Gene expression omnibus
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Universidade da Beira Interior Ciências Biomédicas . Gene Expression Omnibus. Bioinformática Prof. Paulo Fazendeiro. Trabalho realizado por: Ana Margarida Barata, nº 24647 Ana Isabel Monteiro, nº 25070 Henrique Matos Cardoso, nº 25971. Surgimento da GEO (Gene Expression Omibus ).

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Presentation Transcript
Gene expression omnibus

Universidade da Beira Interior

Ciências Biomédicas

Gene ExpressionOmnibus

Bioinformática

Prof. Paulo Fazendeiro

  • Trabalho realizado por:

  • Ana Margarida Barata, nº 24647

  • Ana Isabel Monteiro, nº 25070

  • Henrique Matos Cardoso, nº 25971


Surgimento da GEO (Gene ExpressionOmibus)

  • O projecto GEO foi iniciado em 1999 devido ao aumento do repositório público de dados gerados através de experiências com microarrays.

  • GEO tem um design flexível e aberto que permite submissões, armazenamento e recuperação de muitos tipos de colecções de dados obtidos através:

    • Taxas de expressão génica,

    • Hibridização genómica;

    • Experiências com anticorpos.


Submiss es ao geo
Submissões ao GEO

  • A submissão de um grande volume de dados é rapidamente incorporada ao GEO através de arquivos SOFT (SimpleOmnibusFormatin Text).

  • Submissões podem ficar em sigilo por até seis meses.

  • O banco de dados não é curado, por enquanto, mas as submissões são verificadas para que pré-requisitos básicos sejam incorporados.


Base de Dados de genes de alto rendimento, acoplada ao NCBI

Especifica toda a informação necessária para interpretar resultados e reproduzir resultados

Padrão para relatar experiências de microarrays

Microarray’s compatíveis com formato MIAME

Dados Chip-chip

Contém

Combina a imunoprecipitação da cromatina (ChIP) com a tecnologia microarray (chip)

Investigação da interacção entre proteínas e DNA in vivo


Obtenção da Amostra - Microarrays

Análise de Dados




Expressão Génica em 4 secções

Descreve lista de elementos no array ou lista de elementos que podem ser detectados na experiência

Plataform

DataSets

Conjunto de colecções de amostras

Arquitectura

Sample

Descreve condições em que mRNA foi obtido e medição de cada elemento obtido a partir dele

Series

Define um conjunto de amostras relacionadas e como são relacionadas



Parte Prática

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/


Sequência

Pesquisa

Arquitectura








Dados Sobre Datasets



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