1 / 30

פרויקט בנושא:

פרויקט בנושא:. בדיקת ההשפעה של SNP על חלבונים ועל ncRNA. מנחה: פרופ' ר.אונגר. מגיש: דודי מירון. SNP = S ingle N ucleotide P olymorphism. SNP = מוטציה נקודתית ברצף הדנ"א. לרוב SNP ספציפי יימצא אצל פחות מ 1% מכלל האוכלוסיה!. מה ידוע עד כה על SNP ?. מיקום ה SNP ברצף הדנ"א

jemima-fisher
Download Presentation

פרויקט בנושא:

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. פרויקט בנושא: בדיקת ההשפעה של SNP על חלבונים ועל ncRNA מנחה: פרופ' ר.אונגר מגיש: דודי מירון

  2. SNP = Single Nucleotide Polymorphism SNP = מוטציה נקודתית ברצף הדנ"א לרוב SNP ספציפי יימצא אצל פחות מ 1% מכלל האוכלוסיה!

  3. מה ידוע עד כה על SNP? מיקום ה SNP ברצף הדנ"א באיזה חלבון יימצא ה SNP מוטציה שקטה / לא שקטה

  4. 4. אלגוריתם לחיזוי SNP שלילי פותח ב 2005 ע"י ג'ון מולט ופנג יו אמור לבדוק האם ל SNP תהיה השפעה שלילית (deleterious) על החלבון- או לא?

  5. האלגוריתם מתבסס על 2 עקרונות: המבנה המרחבי של החלבון השמירות האבולוציונית ברצף החלבון

  6. אבל... האם SNP שסווג כ"שלילי" משפיע לרעה על הפנוטיפ של החלבון? האם קיים מכנה משותף לכל החלבונים בהם נמצאו SNP "שליליים"?

  7. מטרות הפרויקט: מציאת מאפיינים משותפים ההשפעה של SNP על תפקוד החלבונים האם SNP שסווגו כ"שליליים" הם אכן שליליים?

  8. למה זה חשוב? חיזוי מוקדם של מחלות על סמך הרצף הגנטי. הבנה מהם SNP וכיצד הם פועלים.

  9. המאפיינים שנבדקו: גודל החלבונים פונקציונליות המיקום בתא מעורבות במחלות מונוגניות

  10. שלבי העבודה: 1) הרצת עשרות אלפי SNP (המקודדים לחלבון ידוע) באלגוריתם ומתן ציון (חיובי/שלילי) לכל SNP .

  11. 2) איחוד התוצאות של ה SNP של כל חלבון, וקביעת "מדד השליליות" שלו.

  12. 3) קביעת ערך סף לשליליות של חלבון: לפחות 5 SNP בחלבון לפחות 40% SNP שליליים בחלבון וייצור רשימת כל החלבונים מעל ערך הסף

  13. 4) התפלגות הגדלים של החלבונים

  14. 5)חיפוש חלבונים המעורבים במחלות מונוגניות נמצאו 54 גנים!!

  15. 6) הרצה ב DAVID למציאת מאפיינים משותפים ברשימה

  16. בחירת תוצאות משמעותיות: ע"פ ערך סף- מדד Benjamini הקטן מ 0.05

  17. סיכום: השוואה בין SNP שלילי ללא-שלילי

  18. סיכום: מאפיינים משותפים לכלל חלבוני 5 SNP ברשימה אקראית: 6.78%

  19. מסקנות: חלבונים "שליליים": מעורבים במחלות מונוגניות ממוקמים בעיקר בציטופלסמה מעורבים באצטילציה (בקרה) יותר מחלבונים "לא שליליים" !!

  20. מסקנות: חלבונים עם הרבה SNP: • ממוקמים בציטופלסמה • מגיבים למצבי לחץ • תהליכי adhesion ו binding • מעורבים במחלות מונוגניות יותר מחלבונים רגילים!!

  21. מצד שני... • התוצאות לא מובהקות • גודל הקבוצה משפיע • מגבלת "5 SNP" • ערך סף שרירותי • חלבוני SNP פשוט נחקרו יותר...

  22. SNP במקטעי ncRNA

  23. ncRNA = Non Coding RNA • מולקולות RNA שאינם מקודדים לחלבון למשל: • tRNA • snoRNA • rRNA • siRNA • piRNA

  24. ncRNA מעורבים בתהליכי: • תרגום • ספלייסינג • בקרה • הגנה על הגנום ותפקידים נוספים שעדיין לא ידועים...

  25. ncRNA – מבנה: • המבנה השניוני הנפוץ ביותר הוא: Stem-loop Stemהוא החלק הישר – המזווג Loop הוא החלק הטבעתי – הלא מזווג

  26. שאלות המחקר: • האם SNP נפוץ במקטעי ncRNA ? • האם SNP שכיח יותר ב stem או loop?

  27. המשך יבוא...

  28. תודות: • פרופ' רון אונגר • ד"ר חיבה בן-אשר • אריאל פייגלין • תרצה דניגר • אילנה לוונטל • ראובן ויינברגר • פנינה מירון

  29. תודה על ההקשבה

  30. שאלות??

More Related