R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas
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R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas Mejoramieto de germoplasma y de cultivos (GECI) y Unidad Informática para la Investigación (RIU). Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas. Febrero, 2009. Colaboradores. GECI RIU

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Febrero, 2009

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Presentation Transcript


Febrero 2009

  • R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas

  • Mejoramieto de germoplasma y de cultivos (GECI) y Unidad Informática para la Investigación (RIU)

Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas

Febrero, 2009


Colaboradores

Colaboradores

  • GECIRIU

  • E.Mihovilovich R.Simon

  • W.Amoros V. Hualla

  • M.Gastelo C.Aliaga

  • G.Burgos L. Rojas

  • M. Orrillo S. Trebejo

  • B. Ordoñez

  • Training

  • A. Puccini

  • M. Miky


Plataforma informaci n

Plataforma Información

  • Avances 2008

    • Sitio web

    • Catalog web y CD

    • Manejador de tareas

    • Migracion a nuevo hardware y upgrade de software

    • Revision de herramientas para manejo de datasets y analisis de datos (CIPPEX/CIPSTAT)

  • Planes 2009

    • Arquitectura de plataforma CIPPEX/CIPSTAT revisada

    • Elementos


Febrero 2009

FASE 1

FASE 2

  • Se diagramó la web usando la

  • Herramienta Wiki Confluence.

  • Se clasificó la información según

  • área de interes y se colocó en la web.

  • Se construyó el catálogo de clonesusando PHP y MySQL (opensource)

  • Se recopiló información de SETs y

  • de CIPPEX.

  • Se programó el motor de búsquedaspara variables cuantitativas y cualitativas

Ventajas

  • No se necesita de un programador para aumentar o actualizar contenido

  • en la web.

Página Web RedLatinpapa


Febrero 2009

  • Objetivo Primer año:

  • Actualización de la información de Sets y Harvest Plust en CIPPEX: Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos.

  • La información de 101 Clones avanzados de GECI han sido migrados al Catálogo digital de la RED.

Base de Datos


Febrero 2009

Productos Primer año: 101 clones avanzados en Catálogo digital

http://research.cip.cgiar.org/redlatinpapa/pages/home.php


Jira herramienta para manejo de tareas

JIRA: herramienta para manejo de tareas

  • “Features”:

  • Disenado para tareas cumplidas

  • Posibilidades de monitoreo de avances

  • Alertas

  • Reportes

  • Integracion con Sitio web


Entrenamiento en jira herramienta para manejo de tareas

Entrenamiento en JIRA: herramienta para manejo de tareas

Hacemos click en “Create New Issue” para crear una nueva tarea


Febrero 2009

Pre breeding and Citogenic

  • Objetivo Segundo Año:

  • * Actualizar la información de Virus, Tizón Tardio y Pre mejoramiento en CIPPEX : Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos.

  • La información de 200 Clones avanzados de GECI estarían a dispocisión de los socios a través del Catálogo digital de la RED.

  • Herramientas CIPPEX/CIPSTAT a disposicion de socios


Febrero 2009

Migracion a nuevo hardware y software

  • Contribucion CIP

  • Nuevo servidor

  • Ultimas versiones de software

  • Finalizar: Marzo 2009

  • Beneficios:

  • Mas rapido

  • Nuevas posibilidades: p.e.

    • Edicion de paginas web del sitio de Red desde Word


Febrero 2009

Revision de herramientas CIPPEX/CIPSTAT

  • Principio: facilitar generacion de nueva informacion (sinergia)!

  • Criterios:

  • Balance entre centralizacion y manejo local

    • Compartir datos y protocolos (de ensayos y analisis)

    • … pero no depender ‘demasiado’ de connexion a la internet

  • Objetivos:

    • Herramientas para cada un socio

    • Herramientas para la red de socios

    • Transparencia para datos y analisis


Febrero 2009

Planes 2009: vision de arquitectura

“Kits” para uso local

Herramientas compartidos

Manejo de datos

Repositorio de datasets

Control de calidad dedatos

Integracion de datos

Reportes estandarizados de datos

Analisis

Capacitacion:

Buenas practicas compartidas

Catalogos


Febrero 2009

Planes 2009: implementacion de arquitectura

“Kits” para uso local

Herramientas compartidos

Manejo de datos

Formspe.e ICG

Repositorio de datasets

CIPPEX 2.0:un dataset = publicacion

Control de calidad dedatos

Uso demetadatosyotros

Integracion de datos

Data marts: p.e. biomart

Reportes estandarizados de datos

R y ‘reportes reproducibles’(con ‘Sweave’)

Analisis

Programasestadist.

Catalogos

Kit de 2008

Capacitacion:

Buenas practicas compartidas

DocumentacionEventos de capacitacion


Febrero 2009

Planes 2009: Repositorio CIPPEX 2.0

  • Ejemplo: pagina web en el mismo ‘Confluence’

  • Features:

  • Atribucion de origen

  • Facilitar citacion formal

  • Historial de cambios

  • Alertas de ‘updates’

  • Control de acceso

  • Facilitar integridad de datos

  • Control de calidad


Febrero 2009

Planes 2009: Integracion de datasets optimizado para consultasbiomart (e otros…)

Demo: video


Febrero 2009

Planes 2009: Reportes reproducibles

Demo: video


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