Proteomika
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 17

Proteomika PowerPoint PPT Presentation


  • 109 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

Proteomika. zabývá se převážně hodnocením exprese genetické informace na úrovni bílkovin ( proteomem ) zkoumá též strukturu a interakce proteinů. >gi|288870250|ref|ZP_06409683.1| putative type II restriction-modification enzyme [Clostridium hathewayi DSM 13479]

Download Presentation

Proteomika

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Proteomika

Proteomika

zabývá se převážně hodnocením exprese genetické informace na úrovni bílkovin (proteomem)

zkoumá též strukturu a interakce proteinů


Proteomika

>gi|288870250|ref|ZP_06409683.1| putative type II restriction-modification enzyme [Clostridium hathewayi DSM 13479]

MDEKTFKLNAKIVREIVELLQAYKFRYEQKHEFLGNFFELLLNTSMKQEAGQFFTPVPITRFIISSLPLKEFVQGKINSRERNVLPTVMDYACGSGHFLTEYMEQLQHVLDEKLDISHAAPDIRKQVSAWQGAVKFAWAKDSVYGIDLDNRLVKTTKVSAFFNGDGEANIIWANGLANFEKAEEYRGLLRQTQHYDRKNNGQFDILISNPPYSVEAFKSTQYGEETFELYDNITDNSSEIECLFVERMKQLLKVGGWAGVILPSSILSNGGIYSKAREIIFKYFRVKAIVELGSGTMKTGTNTVVLFLERRSDNDVITIEKAISTFFSSPKDVTVMGIENAFSKYVANIYDGLAFDDYISFISGRASVAMQEHELYSDYIKAFGDDVYTKGIALEKEKMLYFFLTYTQNIVLVKTGKKQDEKTFLGYEFSERRGHEGIKRLPGGTKLFDENGDLLNPKKANSYIYNAFLGKEIVIDESLSHNVSYGRMSGFISYGTSKFDKAVNLSKKTTFTSSFPSVRLGELVQIIKGVTYSKEDQVYNETNNVILTADNITNSGDFDVVKKVFLRADLTIDGTKKLKQNDIFMCFSSGSKSHVGKSAYISYNTEYFAGGFMGVLRCKSEDVSMKYLWAILSSNQFRHIISQESTGININNLSANLADIKIPLPPLDVQKKIVAEIEEIDREESYIIEQVDALRYSILSAVKNGAAGEPLEKLGVVASYSQDRISCAELSSDTYVGVDNLLQNMEGKGSSQFVPKSGTAIAYSKGNILLSNIRPYLKKIWLADNDGGSSGDVLVLKMDDTKISSKYLYYLLATDEFFEYEMQHIKGVKMPRADKASVLNYNVPIPSLFKQQEIVAEIEKIESEITTRKMRLE

LKKQKGKVLDKYL

Peptidové mapování


Proteomika

I. Štěpení proteinu(ů)

(malá variabilita; volba enzymu, reakčních podmínek)

1. Chromatografické a elektroforetické metody

II. Analýza vzniklých peptidových fragmentů

(značná variabilita)

2. Hmotnostní spektrometrie na principu MALDI-TOF

3. Hmotnostní spektrometrie na principu LC-MS/MS


Hmotnostn spektrometrie protein

Hmotnostní spektrometrie proteinů


Hmotnostn spektrometrie maldi tof

Hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF

Peptidové hmotnostní mapování (PMM – Peptide MassMapping)

  • soubor hmotností peptidových fragmentů vzniklých specifickým štěpením je pro daný protein charakteristický podobně jako otisk prstu pro člověka –proto též PMF (Peptide MassFingerprint)

  • identifikace proteinu porovnáním změřených hmotností peptidů s teoretickými hmotnostmi peptidů v databázi odvozené ze známé genové sekvence;

  • lze využít též pro detailní studium proteinů (modifikace proteinů, zjištění prostorové lokalizace určitých aminokyselinových zbytků)


Hmotnostn spektrometrie lc ms ms

Hmotnostní spektrometrie LC-MS/MS

LC-MS/MS

informace o sekvenci peptidových fragmentů

využití - v situacích, kdy není možné spolehlivě separovat proteiny před štěpením trypsinem (např. nelze 2 DE)

Integrální membránové proteiny

lokalizace mezi dvěma světy - komunikace

významné x málo prostudované


Kvantifikace protein pomoc hmotnostn spektrometrie

Kvantifikace proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie


Pro kvantifikovat

Proč kvantifikovat?

Znalost hladin proteinů => formulace biologických otázek

Jak lze proteiny kvantifikovat?

- přímo v gelu po jejich vizualizaci; podmínka – rozdělení proteinů (2 DE)

-pomocí hmotnostní spektrometrie


Proteomika

2 DE

STAV I. STAV II.


Nev hody 2 de

NEVÝHODY 2 DE

  • Relativně značná technická náročnost

  • Nepoužitelnost pro:

    - silně hydrofobní membránové proteiny

    - analýzu proteinů v pevné fázi

  • Proč 2 DE vydržela tak dlouho?


Proteomika

  • ICAT (Isotope Coded Afinity Tags)


Kvantifikace protein s vyu it m itraq

Kvantifikace proteinů s využitím iTRAQ


Jednotliv kroky itraq

Jednotlivé kroky iTRAQ

specifické štěpení různých studovaných vzorků trypsinem

označení jednotlivých vzorků různými značkami iTRAQ a následné smíchání vzorků

frakcionace pomocí chromatografie na měničích iontů

odstranění vedlejších produktů (ZipTip)

analýza získaných frakcí pomocí LC-MS/MS

identifikace a kvantifikace proteinů


Proteomika

Část fragmentačního spektra obsahující pásy odpovídající signálním skupinám izobarických značek vzorků, v nichž byl poměr kvantit měřeného peptidu 1:1:1:1 (levá část obrázku) a 1:5:2:10 (pravá část obrázku). Převzato z Ross et al. 2004.

,


Proteomika

Kvantifikace

(gel-free approach)

Kvantifikace

(gel-free approach)

Kvantifikace

(gel-free approach)

Rozpustné

proteiny

Rozpustné

proteiny

Membránové proteiny

Membránové proteiny

Membránové proteiny

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

směs proteinů

frakcionace - C4

frakcionace - C4

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

štěpení (trypsin)

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

2 DE

frakcionace - C4

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

SDS-PAGE

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 1

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

iTRAQ 2

SDS-PAGE

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (300)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

In gel digest (15-30)

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

Smíchání

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

frakcionace IEC

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

MALDI/TOF MS (/MS)

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS

LC-MS/MS jednotlivých frakcí

LC-MS/MS jednotlivých frakcí

LC-MS/MS jednotlivých frakcí

LC-MS/MS jednotlivých frakcí

LC-MS/MS jednotlivých frakcí

LC-MS/MS jednotlivých frakcí

LC-MS/MS jednotlivých frakcí

LC-MS/MS jednotlivých frakcí

LC-MS/MS jednotlivých frakcí

LC-MS/MS jednotlivých frakcí


  • Login