Snp anal zler
Download
1 / 46

SNP ANALİZLERİ - PowerPoint PPT Presentation


  • 317 Views
  • Uploaded on

SNP ANALİZLERİ. Arş. Grv. E. Sacide ÇAĞLAYAN. GENETİK VARYASYONLAR. MUTASYON Bir populasyonda,%1’den daha az sıklıkta görülen nadir varyantlardır. POLİMORFİZM Bir populasyondaki sıklığı en az %1’dir. Polimorfizm.

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about ' SNP ANALİZLERİ' - daryl


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
Snp anal zler

SNP ANALİZLERİ

Arş. Grv. E. Sacide ÇAĞLAYAN


Genet k varyasyonlar
GENETİK VARYASYONLAR

  • MUTASYON

    Bir populasyonda,%1’den daha az sıklıkta görülen nadir varyantlardır.

  • POLİMORFİZM

    Bir populasyondaki sıklığı en az %1’dir.


Polimorfizm
Polimorfizm

  • Aynı türün farklı bireyleri arasında iki veya daha fazla farklı dizinin varlığıdır.

  • DNA replikasyonu sırasında oluşan hatalar sonucu meydana geldikleri düşünülür.

  • İnsan DNA’sında gen diziliminin %99.9’u birbirine benzemektedir.

  • İnsanlar arasındaki genetik çeşitlilik %0.1’lik farklılıktan ileri gelmektedir.


Genetik farkl l klar
Genetik Farklılıklar

  • Fiziksel özelliklerde farklılıklar

  • Hastalıklara yatkınlık ve dirençte görülen farklılıklar

  • İlaç veya besin metabolizmasında görülen farklılıklar


Polimorfizmler genel olarak 3 grupta incelenir.

  • Tek nükleotid polimorfizmleri

  • Mikrosatellit tekrarları

  • İnsersiyon ve delesyonlar


Mutant Dizi

Polimorfizm

Normal Dizi

Nonfonksiyonel Protein ya da

Protein Kaybı

Fonksiyonel protein

Fonksiyonel protein


Tek n kleot d pol morf zmler snp
TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SNP)

  • Belirli bir baz pozisyonunda meydana gelen tek nüklotid değişiklikleridir.

  • Tüm genetik varyasyonların %90’ını oluşturur.


SNP

  • Transisyon (Pürin-Pürin, Primidin-Primidin)

  • Transversiyon (Pürin-Primidin)



Snp etkileri
SNP Etkileri edilmektedir.

  • Sessiz

  • Protein Fonksiyonunu Değiştirir

  • Bir amino asit sekansını değiştirir

  • Regülatuar sekansın fonksiyonunu değiştirir.


  • Gen kodlayan bölgelerde görülen SNP varyantları, bir proteinin amino asit sekansını değiştirmekte ve protein fonksiyonunu doğrudan etkilemektedir .

  • Gen kodlayan bölgelerdeki SNPs’in sayısının 10000-50000 dolaylarında olduğu tahmin edilmektedir.

  • Bunların belirli bir populasyonda görülme sıklıkları %1’in altında olabilmektedir.

  • Bazı SNP, regulatuar sekansları değiştirmekte ve gen ekspresyonunu dolaylı yoldan etkilemektedir.


Apolipoprotein e
Apolipoprotein E proteinin amino asit sekansını değiştirmekte ve protein fonksiyonunu doğrudan etkilemektedir .

  • Apo E için 3 SNP alleli tanımlanmıştır: E2, E3 and E4.

  • Bu 3 allelin varlığı 3 varyant proteinin ortaya çıkmasına neden olur: apo 2, apo 3 and apo 4.


  • E2 alleli en yaygın görülen alleldir (%90). proteinin amino asit sekansını değiştirmekte ve protein fonksiyonunu doğrudan etkilemektedir .

  • E2 allelinden iki kopya taşıyan bireyler klinik olarak normaldir.

  • Bunun dışındaki bireylerde, premature arteriyel hastalıklara yatkınlığa yol açan anormal kan lipit düzeyi ile birlikte tip III hiperlipidemi görülür.

  • Ancak, obezite, yaş, cinsiyet ve hormonal etkiler gibi faktörlerin etkisiyle, E2 homozigot bireylerde de arteriyel hastalıklar gelişebilmektedir.


  • E4 alleli ise Alzheimer hastalığı ile ilişkilidir. proteinin amino asit sekansını değiştirmekte ve protein fonksiyonunu doğrudan etkilemektedir .

  • E4 allelinden iki kopya taşıyan bireyler, hastalığa karşı duyarlıdır ve bunlarda 5-15 yaş arasında demans gelişebilmektedir.

  • Batı populasyonunda taşıyıcı olmayan bireylerle karşılaştırıldığında, E4 taşıyıcılarında Alzheimer gelişimi için rölatif risk, tek kopya taşıyanlarda yaklaşık 3, iki kopya taşıyanlarda 6-15’tir.


Apoliprotein e
Apoliprotein E proteinin amino asit sekansını değiştirmekte ve protein fonksiyonunu doğrudan etkilemektedir .


Bu pozisyonlardaki sistein arjinin değişimi, C-T transisyonundan ileri gelmektedir.


Snp in kullan m alanlar
SNP’in Kullanım Alanları transisyonundan ileri gelmektedir.

  • Tanı ve Risk Profillenmesinde

  • Aday Gen Tayini ve Haritalamada

  • Polimorfizm Testlerinde

  • Epidemiyolojik Çalışma Planlamasında

  • Farmakogenomik ve Fizyolojik Genomikte

  • Çevresel Uyaranlar ve Diete Yanıtta

  • Adli Tıpta


Snp in hastal klarla li kisi
SNP’in Hastalıklarla İlişkisi transisyonundan ileri gelmektedir.

  • Bazı yaygın hastalıklar multifaktöriyeldir.

  • İnsan populasyonları arasındaki genetik farklılıklar nedeniyle bazı populasyonlar, bazı hastalıklara daha duyarlıdır.


  • Populasyonlar arasında görülen genetik farklılıklar, hastalıklara karşı duyarlılık, direnç ve hastalık prognozunu etkileyebilmektedir.

  • Epidemiyolojik ve biyomedikal araştırmalar, farklı populasyonlarda hasta bireyler ve sağlıklı kontroller arasındaki SNP farklılıklarını ortaya koymaktadır.


Kanser, Diabetes mellitus, Alzheimer, bazı kardiovasküler hastalıklar ve Migren gibi hastalıklar SNP ile yakın ilişkilidir.


  • SNP taramalarında, hangi varyant allellerin hastalıkla yakın ilişkili olduğu belirlenebilmektedir.

  • Çeşitli hastalıklara özgü SNP profilleri belirlenmiştir.

  • DNA örneklerinde spesifik SNP allelleri incelenerek bireylerin hastalıklara yatkınlıklarını belirlemek amacıyla tarama yapılabilmektedir.


Farmakogenetik ve snp
Farmakogenetik ve SNP yakın ilişkili olduğu belirlenebilmektedir.

  • Yıllardır, bireyler arasında ilaçlara karşı gelişen yanıtta gözlenen farklılıklar araştırılmaktadır.

  • SNP, ilaç matabolizmasında rol alan enzimlerin fonksiyonlarını değiştirir.

  • Farmakogenetik, hastaların genotipine uygun ilaç kullanımı üzerine yoğunlaşmıştr.


Snp ve kanser
SNP ve Kanser yakın ilişkili olduğu belirlenebilmektedir.

SNP

  • DNA tamir mekanizmasından sorumlu genlerde,

  • Karsinojenlerin metabolizma ve detoksifikasyonundan sorumlu genlerde


  • Kanser, kimyasal karsinojenlerin aktivasyonunda artış ve hücrenin mutajenik hasara karşı geliştirdiği detoksifikasyon ile tamir yeteneğinin azalması sonucu oluşmaktadır.

  • Genotipik varyasyonların tanımlanması ve kanserle ilişkisinin ortaya konması, kanser etiyolojisinin daha iyi anlaşılması ve hastalık riskinin ve kemoterapiye yanıtın tahmin edilebilmesine olanak sağlayacaktır.



Mthfr
MTHFR ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • MTHFR geni kromozom 1’de (1p36.3) lokalizedir

  • Folat metabolitlerinin homosistein remetilasyon yolu ile uzaklaştırılması ve DNA-RNA biyosentezinin doğru bir biçimde gerçekleşmesini sağlar.

  • DNA’nın mutajenik hasarını önler.

  • İlişkili SNP C677T ve A1298C’dir.


G ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.ST

  • Gst enzimi, ekzojen ve endojen reaktiflerin detoksifikasyonunu katalizler.

  • GST M1 ve GST T1 null allellerinde meydana gelen delesyon polimorfizmi enzim aktivitesinin kaybı ile sonuçlanır.

  • Sigara içenlerde akut lösemi, kolorektal adenokarsinoma, tiroid kanseri, mide, akciğer ve pankreas kanseri riskini arttırır.


Nad p h quinone oxidoreductases
NAD(p)H quinone Oxidoreductases ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • 16. kromozomda lokalizedir.

  • Hücreleri oksidatif hasardan korur.

  • C609T polimorfizmi, enzim aktivitesinin azalması ile sonuçlanır.

  • Akciğer kanseri ve akut lösemi riskiartar.


Cytochromep450 monooxigenases
CytochromeP450 monooxigenases ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • Sitokrom monooksijenaz enzimi, ilaç metabolizması, endojen ve ekzojen karsinojenlerin uzaklaştırılması ile yakın ilişkilidir.

  • Cyp1A1 polimorfizmi, akut lösemi ve erken yaşta sigaraya başlayan kadınlarda postmenapozal akciğer kanseri riskini arttırır.


N acetyle transferases
N-Acetyle Transferases ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • NAT 1 ve NAT 2 genleri kromozom 8’de lokalizedir.

  • Aromatik ve heterosiklik karsinojenlerin N-asetilasyon (deaktivasyon) ve O-asetilasyon (aktivasyon) mekanizmalarında rol alır.

  • NAT2’deki T341C ve C481T SNP’lerinde enzim aktivitesinde azalma görülür.

  • Akut lenfositik lösemi ve sigara içenlerde üriner mezhane kanseri riski artar.


Snp dentifikasyonunda kullan lan y ntemler
SNP İdentifikasyonunda Kullanılan Yöntemler ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • Bilinen SNP’lerin Analizi

  • Yeni SNP İdentifikasyonu


Bilinen snp in analizi
Bilinen SNP’in Analizi ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • PCR

  • ARMS (Allele Özgü Amplifikasyon)

  • Oligonükleotid Ligasyon Testleri

  • Minisekanslama

  • FRET (TaqMan Genotipleme)

  • Çip Teknolojisi


Bilinen snp lerin belirlenmesi
Bilinen SNP’lerin Belirlenmesi ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

Jel Analizleri

  • Restriksiyon Enzimleri ile PCR Analizi

  • ARMS

  • Oligonükleotid Ligasyon Analizi

  • Minisekanslama


PCR ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • En yaygın yöntemdir.

  • Bir çift restriksiyon enzimi kullanılır.

  • Özellikler bir restriksiyon bölgesini ortadan kaldıran ve yeni bir restriksiyon bölgesi oluşturan SNPs analizi için uygundur.

  • Farklı restriksiyon değişim paternleri belirleyebilir.


ARMS ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • Primerler, normal DNA sekansları ile eşleşir.

  • Sadece normal bireylerde amplifikasyon gerçekleşir.


Oligon kleotid ligasyon analizi
Oligonükleotid Ligasyon Analizi ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • Hibridizasyon spesifik oligonükleotid problarla olur.


Diğer Genotipleme Teknolojileri ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • FRET Teknolojisi

  • Chip Teknolojileri


Yeni snp dentifikasyonu
Yeni SNP İdentifikasyonu ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • Konformasyon Temelli Mutasyon Tarama

  • Direk DNA Sekanslama


Konformasyon Temelli Mutasyon Tarama ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • SSCP

    * En yaygın kullanılan metodtur.

    * Tek iplikli DNA ipliğinin nondenature jeldeki mobilitesinin belirlenmesi esasına dayanır.


SSCP ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.


Kaynaklar
KAYNAKLAR ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.

  • Alan F Wright. Genetic Variation: Polymorphisms and Mutations. MRC Human Genetics Unit, Edinburgh, UK, 2005

  • http://www.hpcgg.org/Genotyping/index.jsp?name=servicesforresearchers&subname=genotyping

  • http://en.wikipedia.org/wiki/Single_nucleotide_polymorphism

  • www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/snps.shtml

  • www.ornl.gov/sci/techresources/meetings/brookes.shtml -


TEŞEKKÜRLER ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır.


ad