1 / 36

klastermeetod

klastermeetod. optimummeetod. puude otsingud. põhjalik otsing ( exhaustive search ) - vaadeldakse kõiki võimalkke määratletud otsing ( specific tree search ) - potentsiaalselt õigeid branch-and-bound (Hendy & Penny 1982) - eelmisest pikemaid ignoreerides

ellie
Download Presentation

klastermeetod

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. klastermeetod optimummeetod

  2. puude otsingud põhjalik otsing (exhaustive search) - vaadeldakse kõiki võimalkke määratletud otsing (specific tree search) - potentsiaalselt õigeid branch-and-bound (Hendy & Penny 1982) - eelmisest pikemaid ignoreerides heuristiline otsing (heuristic search) - ainult väikene hulk võimalikest kui m>20

  3. 1. branch-and-bound järjekord (Kumar 1993) a a a a igal puul rekonstrueeritakse MP sõlmed b b b b c c c c 1) leitakse maksimaalse pikkusega 3-tipuline puu (vaadeldes kõikvõimalikke triplette) saadud puu pikkus salvestatakse kui Lm 2) d d d neljas tipp d lisatakse selliselt, et tema kolmest võimalikust paigutusest (a,d), (b,d), (c,d) saadud minimaalse puu pikkus oleks maksimaalne kõigi teiste võimalike d-de hulgast; ja selle pikkus saab uueks Lm-iks

  4. 1. branch-and-bound:-> MP search (Kumar 1993) c a d b c b c a a a d b d b c d e e e c b c a a a b d d c d b Lu2<Lu1 b c c a a a d b d d b c e e e e e e c c b a a a Lu1 d d b d c b b c c a a a d b d d c b e e e b c a a d b c d e e e

  5. 2. heuristiline otsing (Kumar 1993) PHYLIP (“jumble”) PAUP* järkjärguline tippude lisamine a) andmemaatriksist tulenevalt (“as is”) b) juhuslikult (“random”) c) lühima puu pikkuse suunas (“closest”) puu harude vahetamine (branch swapping) MP puu

  6. branch swapping a b c d d d a c a e e e c b b 1. lähimate naabrite vahetus (nearest neighbor interchange, NNI) - vaadeldakse kõiki võimalikke vahetusi lähimas topoloogilises naabruses (dT=2, 4..) 1 1 1 (2) - ja valitakse lühim (Lm)

  7. branch swapping a c c c c d d d d T1 b b b b c a c a c d e a c b d d d a d e e e e e e a e e b b c b b T2 a T3 a a T4 2. alampuu pügamine ja taasühendamine (subtree pruning regrafting, SPR) puul 2m-3 serva

  8. branch swapping a a d d a a c b c a e f d e d d c c e f f f f b c b b b e e 3. puu kaheks jagamine ja taasühendamine (tree subsection and reconnection, TBR)

  9. branch swapping 4. star decomposition, SD NJ algoritm ML puu otsinguks (Saitou 1988; Adachi &Hasegawa 1996)

  10. MEETODITE VÕRDLEMINE • Kiirus (NJ, UPGMA) • Kokkusobivus, consistency (MP probleem) • Statistiline kontrollitavus (bootstrap) • Tõenäosus õige puu leidmisele (simulatsioonid) • Võime harupikkusi õieti hinnata

  11. MEETODITE VÕRDLEMINE * Milles kaks puud omavahel erinevad?

  12. topoloogiline kaugus kahe puu vahel 5 4 6 6 3 3 5 4 1 1 7 7 d d a a b b c c e e 8 8 2 2 (1,2,3,4) (5,6,7,8) (1,2) (3,4,5,6,7,8) (1,2,3,5) (4,6,7,8) (1,2) (3,4,5,6,7,8) A B dT=2x2=4 Penny & Hendy (1985): kahe puu vaheline topoloogiline kaugus on kaks korda suurem harude arvust, mille katkestamisel saadud alamhulgad antud puude vahel erinevad. kehtib dihhotoomsete puude korral, polütoomsete korral, üldvalem: Rzhetsky, Nei 1992 kus q=võimalike sisemiste jagude arv; ja p=identsete jagude arv

  13. MEETODITE VÕRDLEMINE • Milles kaks puud omavahel erinevad? • Millised on erinevatel meetoditel konstrueeritud puude pikkused?

  14. 890 bp mtDNA HC: 73 transitsiooni 5 transversiooni (Brown et al. 1982) kokku 281 varieeruvat, s.h. 90 informatiivset positsiooni kolm topoloogiat, millel totaalne puu pikkus L<149

  15. juur juur juur kaalutud MP puu (R=6) MP puu G C H O O O G H H dT=2 dL=2 B B B G C C L=147 (356) L=145 (354) L=148 (357)

  16. meetodite võrdlemine fülogonees eksperimentaalselt teada

  17. meetodite võrdlemine simulatsioonid, erinevad kiirused, erinevad haru pikkused

  18. meetodite võrdlemine simulatsioonid, erinevad kiirused, erinevad haru pikkused

  19. meetodite võrdlemine simulatsioonid, informatsiooni hulk

  20. meetodite võrdlemine simulatsioonid, informatsiooni hulk

  21. õige puu rekonstrueerimine: meetodite erinevus ja võrreldavus

  22. meetodite võrdlemine

  23. fit distants meetodid:

  24. vaalad gamma-fibrinogeeni geen (8kb, Gatesby 1997); MP puu näide, vaalade evolutsioon klassikaliselt mäletsejad jõehobu sõralised sead kaamel teised imetajad

  25. vaalade evolutsioon

  26. vaalade evolutsioon

  27. meetodite võrdlemine kongruentsus - erinevatest andmetest sama puu saamine kaks tegelikku puud, mustad sõõrid tähistavad kokkulangevaid sõlmi kahe juhuslikult saadud puu topoloogiline kaugus

  28. meetodite võrdlemine kongruentsus - erinevatest andmetest sama puu saamine

  29. meetodite võrdlemine kongruentsus - keelte ja geenide puu kokkulangevus

  30. bootstrap

  31. bootstrap

  32. bootstrap (real replica)

  33. bootstrap (pseudo-replica) puu

  34. bootstrap (pseudo-replica)

  35. bootstrap’i probleemid bootstrap eeldab, et varieeruvad nukleotiidid on sõltumatud ja ühtlaselt jaotunud üle järjestuse majoriti-consensus bootstrap puu hästi toetatud harude (>50%) robustsus võib kahaneda nn. ujuharude ‘floating branches’ lisamisel ->tuleb kasutada teisi konsensusi

  36. parameetriline bootstrap

More Related