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Évolution des répertoires géniques

BBE. Évolution des répertoires géniques. Équipe Bioinformatique et Génomique Évolutive. BGE. BBE. Les génomes comme révélateurs de la diversité du vivant. Eucaryotes. ~2000 - 40000 gènes. Bactéries. ~400 - 10000 gènes. Archées. ~400 - 5000 gènes. ~ 60 gènes en commun. BGE. BBE.

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Évolution des répertoires géniques

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Presentation Transcript

  1. BBE Évolution des répertoires géniques Équipe Bioinformatique et Génomique Évolutive BGE

  2. BBE Les génomes comme révélateurs de la diversité du vivant Eucaryotes ~2000 - 40000 gènes Bactéries ~400 - 10000 gènes Archées ~400 - 5000 gènes ~ 60 gènes en commun BGE

  3. BBE Diversité des répertoires géniques au sein des Gamma-Protéobactéries 4183 4203 E. coli S. typhimurium 3599 653 564 3879 Y. pestis CO92 B. aphidicola W. brevipalpis Y. pestis KIM 1709 H. infuenzae 2015 P. multocida 2724+1081 V. cholerae 5540 2680 P. aeruginosa X. fastidiosa 4192 X. axonopodis 4029 275 gènes X. campestris BGE

  4. BBE Diversité des répertoires géniques au sein de l’espèce Escherichia coli 5016 4288 5060 Welch et al., 2002 BGE

  5. Le renouvellement des répertoires géniques BBE Eucaryotes Bactéries Archées BGE

  6. Le renouvellement des répertoires géniques BBE Eucaryotes Bactéries Archées Endosymbioses (transferts de génomes) BGE

  7. Le renouvellement des répertoires géniques BBE Eucaryotes Bactéries Archées Endosymbioses (transferts de génomes) Duplications complètes de génome BGE

  8. Le renouvellement des répertoires géniques BBE Eucaryotes Bactéries Archées Transferts de gènes entre espèces Acquisitions de gènes (mais d’où?) BGE

  9. La mise en évidence des transferts horizontaux BBE A) Conflit phylogénétique A C A C B D D B B) Différences de contenus en gènes D A B C gains Une fraction importante de ces gènes n’a pas d’homologues dans d’autres espèces  GENES « ORPHELINS » BGE

  10. BBE Escherichia coli K12 60 Pseudomonas 58 Escherichia Salmonella Yersinia E. coli k12 Vibrio % G+C3 chez E. coli K12 54 “ORFans” 50 46 42 Plus jeunes Plus vieux Les gènes « orphelins » d’E. coli selon leur date d’acquisition BGE

  11. BBE Les gènes « orphelins » présentent des caractéristiques de gènes de bactériophages ou de plasmides Rocha et Danchin, 2002 BGE

  12. BBE Les gènes « orphelins » sont associés en clusters et souvent proches d’éléments mobiles 50.79 BGE

  13. BBE Les mécanismes de l’innovation génique BGE

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