Mapas de ligamiento
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Mapas de ligamiento. Luis Barboza Centro para investigaciones en Granos y Semillas (CIGRAS) Universidad de Costa Rica Julio 2009. Griffiths et al. 2008. Posiciones de genes en cromosomas. Mapas de ligamiento genético Hibridación in situ de influorescencia (FISH) Map based cloning.

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Mapas de ligamiento

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Presentation Transcript


Mapas de ligamiento

Mapas de ligamiento

Luis Barboza

Centro para investigaciones en Granos y Semillas (CIGRAS)

Universidad de Costa Rica

Julio 2009


Posiciones de genes en cromosomas

Griffiths et al. 2008

Posiciones de genes en cromosomas

  • Mapas de ligamiento genético

  • Hibridación in situ de influorescencia (FISH)

  • Map based cloning


Meiosis

Meiosis

Griffiths et al. 2008


Mapas de ligamiento

Griffiths et al. 2008


Mapas de ligamiento

Mapas de ligamiento

  • No muy precisos debido a:

    • Dobles recombinantes

    • Interferencia

  • Funciones para corregir:

    • Haldane

    • Kosambi


Pr ctica

Práctica

  • Lineas recombinantes

  • Arabidopsis thaliana

  • Poblaciones inmortales


Mapas de ligamiento

P1

P2

Parental

x

Hybrid

F1

Het

F2 population

50 %

F2

F3

Single seed

25 %

descent

F4

12.5 %

procedure

6.3 %

F5

3.1 %

F6

1.6 %

F7

F8

0.8 %

Recombinant inbred line (RIL) population

Población:

RILs Ler×Cvi

(Recombinant inbred lines)

Parentales

Híbrido F1

Descendencia por semilla única

“Líneas

Inmortales”

Broman et al. (2005)


Mapas de ligamiento

a b a a a a a b b b b b a a b b a b a b a b

a b a a a b b a a a a a b b a a a b b b a b

P P P P P R R R R R R R R R R R P P R P P R

Frecuencia de recombinación (FR):Núm. Recombinantes/ Total población

  • Ejercicio 1: CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence)

FR:

(13/20)*100 = 65 cM

Conclusión:

GAPB A y GAPB B no se encuentran ligados

FR > 50 cM


Chi cuadrado

Chi-cuadrado

Griffiths et al. 2008


Chi cuadrado1

Chi-cuadrado

Hipótesis nula:

No hay ligamiento (loci son segregados independientemente)

Hipotesis alterna:

Sí hay ligamiento

Hipótesis nula es rechazada

Posiblemente hay ligamiento

Griffiths et al. 2008


Ejercicio 2 longitud de inflorescencia

Ejercicio 2: Longitud de inflorescencia

Er - Er +


Mapas de ligamiento

  • Ejercicio 3


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