Функции
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 13

Функции Метаболические пути KEGG PowerPoint PPT Presentation


  • 130 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

Функции Метаболические пути KEGG. Д.А. Равчеев ( 7 апреля 2009 г.) Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр. KEGG. KEGG. Объединяет информацию. Геномную гены и белки, отношение ортологичности Химическую лиганды, малые молекулы, ферменты

Download Presentation

Функции Метаболические пути KEGG

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Kegg

Функции Метаболические пути

KEGG

Д.А.Равчеев

(7 апреля 2009 г.)

Факультет Биоинженерии и Биоинформатики,

2 курс, весенний семестр


Kegg

KEGG


Kegg

KEGG

Объединяет информацию

  • Геномную

  • гены и белки, отношение ортологичности

  • Химическую

  • лиганды, малые молекулы, ферменты

  • Биологическую (системную)

  • метаболические пути, другие биологические процессы

Включает 19 баз данных


Kegg

KEGG: базы данных


Kegg

KEGG: система идентификаторов

С00047 - лизин

K04527 – инсулиновый рецептор

hsa5210 – путь возникновения рака простаты


Kegg

KEGG: геномы

KEGG GENOME (KEGG Organisms)

Эукариоты: 107

Бактреии: 804

Археи: 56

Система идентификации: трех-четырехбуквенный код

hsa – Homo sapiens

ath – Arabidopsis thaliana

eco – Escherichia coli K-12 MG1655

ece – Escherichia coli O157 EDL933

hin – Haemophilus influenzae Rd KW20

mja – Methanococcus jannaschii


Kegg

KEGG: гены

KEGG GENES

4,314,643 генов из эукариот, бактерий и архей

KEGG ORTHOLOGY

11,813 ортологичных групп генов

KEGG DGENES – геныиз черновых (“draft”) геномов

KEGG EGENES – белки, реконструированные из EST

KEGG VGENEOME – вирусные геномы

KEGG VGENES– гены из вирусных геномов

KEGGOGENES– гены из геномов органелл


Kegg

KEGG: химическая информация

KEGG COMPOUND – 15,413 метаболитов и других веществ

KEGG DRUG – 8,872 лекарств (только разрешенные на территории США и Японии)

KEGG GLYCAN – 10,969 гликанов

KEGG ENZYME – 5,050 ферментов

KEGG REACTION – 7,830 реакций


Kegg

KEGG: биологические процессы

KEGG PATHWAY

91,564 пути на основе 345 «reference pathways»

Homo sapiens

Reference pathway


Kegg

KEGG: пример метаболической карты


Kegg

Задания

  • Найти описания двух веществ, субстрата и продукта.

  • Найти метаболический путь, в котором возможно превращение субстрата в продукт, раскрасить вещества и ферменты (с раскрашиванием ферментов могут возникнуть трудности – придется подумать)

  • Описать цепочку реакций для превращения субстрата в продукт.

  • Исследовать полученную цепочку реакций в других организмах


Kegg

Киото


  • Login