1 / 16

Обзор функциональных возможностей Vector NTI

Обзор функциональных возможностей Vector NTI. Подготовил: Кликич Евгений Николаевич, студент 4 курса. Введение. Vector NTI Suite – это удобный набор программных инструментов, предназначенных главным образом для анализа последовательностей. Введение.

felix
Download Presentation

Обзор функциональных возможностей Vector NTI

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Обзор функциональных возможностей Vector NTI Подготовил: Кликич Евгений Николаевич, студент 4 курса.

  2. Введение • Vector NTI Suite – это удобный набор программных инструментов, предназначенных главным образом для анализа последовательностей.

  3. Введение • Vector NTI разработан для специалистов в области молекулярной биологии и позволяют изучать, визуализировать, манипулировать, конструировать биологические молекулы, а также хранить и предоставлять доступ к информации об этих молекулах.

  4. С помощью Vector NTI можно: • Осуществлять поиск в базе данных молекул и энзимов; • Разрабатывать стратегию рекомбинации и соответствующие протоколы; • Симулировать гель-электрофорез, анализировать результаты эксперимента; • Анализировать и манипулировать ДНК, РНК и белковыми молекулами; • Создавать или импортировать молекулы, энзимы, олигонуклеотиды, добавлять описание и дополнительную информацию;

  5. Некоторые функциональные возможности Vector NTI Подбор праймеров и ПЦР Симулятор гель-электрофореза Конструирование молекул

  6. Интерфейс Vector NTI Область специфического инструментария Строка меню Область текста (эта область содержит текстовую информацию проделанной работе) Графическая область Панель последовательностей

  7. Инструменты Vector NTI и Интернет • Средства Vector NTI помогают сформировать информационный запрос и адресовать его некоторым публичным WWW-серверам, также можно организовывать поиск информации с помощью системы BLAST, анализировать и выравнивать последовательности.

  8. Инструменты Vector NTI и Интернет Vector NTI откроет в Web-браузере форму запроса, сформированную для BLAST Search сервера. Эта форма – шлюз между Vector NTI и BLAST Search сервером, она содержит опции, позволяющие нам настроить различные параметры поиска в BLAST.

  9. Инструменты Vector NTI и Интернет Сервер уведомит нас о постановке нашего запроса в очередь и предложит некоторое время подождать.

  10. Инструменты Vector NTI и Интернет По истечении времени, указанного в ответе сервера необходимо нажать на клавишу Format. Откроется новая страница с описанием молекулы в формате GenBank.

  11. Инструменты Vector NTI и Интернет Далее загружаем результаты поиска в программу Vector NTI В результате в Vector NTI откроется уже знакомое нам Display window с информацией о новой молекуле.

  12. Конструирование молекул • Конструирование молекулы DNA выполняется по следующей схеме: • Выбор и описание фрагментов молекулы; • Создание списка фрагментов, описывающего целевую молекулу (Goal Molecule Definition List); • Вызов соответствующего инструмента и собственно конструирование молекулы.

  13. Конструирование молекул Описание молекулы может быть импортировано из GenBank, EMBL, FASTA; Для описания молекулы может быть использована последовательность из какого-либо текстового файла; Молекула может быть разработана по правилам встроенной в Vector NTI базы биологических знаний.

  14. Конструирование молекул Конкретный пример: Наша задача – создать новую молекулу на базе клонирования гена устойчивости к тетрациклину из pBR322 в pUC19, используя сайты рестрикции EcoRI и AvaI в pBR322, EcoRI и SmaI в pUC19. Сформулируем задачу

  15. Спасибо за внимание

More Related