1 / 23

Gene Expression Omnibus

Universidade da Beira Interior Ciências Biomédicas . Gene Expression Omnibus. Bioinformática Prof. Paulo Fazendeiro. Trabalho realizado por: Ana Margarida Barata, nº 24647 Ana Isabel Monteiro, nº 25070 Henrique Matos Cardoso, nº 25971. Surgimento da GEO (Gene Expression Omibus ).

fayola
Download Presentation

Gene Expression Omnibus

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Universidade da Beira Interior Ciências Biomédicas Gene ExpressionOmnibus Bioinformática Prof. Paulo Fazendeiro • Trabalho realizado por: • Ana Margarida Barata, nº 24647 • Ana Isabel Monteiro, nº 25070 • Henrique Matos Cardoso, nº 25971

  2. Surgimento da GEO (Gene ExpressionOmibus) • O projecto GEO foi iniciado em 1999 devido ao aumento do repositório público de dados gerados através de experiências com microarrays. • GEO tem um design flexível e aberto que permite submissões, armazenamento e recuperação de muitos tipos de colecções de dados obtidos através: • Taxas de expressão génica, • Hibridização genómica; • Experiências com anticorpos.

  3. Submissões ao GEO • A submissão de um grande volume de dados é rapidamente incorporada ao GEO através de arquivos SOFT (SimpleOmnibusFormatin Text). • Submissões podem ficar em sigilo por até seis meses. • O banco de dados não é curado, por enquanto, mas as submissões são verificadas para que pré-requisitos básicos sejam incorporados.

  4. Base de Dados de genes de alto rendimento, acoplada ao NCBI Especifica toda a informação necessária para interpretar resultados e reproduzir resultados Padrão para relatar experiências de microarrays Microarray’s compatíveis com formato MIAME Dados Chip-chip Contém Combina a imunoprecipitação da cromatina (ChIP) com a tecnologia microarray (chip) Investigação da interacção entre proteínas e DNA in vivo

  5. Obtenção da Amostra - Microarrays Análise de Dados

  6. Obtenção da Amostra – ChIP-on-chip

  7. Obtenção da Amostra – ChIP-on-chip

  8. Expressão Génica em 4 secções Descreve lista de elementos no array ou lista de elementos que podem ser detectados na experiência Plataform DataSets Conjunto de colecções de amostras Arquitectura Sample Descreve condições em que mRNA foi obtido e medição de cada elemento obtido a partir dele Series Define um conjunto de amostras relacionadas e como são relacionadas

  9. GEO- Estatísticas

  10. Parte Prática http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

  11. Sequência Pesquisa Arquitectura

  12. Vários Domínios

  13. Séries

  14. Dados Sobre a série

  15. Dados Sobre a série

  16. Dados Sobre Amostra

  17. Dados Sobre Plataforma

  18. Dados Sobre Datasets

  19. Pesquisa Avançada Limites

More Related