Dynamic programming for sequence alignment opdb
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Dynamic Programming for Sequence Alignment - OPDB への適用 PowerPoint PPT Presentation


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Dynamic Programming for Sequence Alignment - OPDB への適用. 2003/9/12 才野. バイオインフォマティクス研究. 創薬 オーダーメイド医療 個人差 ・・・  SNPS 遺伝病の 立体構造予測 遺伝子、タンパク質機能予測 生命現象の理解. Sequence Alignment. Dynamic Programming FASTA BLAST. Dynamic Programming による配列アラインメント. Needelman-Wunsch アルゴリズム グローバルアラインメント.

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Dynamic Programming for Sequence Alignment - OPDB への適用

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Presentation Transcript


Dynamic programming for sequence alignment opdb

Dynamic Programming for Sequence Alignment-OPDBへの適用

2003/9/12

才野


Dynamic programming for sequence alignment opdb

バイオインフォマティクス研究

  • 創薬

    • オーダーメイド医療

    • 個人差 ・・・ SNPS

  • 遺伝病の

  • 立体構造予測

  • 遺伝子、タンパク質機能予測

  • 生命現象の理解


Sequence alignment

Sequence Alignment

  • Dynamic Programming

  • FASTA

  • BLAST


Dynamic programming

Dynamic Programmingによる配列アラインメント

  • Needelman-Wunschアルゴリズム

    • グローバルアラインメント

・一致:+1、不一致:-1、ギャップ:-1


Dynamic programming1

Dynamic Programmingによる配列アラインメント

  • Smith-Watermanアルゴリズム

    • ローカルアラインメント

・一致:+1、不一致:-1、ギャップ:-1


Dynamic programming for sequence alignment opdb

ギャップペナルティ

  • リニアギャップペナルティ

     「g(L)=dL」

    • g(L):リニアギャップペナルティ

    • d:ギャップペナルティ

    • L:ギャップ長

  • アフィンギャップペナルティ

    「g(L)=α+β(L-1)」

    • g(L):アフィンギャップペナルティ

    • α:ギャップ開始ペナルティ

    • β:ギャップ伸張ペナルティ

    • L:ギャップ長


  • Dynamic programming for sequence alignment opdb

    スコア行列

    • PAM matrix

      • 現在最も進化の原理に基づいたスコア行列

      • タンパク質中の各アミノ酸はいつでも20アミノ酸のどれにでも、PAM行列で与えられる確率で変化しうる

      • それぞれの位置で起こる変化はその位置における現在のアミノ酸にのみ依存

    • BLOSUM matrix

      • タンパク質配列アラインメントを評価するのに広く利用されている

      • 類縁のある配列中で最もよく似た共通の領域を表現するブロック中の置換と保存された位置に基づく 


    Dynamic programming for sequence alignment opdb

    OPDBへの適用

    • 配列クラスの作成

      • 配列を調べるためにそれぞれのタンパク質から配列を取り出すのは時間がかかる

      • アミノ酸3文字表記を1文字表記へ変換

        • アミノ酸比較が容易

    • Dynamic Programming を作成

      • アルゴリズムを参考にCで作成してみる

      • ODQLと組み合わせてOPDBで実行できるようにする


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