturību pret slimībām un spēju pielāgoties mainīgiem apstākļiem

  • nodrošina rezervi selekcijai, veidojot jaunas kultūraugu un mājdzīvnieku šķirnes

http://flora.coa.gov.tw/graph/web_structure/222/222_01.jpg


Dns mar ieri en tisk s daudzveid bas noteik an

Molekulārāis marķieris

Jebkurš DNS molekulas fragments, lokalizēts noteikta vietā un saistīts ar noteiktu pazīmi

Būtiska nozīme selekcijā:

Sākot no atbildīgo par noteiktu pazīmi gēnu identifikācijas līdz sugu identifikācijai un ģenētiskas daudzveidības noteikšanai


Sadal jums

Sadalījums

Biežāk pielietojamas marķieru sistēmas var sadalīt uz:

  • PCR balstītām sistēmām (PCR-based)

  • hibridizāciju balstītām sistēmām (non-PCR or hybridization based)


Uz hibridiz cijas balst t s sist mas

Uz hibridizācijas balstītās sistēmas

RFLP(Restriction fragment length polymorphism) irpirmāizstradātāpolimorfufragmentuidentifikācijasmetode

  • Balstās uz DNS šķelšanu ar restrikcijas enzīmiem un hibridizāciju ar iezimētām zondēm

  • RFLP sistēmas ir

    +salīdzinošilēta, kodominanta

    -irnepieciešamsaugstaskvalitātesDNS


Uz pcr balst t s sist mas

Uz PCR balstītās sistēmas

AFLP(Amplified fragment length polymorphism)

  • Balstāsuz selektīvu restrikcijas fragmenta PCR amplifikāciju

  • 3 soļi:

    1.DNS restrikcija

    2.selektīva restrikcijas fragment amplifikācija

    3.analīze elektroforēzes gēlā

  • AFLP metode ir

    + ātra, lēta, variabila

    - dominanta


Uz pcr balst t s sist mas1

Uz PCR balstītās sistēmas

RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA)

  • Balstāsuz PCR reakciju, izmantojot īsus sintētiskus praimerus. Amplificētai DNS sekvencei ir gadījuma raksturs

    + ātraun ērtadažādusugupolimorfismaanalīzei, izmantojotidentiskuspraimerus; lēta

    - dominanta, jūtīga, zema precizitāte, ir nepieciešama labas kvalitātes DNS


Uz pcr balst t s sist mas2

Uz PCR balstītās sistēmas

  • SSRs (simple sequence repeat)/STRs(short tandem repeat)/mikrosatelīti

  • Sastāv no īsiem nukleotīdu motīvu atkārtojumiem 1-6 bp (piem., CACACACACACACACA)

    + hipervariabli, polimorfi, plaši izplatīti genomā, kodominanti

    - salīdzinoši dārga


Dns mar ieri en tisk s daudzveid bas noteik an

Retrotranspozoni

  • Retrotranspozoni – I klases mobilie ģenētiskie elementi

  • Plaši izplatītas eukariotiskā genomā

  • Pārvietojās “copy-paste” transpozīcijas veidā

  • Parāda lielu insercijas polimorfismu

Divas apakšklasēs:

LTR-retrotransposons

non-LTRretrotransposons

LTR (long terminal repeat)

Garie terminālie atkārtojumi

Nekodē olbaltumvielas, bet satur retrotranspozona gēnu transkripciju regulējošos promotorus un terminatorus.

http://www.sisef.it/iforest/contents/?id=ifor0501-002


Retrotranspozoni

Retrotranspozoni

  • Plaši izplatītas eukariotiskā genomā

  • Satur domēnus, no kurām ir iespējms konstruēt praimerus PCR rekcijai

  • Pārvietojās “copy-paste” transpozīcijas veidā

  • Parāda lielu insercijas polimorfismu

Piemēroti marķieru sistēmas izstradāšanai

Plaši pielieto ģenētiskas daudzveidības pētījumos


S sap sequence specific amplified polymorphism

S-SAP(Sequence-Specific Amplified Polymorphism)

  • Amplificē DNS fragmentu, ierobežoto ar retrotranspozonu specifisku praimeri un restrikcijas vietu DNS sekvencē

Pirmo reizi pielietota miežu daudzveidības analīzei

http://www.nature.com/hdy/journal/v106/n4/fig_tab/hdy201093f2.html


Irap inter retrotransposon amplified polymorphism

IRAP(Inter-retrotransposon amplified polymorphism)

  • Amplificē DNS fragmentu starp diviem retrotranspozoniem

http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/genomedynamics/images/remaps.jpg


Remap retrotransposon microsatellite amlified polymorphism

REMAP(Retrotransposon-microsatellite amlified polymorphism)

  • DNS fragments tiek amplificēts starp mikrosatelīta (SSR-simple sequence repeat) sekvenci un retrotranspozonu

http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/genomedynamics/images/remaps.jpg


Ipbs interprimerbindingsite

iPBS(interPrimerBindingSite)

  • Balstīta uz PCR amplifikāciju, par praimeriizmantojot LTR retrotranspozonu praimerapiesaistes vietu (PBS)

Nepieciešami pretējā virziena orientēti LTR retrotranspozoni

Nepieciešams tikai VIENS praimeris

The iPBS method scheme (Kalendar et al., 2010).


Dns mar ieri en tisk s daudzveid bas noteik an

iPBS for direct display of polymorphism

Augi

Ābols (Malus domestica)

Kukurūza (Zea mays)

Kartupeļi(Solanum tuberosum)

Lini (Linum usitatissimum)

(Kalendar et al., 2010).


Dns mar ieri en tisk s daudzveid bas noteik an

iPBS for polymorphism detection in plant regenerants from tissue culture

Retrotransposoni bieži tiek aktivēti ar audu kultūrām – kallusu veidošanu

(Kalendar et al., 2010).

http://www.plantcafeusa.com/All_Website_Pictures/3794988811_ac8a8539a7.jpg


Fingerprinting of animal samples

Fingerprinting of animal samples

iPBS metode tika pārbaudīti dzīvnieku šķirņu izpētē: govs, mājas vista, aita, jaks

(Kalendar et al., 2010).


Ipbs metode ka epju daudzveid bas noteik an

iPBS metode kaņepju daudzveidības noteikšanā

  • PCR produktu gēla elektroforēze

  • 1,7% agarozes gēls

  • Kopējais elektroforēzes ilgums – 18 stundas pie 43 V


Izmantot literat ra

Izmantotā literatūra

  • Kalendar R., Antonius K., Smykal P., Schulman A.H. 2010. iPBS: a universal method for DNA fingerprinting and retrotransposon isolation. Theor Appl Genet, 121 (8): 1419-1430.

  • Kumar A., Bennetzen J.L. 1999. Plant retrotransposons . Annu. Rev. Genet. 33: 479–532.

  • Schulman A.H., 2007. Molecular markers to assess genetic diversity. Euphytica 158: 313-321.


Dns mar ieri en tisk s daudzveid bas noteik an

Paldies par uzmanību!


Jaut jums

Jautājums

  • Kāpēc iPBS metodē ir nepieciešams tikai viens praimeris?


  • Login