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Formation aux analyses morphométriques. Apiclass. Sées 11 janvier 2014. Sommaire. 1. Présentation 1.1 Apiclass 1.2 Méthode 1.3 Matériel 2. Installations 2.1 Scanner à diapositive 2.2 Compte Apiclass 3. Echantillons 4. Préparation des ailes 5. Numérisation

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Presentation Transcript


Apiclass

  • Formation aux analyses morphométriques

Apiclass

Sées

11 janvier 2014


Sommaire

Sommaire

1. Présentation

1.1 Apiclass

1.2 Méthode

1.3 Matériel

2. Installations

2.1 Scanner à diapositive

2.2 Compte Apiclass

3. Echantillons

4. Préparation des ailes

5. Numérisation

5.1 Dossier d’enregistrement

5.2 Réglages de SylverFast

5.3 Numérisation

5.4 Enregistrement

6. Exploitation des ailes

6.1 Connexion

6.2 Analyse

7. Interprétation des résultats

7.1 Présentation des résultats

7.2 Document d’exploitation

7.3. Analyse des résultats

Conclusion

Sources


Apiclass

1. Présentation

2.1 Scanner à diapositive

  • Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

  • Deux scanners Plustek à la section abeille noire

  • Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :

    • OpticFilmSeries

    • SilverFast


Apiclass

1. Présentation

1.1 Apiclass

  • Système en ligne d’identification morphométrique des ailes d’abeilles pour en connaitre la sous-espèce.

  • Mise en place par le Muséum National d’Histoire Naturelle.

  • Basé sur 5000 ailes d’ouvrières dont l’appartenance aux sous-espèces a été identifiée par analyse génétique.

  • L’analyse est réalisée par le logiciel ce qui supprime l’effet opérateur.

  • Système évolutif et accessible gratuitement à tous.


Apiclass

1. Présentation

1.2 Méthode

  • 4 étapes :

    • Echantillonnage.

    • Montage des ailes entre lame et lamelles.

    • Numérisation des ailes à l’aide d’un scanner à diapositive.

    • Analyse des ailes sur le site Apiclass.


Apiclass

1. Présentation

1.3 Matériel


Apiclass

2. Installations

2.1 Scanner à diapositive

  • Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

  • Deux scanners Plustek à la section abeille noire

  • Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :

    • OpticFilmSeries

    • SilverFast


Apiclass

2. Installations

2.1 Scanner à diapositive

  • Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

  • Deux scanners Plustek à la section abeille noire

  • Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :

    • OpticFilmSeries

    • SilverFast


Apiclass

2. Installations

OpticFilmSeries

  • Fonction : Installer le scanner sur l’ordinateur

  • Guide d’installation sur le CD :

    Plustek OF7400

    French

    Fichier pdf « Scanner »


Apiclass

2. Installations

SilverFast

  • Fonction : Logiciel permettant de traiter les photos numérisées par le scanner

  • Introduire le CD SilverFast et suivre les instructions pour l’installation

  • Une fois le logiciel installé, plus besoin du CD pour utiliser SilverFast


Apiclass

2. Installations

2.2 Compte Apiclass

  • Fonction : Analyser les ailes à partir des photos numérisées par le scanner

  • Créer un compte sur le site Apiclass :

    http://apiclass.mnhn.fr/index.php?option=com_user&view=register&lang=fr


Apiclass

3. Echantillons

2.1 Scanner à diapositive

  • Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

  • Deux scanners Plustek à la section abeille noire

  • Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :

    • OpticFilmSeries

    • SilverFast


Apiclass

3. Echantillons

  • Prélever une cinquantaine d’abeilles à l’aide d’un pots de miel vide par exemple.

    • Au niveau du couvain, en « raclant » le cadre de haut en bas

    • A l’automne de préférence, hors miellé (sinon il y a de la dérive, et donc des abeilles issues de colonies différentes)

  • Congélation de l’échantillon

    NB: le risque de dérive est plus important dans les ruchers où les ruches sont alignées et orientées dans la même direction.


Apiclass

4. Préparation des ailes

2.1 Scanner à diapositive

  • Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

  • Deux scanners Plustek à la section abeille noire

  • Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :

    • OpticFilmSeries

    • SilverFast


Apiclass

4. Préparation des ailes

  • Couper l’aile antérieure droite à sa base. Veiller à ne garder que l’aile antérieure, car l’aile postérieure y est souvent attachée.


Apiclass

4. Préparation des ailes

  • Tremper les ailes dans de l’eau déminéralisée ou distillée à laquelle on aura ajouté quelques gouttes d’agent mouillant (liquide vaisselle).

  • Sur une lame pour préparation microscopique, déposer une grosse goutte d’eau à l’aide d’un pinceau avant d’y déposer l’aile, section coupée à gauche.

  • Déposer une goutte d’eau sur une lamelle, la retourner, et la poser à plat sur l’aile, de sorte que l’eau recouvre l’aile.


Apiclass

4. Préparation des ailes

  • Si l’espace entre lame et lamelle n’est pas entièrement imbibé d’eau, en rajouter au bord de la lamelle à l’aide du pinceau.


Apiclass

5. Numérisation

2.1 Scanner à diapositive

  • Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

  • Deux scanners Plustek à la section abeille noire

  • Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :

    • OpticFilmSeries

    • SilverFast


Apiclass

5. Numérisation

5.1 Dossier d’enregistrement

  • Créer dans vos documents un dossier Apiclass.

  • Dans ce dossier créer un nouveau dossier, le nommer au nom de la colonie que vous analysez. Ex: colonie1


Apiclass

5. Numérisation

5.2 Réglage de SilverFast

  • Brancher le Scanner au port USB de votre ordinateur ainsi qu’à une prise électrique.

  • Ouvrir Silverfast

  • Cliquer sur « Ajustement de la gradation » :

    Une fenêtre s’ouvre : Cliquer sur RAZ puis sur OK

  • Cliquer sur « Filtre » puis choisir auto-accentuation

  • Taper 4000 devant l’icône


Apiclass

5. Numérisation

5.2 Réglage de SilverFast

  • Cliquer sur « Options » :

    Une fenêtre s’ouvre : Taper 1.00 dans

    « Gamma » puis cliquer sur appliquer et OK.


Apiclass

5. Numérisation

5.3 Numérisation

  • Placer les préparations d’ailes sur le porte diapositives et l’introduire dans le scanner.

  • Cliquer sur « Prévisu »


Apiclass

5. Numérisation

5.3 Numérisation

  • La photo du montage de l’aile s’affiche.

  • Ajuster la taille du cadre rouge afin qu’il encadre au mieux l’aile. C’est ce cadre qui délimitera la photo.


Apiclass

5. Numérisation

5.3 Numérisation

  • Une fois l’ajustement du cadre réalisé, cliquez sur « Numérisation »


Apiclass

5. Numérisation

5.4 Enregistrement

  • Il vous est demandé où enregistrer la photo de l’aile. Choisir ce dossier et nommer la photo L suivie du numéro de l’aile analysée, sans espace entre les deux. Enregistrer la photo en type JPG.

  • NB : le nom du fichierpeut empêcher l’analyse sur Apiclass, il ne doit pas comporter d’espace ou de caractères spéciaux.


Apiclass

6. Exploitation des ailes

2.1 Scanner à diapositive

  • Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

  • Deux scanners Plustek à la section abeille noire

  • Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :

    • OpticFilmSeries

    • SilverFast


Apiclass

6. Exploitation des ailes

6.1 Connexion au site Apiclass

  • http://apiclass.mnhn.fr/

  • Connexion : identifiants et mot de passe

    • Pour commencer l’analyse, aller sur :

      « Identification »

      Puis cliquer sur

      « commencer »


    Apiclass

    6. Exploitation des ailes

    6.2 Analyses

    • Une nouvelles page s’ouvre

      • Cocher « Scanner Diapo »

      • Cliquer sur Parcourir et ouvrir une photo d’aile enregistrée dans votre dossier

      • Cliquer sur envoyer le fichier


    Apiclass

    6. Exploitation des ailes

    6.2 Analyses

    • La photo de votre aile s’affiche

      • Cliquer sur le point A

      • Cliquer sur le point B

      • Cliquer sur le point C (le bas de l’aile)

    A

    B

    C


    Apiclass

    6. Exploitation des ailes

    6.2 Analyses

    • Apiclass pointe automatiquement tous les repères

    • Valider les mesures uniquement si les 19 points sont bien placés.


    Apiclass

    7. Interprétation des résultats

    2.1 Scanner à diapositive

    • Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

    • Deux scanners Plustek à la section abeille noire

    • Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :

      • OpticFilmSeries

      • SilverFast


    Apiclass

    7. Interprétation des résultats

    7.1 Présentation des résultats

    • Probabilité d’appartenance à une sous-espèce d’un individu


    Apiclass

    7. Interprétation des résultats

    7.2 Document d’exploitation

    • Rentrer les résultats sur un tableur (Excel)

    • Dans la colonne résultat, taper 1 si la colonie a le plus probabilité d’être de sous-espèce mellifera.

    • Taper 0 si elle la le plus de probabilité d’appartenir à une autre sous-espèce.


    Apiclass

    7. Interprétation des résultats

    7.3 Analyse de la colonie

    • Dans la colonne résultat, écrire dans la case sous votre dernière analyse :

      « =MOYENNE », cliquer sur la proposition MOYENNE et sélectionner les résultats de toute la colonne pour la colonie en question.

    • Faire l’opération pour chaque colonie.

    • Ce pourcentage représente le degré de métissage d’une colonie.

    • Les colonies obtenant les moyennes les plus faibles sont à proscrire pour la multiplication.


    Apiclass

    7. Interprétation des résultats

    7.3 Analyse de la colonie

    • Si vous voulez baser votre sélection sur l’appartenance à la sous-espèce mellifera, privilégiez les colonies obtenant les moyennes les plus hautes.

    • En cas d’égalité, faire la moyenne pour la « Affectation, Mellifera » et choisissez les colonies ayant le plus fort taux moyen de probabilité d’appartenance à la sous-espèce mellifera.


    Apiclass

    Conclusion

    2.1 Scanner à diapositive

    • Fonction : Numériser les préparations d’ailes afin de les exploiter sur informatique.

    • Deux scanners Plustek à la section abeille noire

    • Installer deux logiciels fournis avec les scanners (sur CD-Rom) :

      • OpticFilmSeries

      • SilverFast


    Apiclass

    Conclusion

    • Système performant et accessible à tous.

    • Deux point clefs :

      • Informatique

      • Préparation des ailes

    • N’hésitez pas à me contacter en cas de besoin

      [email protected]


    Apiclass

    Sources

    http://apiclass.mnhn.fr/

    Rubrique documentation


    Apiclass

    Sources

    Merci de votre attention


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