SNP による大規模 LD マッピング

1. SNPによる大規模LDマッピング 川口 喬久　川上 弘人　山田 亮　関根 章博 　　　中村 祐輔　山本 一彦　角田 達彦 理化学研究所　遺伝子多型研究センター

2. ミレニアムプロジェクト • 2000年春から開始 • 遺伝子領域を中心に100,926SNPを配置 • ケースコントロール解析でスクリーニング • 連鎖不平衡解析によるLDマッピング • PADI4 (1p r.r=2.00), SLC22A4 (5q r.r=1.98), FCRL3 (1p r.r=2.15)を同定（*FCRL3 は19日SS(16:30～)） • SNPおよびLDブロックによる、全遺伝子のカバーの度合いを報告

3. 組み換えが多く発生した箇所 snp snp snp snp snp snp SNPがマーカーとして機能しうる範囲 すべての隣接する塩基間で連鎖が平衡に達していれば、SNPはマーカーにはなりえない snp snp snp snp snp snp 組み換えが一様であれば、マーカーが検出できる範囲もまた一様 snp snp snp snp snp snp 実際には、組み換えが多かった部位は局在している 真の疾患ローカス LDマッピングの原理

4. 遺伝子 ブロック A C G T G G G T A C C G T T C C T G G C C G G G T C G C G A C T A G A G C T C G C G A C G C G A C G G C G G G T G T A C A C G T T C C A A C A G G T C G C G T C G A A C T C G C G T A C C ハプロタイプ &htSNP LDマッピングの手順 SNP

5. 遺伝子 ブロック A C G C G G T G A C T C A C G T G G T C A C T C A C G C T G G G C A A C G T G G T C A C T C A G G C ハプロタイプ 遺伝子中心配置 SNP

6. 遺伝子、SNPの推移 プロジェクトスタート 2000 2001 2002 2003 2004 2005 50k 27,283Genes 40k 30k Gene 20k 10k 10m >1000万SNPs 7.5m dbSNP 5.0m 2.5m

7. 遺伝子のカバー率 • SNPもしくはblockによって、一部でも検証された遺伝子の数 • 12,890 （60.9%） • 遺伝子あたりのSNP数および密度 • 5.0±6.4 個/遺伝子 • 0.2±0.3 個/kb 常染色体総遺伝子数：21,153 カバーされず 8,263 8,381 12,890 Blockでカバー 4,509 SNPでカバー

8. A C G C G G T G A C T C A C G C T G G G C A A C G T G G T C A C T C A G G C A C G T G G T C A C T C LDマッピングの結果 • ブロックを構成するSNP数 • 5.6±6.5個 • ブロック数およびブロック平均長 • 7,875個、28.1±69.6ｋｂ • ブロックあたりのハプロタイプ（>5%) 数 • 2.6±1.0個 • ブロックあたりのhtSNP数 • 1.6±0.9個

9. 全染色体への分布

10. まとめ • 100,926個のSNPを使って常染色体のスクリーニングおよびLDマッピングをおこなった • 約60％の遺伝子はSNPもしくはブロックによって解析された • これまでの解析でPADI4, SLC22A4, FCRL3を報告した

11. 謝辞 • 臨床施設 • 東京大学病院アレルギー･リウマチ内科 • 日本医科大学附属病院リウマチ科 • 行岡病院･(独)相模原病院･松原メイフラワー病院･(独)大阪南病院･鳥取大学整形外科･県立山梨中央病院 • 遺伝子多型研究センター • 関節リウマチ研究チーム • 鈴木　亜香里（PADI4） • 徳廣　臣哉 (SLC22A4) • 高地　雄太 (FCRL3) • 情報解析研究チーム • 高橋　篤