Struktura genomu a jeho interakce s prostředím

1. Struktura genomua jeho interakce s prostředím MUDr. Michal Jurajda, Ph.D.

2. Základní pojmy • Genom – kompletní genová výbava organismu • Genofond – souhrn všech alel všech genů daného biologického druhu. • Gen – úsek řetězce DNA přepisovaný do RNA včetně předcházejících následných a vložených úseků nezbytných pro realizaci genetické informace. • Lokus – místo, které zaujímá určitý gen na chromozomu • Alela – konkrétní forma genu

3. Realizace genetické informace • Genotyp • Fenotyp

4. Organizace genomu

5. DNA

6. Genetický kód je univerzální • Genetický kód je „degenerovaný“

7. Genetický kód

8. gen 3´ Kódující vlákno 5´ DNA Exon 4 Exon 1 Intron 1 I 2 E 3 I 3 Promotor E2 3´ 5´ templátové vlákno RNA 3´ 5´ Transkripce RNA transkript 5´ 1 I 2 I 3 I 4 3´ 5´UTR Processing (capping, adice poly A, splicing) 1 4 AAAAAn Cap 2 3 Zralá mRNA 3´UTR 5´UTR Translace 1 2 3 4 Protein NH2 COOH

9. Chromozóm

10. Karyotyp

11. Genom ve zdraví a nemoci • Genetická výbava jedince (souhrn všech genů=genom) je sice osudově zadána v okamžiku zplození, ale není pro další život konečná, protože v průběhu života se může měnit jak pod vlivem četných faktorů epigenetických (vlivy prostředí), tak pod vlivem dalších faktorů genetických (např. mutacemi somatických buněk v průběhu maligní transformace).

12. Genomika • je obor genetiky, který se snaží stanovit úplnou genetickou informaci organismu a interpretovat ji v termínech životních pochodů. Někdy se genomika rozděluje na tzv. strukturní genomiku, spočívající ve stanovení sledu nukleotidů genomu organismu, na bioinformatiku, jež počítačovými metodami a prací v databázích interpretuje přečtenou dědičnou informaci a na funkční genomiku, kde se experimentem, například vyřazením nějakého genu z činnosti (zvířecí modely typu knock out), snažíme přiřadit funkci neznámým genům, případně funkci genů studovat.

13. Genom ve zdraví a nemoci • Jednou ze základních otázek určující zdraví člověka během života bude tedy nesporně stabilita genomu a schopnost ji udržovat. Na této úrovni spolupracuje řada opravných (reparačních) systémů schopných ad hoc opravovat chyby (mutace) v DNA, ke kterým dochází zejména při přepisu DNA v procesu buněčného dělení. • Stresové situace, do kterých se v průběhu života organismus nevyhnutelně dostává, provokují nárůst genetické nestability mnoha mechanismy.

14. Genové mutace • Z hlediska patogeneze nemocí je důležité, zda se jedná o mutace v somatických buňkách, které vznikají v průběhu života, většinou jsou buněčně nebo tkáňově specifické a nepřenášejí se na potomstvo, nebo zda jde o tzv. zárodečné mutace, které vznikají v zárodečných buňkách (vajíčko nebo spermie), stávají se součástí vrozené genetické predispozice, jsou obsaženy ve všech buňkách a přenášejí se na potomstvo. • Mutací vzniklé alely jsou v populaci z různých důvodů vzácné (např. jsou výrazně patologické a tudíž jsou z populace odstraňovány selekcí, nebo vznikly nedávno a nestačily se v populaci rozšířit) a časté(polymorfismy).

15. Polymorfismy v DNA • Jako polymorfismy v DNA se označují přirozeně se objevující změny v sekvenci DNA s více než jednou variantou-alelou, s populační frekvencí více než 1 %. Objevují se v průměru jednou na každých 1000 párů bází genomové DNA. • Asi 90 % z nich jsou polymorfismy se záměnou jednoho nukleotidu (single nucleotide polymorphisms - SNP), jejichž podstatou je substituce jedné báze. • Většina těchto polymorfismů leží v nekódujících (intronových) sekvencích, na jejichž funkční význam existují odlišné názory.

16. Polymorfismy v DNA • Kromě SNP se vyskytují také minisatelitní a mikrosatelitní polymorfismy, které vznikají v důsledku variace v  tzv. tandemových repetitivních sekvencích. Minisatelitní polymorfismy jsou obvykle dlouhé 0,1-20 kilobází, zatímco mikrosatelitní často méně než 100 párů bazí. • Většina mikrosatelitních polymorfismů jsou dinukleotidové opakovací (repeat) sekvence, jako je např. opakování motivu CA. SNP jsou obvykle bialelické (existují jen dvě alely), mikrosatelitní polymorfismy multialelické (existuje více než dvě alely). Ačkoliv většina polymorfismů je zřejmě funkčně neutrální, část z nich zřejmě má alelicky specifické účinky na regulaci genové exprese nebo funkce kódovaného proteinu, což determinuje interindividuální variabilitu v biologických znacích i vnímavost vůči nemoci.

17. Polymorfismy v DNA • Ačkoliv většina polymorfismů je zřejmě funkčně neutrální, část z nich zřejmě má alelicky specifické účinky na regulaci genové exprese nebo funkce kódovaného proteinu, což determinuje interindividuální variabilitu v biologických znacích i vnímavost vůči nemoci.