CSL-NOTCH-MAML
Download
1 / 173

CSL-NOTCH-MAML TERNARY COMPLEX - PowerPoint PPT Presentation


  • 105 Views
  • Uploaded on

CSL-NOTCH-MAML TERNARY COMPLEX. Bea Antolín, Marta Curriu, Alba Diz, Laia Morató i Anna Morancho. ÍNDEX. Estudi per separat de les 3 proteïnes del complexe : 1.1 Notch IC  Domini RAM  Descripció (conservació) Modelat Domini ANK  Descripció

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about ' CSL-NOTCH-MAML TERNARY COMPLEX' - fraley


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript

CSL-NOTCH-MAML

TERNARY COMPLEX

Bea Antolín, Marta Curriu, Alba Diz, Laia Morató i Anna Morancho


  • Estudi per separat de les 3 proteïnes del complexe:

  • 1.1 Notch IC Domini RAM  Descripció (conservació)

  • Modelat

    • Domini ANK Descripció

    • Estudi conservació del domini

    • 1.2 CSL Descripció (conservació)

    • Interaccions amb el DNA

    • Estudi d’homologia

    • 1.3 MAML  Descripció (conservació)

    • Modelat


  • Estudi del complexe ternari

  • 2.1 Interaccions domini RAM  CSL i ANK

  • 2.2 Interaccions domini ANK  CSL

  • 2.3 Interaccions MAML  ANK i CSL


Via NOTCH

  • CSL unit a DNA i acomplexat amb proteïnes corepressores

  • Unió delta-notch amb la consequent proteolisi de la part ICNotch

  • Translocació al nucli de ICNotch


4. Unió Notch (RAM) - CSL (β-trefoil domain)

CSL passa de ser repressor a activador RAM desplaça

els corepressors (?)

5. Unió Notch (ANK) a CSL (RHR)

6. Unió Notch-CSL crea la superfície de reconeixement per l’hèlix de MAML1 -> Unió de l’hèlix MAML1


7. Unió de p300 a MAML1 o Notch?

8. p300 connecta Notch a la maquinària de transcripció

9. Activitat transcripcional

10. Generalment el producte d’aquests gens són proteïnes reguladores que bloquegen l’expressió de gens necessaris per la diferenciació neural.



NOTCH:

  • Domini extracel·lular:

    • EFG

    • 3 LNR (Lin Notch Repeats)

  • Domini intracel·lulars:

    • RAM (RBP-jk-associated molecule)

    • Ankyrin Domains

    • C-terminal :

      • PEST

      • NLS sequence

      • TAD domains (en Notch 1 i 2)


Família Notch domain


NOTCH DOMAIN = ‘DSL’domain =

Lin-12/Notch repeat (LNR).


ESTRUCTURA:

  • Domini extracel·lular:

    • EFG

    • 3 LNR (Lin Notch Repeats)

  • Domini intracel·lulars:

    • RAM (RBP-jk-associated molecule)

    • Ankyrin Domains

    • C-terminal :

      • PEST

      • NLS sequence

      • TAD domains (en Notch 1 i 2)


Arg1761

Ser1890

  • NotchIC : Domini RAM (RBP- JkAssociated Molecule)

  • Inici: g - secretase cleavage site

  • Final: primera repetició d’ankirina

 100 residus

Nam, Y. et al. J. Biol. Chem. 2003;278:21232-21239


Domini RAM: Semblant entre espècies properes

Identitat = 59,2%

Identitat = 46,03%




EBNA2

(Virus Epstein Barr)

  • Motiu conservat dins la regió RAM :

IMPORTANT

 Interacció NotchIC:CSL

FWFP


  • Regió sense homologia amb cap proteïna d’estructura coneguda


  • Predominantment desestructurada

  • Pèptid aïllat

  • Dins context del domini ANK adjacent

Pèptid flexible sense estructura 2aria significativa


  • Regió RAM (C. Elegans): Arg931 – Pro1020

  • Regió cristal·litzada : Arg933-Glu952

Wilson JJ., Kovall RA. Cell. 2006; 124:985-996


Domini ANK

Regió RAM

  • NotchIC : Domini RAM (RBP- JkAssociated Molecule)


NOTCH:

  • Domini extracel·lular:

    • EFG

    • 3 LNR (Lin Notch Repeats)

  • Domini intracel·lulars:

    • RAM (RBP-jk-associated molecule)

    • Ankyrin Domains

    • C-terminal :

      • PEST

      • NLS sequence

      • TAD domains (en Notch 1 i 2)



Descripció domini ankyrin

- Repeticions de 33 residus

- Descobert en Swi6/cdc10 i Notch. Nom per ankyrina

- Un dels motius d’interacció entre proteïnes més comú

- En moltes proteïnes de funcions variades: iniciadors de la transcripció, reguladors de cicle cel·lular, citoesquelet...

- En bacteris, arqueas i eucariotes (principalment)

- Diferent nombre de repeticions (Notch  7)

- Definits més per l’estructura que no pas per la funció, ja que no reconeixen una única seqüencia o estructura


En què consisteix el domini ankyrin?

- helix-loop-helix amb un b-hairpin o llarg loop que projecta cap a fora les hèlices.

- Repeticions consecutives s’ajunten formant un domini L-shaped. (semblant a mà)


En què consisteix el domini ankyrin?

- helix-loop-helix amb un b-hairpin o llarg loop que projecta cap a fora les hèlix.

- Repeticions consecutives s’ajunten formant un domini L-shaped. (semblant a mà)


Gly

His

Pro

Thr

Gly

SEQÜÈNCIA CONSENS


Gly

His

Pro

Thr

Gly

Pont d’hidrògen entre His i Thr


Thr

His

Pont d’hidrògen entre His i Thr



  • Alineament per estructura dels dominis ankyrines de diferents proteïnes notch

  • Alineament per seqüència dels dominis ankyrines de diferents proteïnes

  • Alineament per estructura dels dominis ankyrines de diferents proteïnes


25% d’identitat


ESTRUCTURA SECUNDÀRIA DE NOTCH D.MEL (DSSP) diferents proteïnes notch

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14


REPEAT 1 diferents proteïnes notch

1

2

Inserció


Estructura secundària amb dssp diferents proteïnes notch

REPEAT 2 i 3

Repeat 3

3

4

5

6


REPEAT 4 i 5 diferents proteïnes notch

Repeat 5

7

8

10

9

Estructura secundària amb dssp


REPEAT 6 i 7 diferents proteïnes notch

Repeat 7

11

12

13

14

Estructura secundària amb dssp



26% d’identitat


RMS 1,35

P value:1,33 · 10-7


  • Alineament per estructura dels dominis ankyrines de diferents proteïnes notch

  • Alineament per seqüència dels dominis ankyrines de diferents proteïnes

  • Alineament per estructura dels dominis ankyrines de diferents proteïnes


6% d’identitat


6% d’identitat



28% d’identitat


, diferents proteïnes: I

  • Alineament per estructura dels dominis ankyrines de diferents proteïnes: IkBa, GABP-b, Notch

CONVERGÈNCIA EVOLUTIVA

RMS 1,30

P value: 4,63·10-13 - 4,09·10-71


  • CSL : diferents proteïnes: ICBF/RBP-Jk, Su(H), Lag-1


CSL diferents proteïnes: I

Efector transcripcional universal de la senyalització de Notch

CSL és un nom col·lectiu:

- CBF1/RBP-Jk  Mamífers

- Su(H) Drosophila melanogaster

- Lag-1 Caenorhabditis elegans

ACTIVACIÓ vs. REPRESIÓ


CTD diferents proteïnes: I

NTD

BTD

β C4


50%Identitat diferents proteïnes: I


C.elegans diferents proteïnes: I vs. Humà

346/458 aa

RMS: 2,19

%I: 64,90

P-Value: 0.00


RHR-N de NFAT diferents proteïnes: I vs NTD de CSL

180º

RMS: 1,73

63/173 aa

% I: 16.92

P-Value: 0.054


%I =13,56 diferents proteïnes: I


IL-1 diferents proteïnes: I vs CTD de CSL

90º

RMS: 2,27

27/113 aa

%I: 15.79

P-Value: 1


%I = 12,8 diferents proteïnes: I


p65 de diferents proteïnes: INF-kB-IkB vs BTD de CSL

RMS: 1,56

75/184 aa

%I: 10.96

P-Value: 1


%I = 11,72 diferents proteïnes: I


Interaccions CSL-DNA diferents proteïnes: I


NTD – Solc Major: diferents proteïnes: I


Ponts d’hidrogen diferents proteïnes: I


Arg 234 diferents proteïnes: I

Arg 234

2.95 A

2.7 A

2.75 A

2.99 A

G8

G8

Glu 232

Glu 232


Gln 226 diferents proteïnes: I

Gln 226

3.39 A

3.81 A

3.39 A

3.57 A

G9

G9

Arg 234

Arg 234


Gln 226 diferents proteïnes: I

G9

Arg 234


G10 diferents proteïnes: I

G10

Lys 368

Lys 368

2.43 A

2.82 A

T7

T7’


T7 diferents proteïnes: I

T7

G10

G10

Lys 368

Lys 368


Van del Waals diferents proteïnes: I


Tyr 229 diferents proteïnes: I

Tyr 229

T7’

T7’


Phe 235 diferents proteïnes: I

Phe 235

G6

G6


BTD – Solc menor diferents proteïnes: I


A13 diferents proteïnes: I

A13

3.14 A

Gln 401

Gln 401

2.78 A

G14

G14’


5’-CGTGGGAA-3’ diferents proteïnes: I

Ponts d’hidrogen

Van der Waals

Arquitectura


Activació diferents proteïnes: I vs. Repressió

364/461 aa

RMS: 1,35

%I: 63,84

P-Value:0


364/461 aa diferents proteïnes: I

RMS: 1,35

%I: 100

P-Value:0



Maml mastermind lag3
MAML/MASTERMIND/LAG3 diferents proteïnes: I

  • En Drosophila es va identificar com un loci neurogènic perquè la perdua de funció per mutació dóna lloc a una superproducció de cèl·lules neuronals.

  • Interacciona amb altres components de la via Notch com Deltex i Su(H)

  • La família MAML humana conté tres membres:

    • MAML1  es va identificar com l’homoleg de lag3

    • MAML2

    • MAML3

  • Les funcions in-vivo de MAM2 i MAM3 no han estat descrites, però estudis bioquimics revelen que també tenen un rol transcripcional com a co-activadors de la via Notch


Estructura de MAML-1 diferents proteïnes: I

Domini bàsic

Domini àcid

Domini àcid

  • Regió amb més alta homologia

  • Regió d’unió a NotchIC (14)

  • Dominis amb activitat transcripcional (TADs)


Interacció MAML-1 humà : ANK diferents proteïnes: I

Interacció MAML-1 humà : CSL

Alineament de seqüència

Identitat=6,25%

MAML1 human

MAMl1 mouse

Mast.X.laevis

MAML3 human

MAML2 human

MAM D.melanog

LAG3 C.elegan

Alineament dels residus 13-67 de MAML1 humana (regió cristal·litzada)



C-terminal diferents proteïnes: I

  • Curvatura  Prolina  kinked hèlix (25º)

  • Hèlix alfa de 25 residus en cada braç

L’estructura cristal·litzada de MAML-1 / Lag3 que intervé en la formació del complex ternari és :

  • En C.elegans:

  • Extensió N-terminal de 8 residus.

  • No té caràcter ni helix  ni fulla 

C.elegans

Humà

N-terminal


  • Curvatura diferents proteïnes: I Prolina (angle aprox. 40º)  kinked helix

  • Hèlix alfa de 25 residus en cada “braç”

  • La prolina no està conservat ni entre ortòlegs ni en paràlegs

  • Es creu que la variació en la regió de corbatura determinarà el grau de proximitat entre C i N terminal

  • L’angle de corbatura determinarà l’afinitat de Maml al complexe

MAML-1 humana


Alineament estructural
Alineament estructural diferents proteïnes: I

Alineament amb stamp

C.Elegans

H.sapiens

Prolina conservada


Alineament amb stamp – opcions avançades - diferents proteïnes: I

RMS 1.14

P value 0.0022

C.Elegans

H.sapiens

Prolina conservada


  • Es suposa que Mastermind té una estructura d’hèlix alfa abans de formar el trimer ja que tots els residus tenen Phi/Psi angles que cauen en les regions més favorables i permeses del diagrama de Ramachandran

  • No obstant, l’angle pot variar

  • Els residus de Mastermind que no internven en la formació del trimer pot ser que influeixin en la estructura de l’hèlix abans de formar el trimer


MODEL abans de formar el trimer ja que tots els residus tenen Phi/Psi angles que cauen en les regions més favorables i permeses del diagrama de Ramachandran : MAM1 de ratolí

Prolina

angle 44.05º


Model 2 abans de formar el trimer ja que tots els residus tenen Phi/Psi angles que cauen en les regions més favorables i permeses del diagrama de Ramachandran

Model 1

Humà

C.elegans

Avaluació del model : PROSAII

- combined energy : pair + surface


Model 2 abans de formar el trimer ja que tots els residus tenen Phi/Psi angles que cauen en les regions més favorables i permeses del diagrama de Ramachandran

Model 1

Humà

C.elegans


CSL-NOTCH-MAML TERNARY COMPLEX abans de formar el trimer ja que tots els residus tenen Phi/Psi angles que cauen en les regions més favorables i permeses del diagrama de Ramachandran

Interaccions entre les proteïnes


CSL-Notch-Mastermind abans de formar el trimer ja que tots els residus tenen Phi/Psi angles que cauen en les regions més favorables i permeses del diagrama de Ramachandran

C. Elegans

2fo1

R=3,12 Å

CSL-Notch-Mastermind

Homo sapiens

2f8x

R=3.25 Å


Superposició dels trimers Humà-C.elegans abans de formar el trimer ja que tots els residus tenen Phi/Psi angles que cauen en les regions més favorables i permeses del diagrama de Ramachandran

Rms 1,97

% identitat 48,65

P value 0.00


Interaccions CSL : ANK abans de formar el trimer ja que tots els residus tenen Phi/Psi angles que cauen en les regions més favorables i permeses del diagrama de Ramachandran(Notch)


Arg 1927

Tyr 1939 (H)

Met 1961

Arg 2071 Glu 2072

Arg 2005-Leu 2006 (H)

His i Met (H) Arg (P)

Trp 2035

Ala 2038 Val 2039


Interaccions CSL : ANK diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL(Notch)


Tyr1939 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Arg1927

Glu433

Thr429

Ponts d’Hidrogen entre cadenes laterals:


Interaccions hidrofòbiques: diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL


Interaccions CSL : ANK diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL(Notch)


Arg1927 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Arg2005

2,87 A

2,93 A

Gln347

Glu358

Ponts d’Hidrogen entre cadenes laterals:


Interaccions hidrofòbiques: diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL


Interaccions CSL : ANK diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL(Notch)


Arg2071 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Glu2072

2,9 A

2,77 A

Glu385

Tyr381

Ponts d’Hidrogen entre cadenes laterals:


Interaccions hidrofòbiques: diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL


Secondary docking site CSL:ANK diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

180º


Secondary docking site CSL:ANK diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL


Interaccions polars diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL


Clúster hidrofòfic en el secondary docking site diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL


. diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Interaccions RAM

NOTCH-ankirin

4

NOTCH-ram

2

3

1

  • Ram-CSLButxaca hidrofòbica

  • Ram-CSL  Fulla antiparal·lela

  • Ram-CSLCluster electrostàtic

  • Ram-Ank  Interaccions polars

CSL


Interaccions RAM diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

NOTCH-ankirin

NOTCH-ram

1

  • Ram-CSLButxaca hidrofòbica

  • Ram-CSL  Fulla antiparal·lela

  • Ram-CSLCluster electrostàtic

  • Ram AnkInteraccions polars

CSL


1. Interaccions RAM-CSL diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL Butxaca hidrofòbica

CSL

NOTCH-ankirin

NOTCH-ram

Butxaca hidrofòbica


Alineament conservat de CSL diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL residus de la butxaca

W945

P947

NOTCH-ram

CSL


Motiu conservat dins el domini RAM : diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

FWFP


Alineament CSL diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL residus conservats implicats en la butxaca hidrofòbica


. diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Interaccions RAM

NOTCH-ankirin

NOTCH-ram

2

  • Ram-CSLButxaca hidrofòbica

  • Ram-CSL  Fulla antiparal·lela

  • Ram-CSLCluster electrostàtic

  • Ram-ANKInteraccions polars

CSL


2. Interacció RAM (NotchIC) – CSL (hipòtesis) diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

FWFP

Formació fulla b antiparal·lela

938-941


Interaccions RAM diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

NOTCH-ankirin

NOTCH-ram

3

  • Ram-CSLButxaca hidrofòbica

  • Ram-CSL  Fulla antiparal·lela

  • Ram-CSLCluster electrostàtic

  • Ram-ANK Interaccions polars

CSL


Arg diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Arg

3. Interaccions RAM: RAM-CSL  cluster electrostàtic

RAM

Lys

Asp

Asp

CSL

Asp


Interaccions RAM diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

NOTCH-ankirin

4

NOTCH-ram

  • Ram-CSLButxaca hidrofòbica

  • Ram-CSL  Fulla antiparal·lela

  • Ram-CSLCluster electrostàtic

  • Ram-ANKInteraccions polars

CSL


4 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL. Interaccions RAM: RAM-ANK Interaccions polars


Glu diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

1

ANK

Tyr

2

3

Glu

Arg

Thr

RAM

Arg


Interaccions RAM: diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL RAM-ANK Interaccions polars

1

RAM

2,69 Å

ANK


2 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

3,87 Å ?

RAM

ANK


3 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

2,94 Å

RAM

ANK


MAML1 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Acomodació de MAML1

  • Unió cooperativa de MAML-1 per part d’ANK i CSL

Solc creat per ANK_CSL

CSL

ANK


Interacció MAML-1 humà : ANK diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Interacció MAML-1 humà : CSL

MAML (Mastermind) : Alineament de seqüència

MAML1 human

MAMl1 mouse

Mast.X.laevis

MAML3 human

MAML2 human

MAM D.melanog

LAG3 C.elegan

Alineament dels residus 13-67 de MAML1 humana (regió cristal·litzada)


Interfase III diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Interfase IV

Interfase I

Interfase II

  • Superfícies de contacte MAML-1  ANK i CSL

Interaccions amb CSL

Interaccions amb domini ANK


Interfase I

Interaccions amb domini ANK


Arg22 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

- Pont d’hidrogen entre Arg22 i Gln1975

Gln1975

  • Interfase I : Unió domini ANK : MAML1


- Enllaç iònic  Arg22 Asp1973


Arg25 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Glu2009

  • Interfase I : Unió domini ANK : MAML1

- Enllaç iònic Arg25 Glu2009


Arg22 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Glu2009

  • Interfase I : Unió domini ANK : MAML1

- Pont d’hidrogen Arg22 -Glu2009


Interfase II

Interaccions amb domini ANK


Arg40 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

2,66 Å

Asp2109

  • Interfase II : Unió domini ANK : MAML1

- Pont d’Hidrogen Arg40 Asp2109


Arg48 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Val44

Glu47

Met2106

  • Interfase II : Unió domini ANK : MAML1

- Interacció hidrofòbica Met2106 –Val44 i parts alifàtiques de Glu47 i Arg48


  • Alineament per seqüència dels diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSLdominis ANK (NotchIC): Residus conservats en la interacció amb MAML-1

Asp 1973 i Gln 1975

Ala 2009

Glu 2009

Asp 2109


Interaccions amb CSL

Interfase III


  • Interfase III diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL Unió CSL (domini RHR-C) : MAML1

1. Clustter hidrofòbic Ile27 Cys30 Arg31  Met365 Leu388 Met380


  • Interfase III diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL Unió CSL (domini RHR-C) : MAML1

2. Enllaç iònic Arg31 Glu378


  • Interfase III diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL Unió CSL (domini RHR-C) : MAML1

3. Interacció hidrofòbica Glu38 Tyr41 Thr365 Pro366 Asn367


Interaccions amb CSL

Interfase IV


  • Interfase IV diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL Unió CSL (domini RHR-N) : MAML1 (C-term)

  • Four-stranded b sheet of RHR-N perpendicular a MAML

  •  2n docking site predominantment hidrofòbic


  • Interfase IV diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL Unió CSL (domini RHR-N) : MAML1 (C-term)

- Contactes hidrofòbics


His55 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Thr56

Leu59

His60

  • Interfase IV  Unió CSL (domini RHR-N) : MAML1 (C-term)

- Contactes hidrofòbics  residus de MAML1


Lys130 diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

Phe132

Met98

Phe88

  • Interfase IV  Unió CSL (domini RHR-N) : MAML1 (C-term)

- Contactes hidrofòbics  residus de CSL


  • Interfase IV diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL Unió CSL (domini RHR-N) : MAML1 (C-term)

- Interaccions polars (capping)


Gran diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSLconservació al llarg de l’evolució dels residus que les formen

IMPORTÀNCIA

Mecanisme actuació via Delta-Notch

(estadis de desenvolupament embrionari)

CONCLUSIONS

Elevat nombre d’interaccions entre NotchIC:CSL:MAML

Conversió de CSL represor  activador transcripció

Fins i tot conservada en alguns virus  Epstein Barr (FWFP)


Bibliografia
Bibliografia diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL

  • Modulation of Notch signaling by mastermind-like (MAML) transcriptional co-activators and their involvement in tumorigenesis.Wu L, Griffin JD. Semin Cancer Biol. 2004 Oct;14(5):348-56.

  • Structural requirements for assembly of the CSL.intracellular Notch1.Mastermind-like 1 transcriptional activation complex. Nam Y, Weng AP, Aster JC, Blacklow SC.J Biol Chem. 2003 Jun 6;278(23):21232-9. Epub 2003 Mar 18.

  • Structural basis for cooperativity in recruitment of MAML coactivators to Notch trasncription complexesNam Y, Sliz et al.Cell 124, 973 – 983, March 10, 2006.

  • Crystal structure of the nuclear effector of Notch signaling, CSL, bound to DNA. Kovall RA, Hendrickson WA. The EMBO Journal 23, 3441-3451, Nov 17, 2004.

  • The ankyrin repeat as molecular architecture for protein recognition.Mosavi LK, Cammett TJ, Desrosiers DC Peng Z.Protein Science 13, 1435 – 1448, 2004.

  • Target selectivity of vertebrate notch proteins. Collaboration between discrete domains and CSL-binding site architecture determines activation probability. Kopan R et al. J Biol Chem. 281(8):5106-19, Dec 19, 2005.

  • Structura and stabiliy of the ankyrin domain of the Drosophila Notch receptor. Zweifel ME, Leahy DJ, Hughson FM, Barrick D. Protein Science 12, 2622-2632, Aug 6, 2003.


  • Annexes diferents proteïnes notch: Residus conservats en la interacció amb CSL






1. Respecte el complex ternari de notch, el formen les següents proteïnes:

a) Notch, LSF i MAML

b) Notch Intracel·lular, CSL i MAML

c) Notch Intracel·lular, CSL i p300

d) Notch, CSL i MAML

e) Notch, ankyrines i RAM

2. Respecte la formació del complex, senyala la incorrecta:

a) CSL és troba unit al DNA sempre, tant abans de la formació del complexe com després

b) MAML és la última proteïna en unir-se al complex

c) Notch IC (intracel·lular) s’uneix tant a CSL com al DNA

d) La unió de les tres proteïnes forma un complex globular

e) És necessària la unió cooperativa de Notch IC i CSL perquè s’uneixi MAML


4. Assenyala la opció correcta respecte la proteïna CSL:

a) Els tres domini de CSL tenen homologia amb les proteïnes Rel

b) El domini d’interacció amb el DNA és el CTD

c) La interacció amb MAML es dóna a partir de 2 dels 3 dominis de CSL

d) La conservació de seqüència de CSL en homòlegs és inferior al 10%

e) El domini BTD és troba freqüentment en factors de transcripció


5. Respecte la regió/domini RAM, senyala la opció correcta:

a) És un segment de més de 1000 aminoàcids

b) Té una estructura secundària formada per hèlix a

c) Hi trobem un motiu conservat de 4 residus hidrofòbics (FWFP), fins i tot en una proteïna viral

d) És un domini d’unió al DNA

e) Totes les anteriors són correctes

6. Respecte el domini d’ankyrines, senyala la correcta:

a) Es tracta d’un número variable de repeticions de 33 residus

b) Cada repetició adopta una estructura de helix a – loop – helix a separades per un llarg loop o b-hairpin

c) Les dues anteriors

d) En els loops es troben conservats principalment glicines.

e) Totes les anteriors són certes


7. Respecte l’hèlix MAML, senyala les opcions correctes: correcta:

a) Té una estructura de kinked-hèlix

b) La prolina central en humans i C.elegans és la responsable de la curvatura de l’hèlix

c) Les dues anteriors

d) MAML només interacciona amb Notch IC

e) Totes les anteriors

8. Respecte les interaccions al complex ternari, senyala la opció incorrecta:

a) Els residus implicats en la unió es conserven en diferents espècies

b) Les interaccions específiques de seqüència de DNA es donen entre els residus de CSL i la desoxiribosa

c) Les interaccions específiques de seqüència de DNA es donen entre els residus de CSL i les bases nitrogenades

d) Existeix una interacció entre el motiu hidrofòbic conservat de RAM i una butxaca hidrofòbica de CSL

e) MAML interacciona tant amb Notch IC com amb CSL


9. Respecte el domini d’ankyrines de Notch IC, senyala la incorrecta

a) Es troben en moltes proteïnes diferents implicades en diferents vies de senyalització diferents.

b) Quant major nombre de repeticions té el domini, més forma corbada (L-shaped) té.

c) En proteïnes de famílies diferents, la seqüència no es conserva gaire; en canvi, presenten una clara conservació estructural

d) Es tracta d’un cas de convergència evolutiva

e) Està format principalment per fulles b

  • 10. Assenyla la opció correcta respecte el complex ternari de Notch IC:

  • 1. És un complex repressor de la transcripció

  • 2. Existeixen 4 tipus de Notch en humans i ratolins

  • 3. El plegament de MAML és un barril beta

  • 4. Existeixen 3 tipus de MAML en humans

  • 1, 2 i 3

  • 1 i 3

  • 2 i 4

  • 4

  • 1, 2, 3 i 4


Preguntes d’assaig incorrecta

  • 1. Descriu el domini d’ankirines

  • Es tracta de repeticions de 33 residus.

  • És un dels motius d’interacció entre proteïnes més comú. Es troba en moltes proteïnes de funcions variades: (transcriptional initiators, cell-cycle regulators, cytoskeletal, ion transporters and signal transducers…)

  • Definits més per l’estructura que no pas per la funció, ja que no reconeixen una única seqüencia o estructura.

  • Consisteix en helix-loop-helix amb un beta-hairpin o llarg loop que projecta cap a fora les hèlices amb un angle aproximat de 90º.

  • Consisteix en repeticions consecutives que s’ajunten formant un domini L-shaped. (semblant a mà)

Imatge orientativa


2. En el cas del domini/regió RAM, quina circumstància fa que adopti estructura secundària significativa?

El domini RAM de forma aïllada no presenta cap estructura secundària significativa. En canvi, quan forma part del complexe ternari i estableix interaccions amb CSL adopta una estructura de làmina b formant una fulla antiparal·lela amb una làmina b de CSL. Així doncs, és el context de la interacció amb una altra proteïna el que li confereix certa estructura que de forma aïllada no tindria.


ad