Snp anal zler
Sponsored Links
This presentation is the property of its rightful owner.
1 / 46

SNP ANALİZLERİ PowerPoint PPT Presentation


  • 254 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

SNP ANALİZLERİ. Arş. Grv. E. Sacide ÇAĞLAYAN. GENETİK VARYASYONLAR. MUTASYON Bir populasyonda,%1’den daha az sıklıkta görülen nadir varyantlardır. POLİMORFİZM Bir populasyondaki sıklığı en az %1’dir. Polimorfizm.

Download Presentation

SNP ANALİZLERİ

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


SNP ANALZLER

Ar. Grv. E. Sacide ALAYAN


GENETK VARYASYONLAR

  • MUTASYON

    Bir populasyonda,%1den daha az sklkta grlen nadir varyantlardr.

  • POLMORFZM

    Bir populasyondaki skl en az %1dir.


Polimorfizm

  • Ayn trn farkl bireyleri arasnda iki veya daha fazla farkl dizinin varldr.

  • DNA replikasyonu srasnda oluan hatalar sonucu meydana geldikleri dnlr.

  • nsan DNAsnda gen diziliminin %99.9u birbirine benzemektedir.

  • nsanlar arasndaki genetik eitlilik %0.1lik farkllktan ileri gelmektedir.


Genetik Farkllklar

  • Fiziksel zelliklerde farkllklar

  • Hastalklara yatknlk ve dirente grlen farkllklar

  • la veya besin metabolizmasnda grlen farkllklar


Polimorfizmler genel olarak 3 grupta incelenir.

  • Tek nkleotid polimorfizmleri

  • Mikrosatellit tekrarlar

  • nsersiyon ve delesyonlar


Mutant Dizi

Polimorfizm

Normal Dizi

Nonfonksiyonel Protein ya da

Protein Kayb

Fonksiyonel protein

Fonksiyonel protein


TEK NKLEOTD POLMORFZMLER (SNP)

  • Belirli bir baz pozisyonunda meydana gelen tek nklotid deiiklikleridir.

  • Tm genetik varyasyonlarn %90n oluturur.


SNP

  • Transisyon (Prin-Prin, Primidin-Primidin)

  • Transversiyon (Prin-Primidin)


  • nsan genomunda 10-30 milyon SNP olduu tahmin edilmektedir.

  • ki farkl birey arasnda 1250 bpde bir farkllk olduu tahmin edilir.

  • Belirli bir populasyonda skl genellikle %1den fazladr.


SNP Etkileri

  • Sessiz

  • Protein Fonksiyonunu Deitirir

  • Bir amino asit sekansn deitirir

  • Reglatuar sekansn fonksiyonunu deitirir.


  • Gen kodlayan blgelerde grlen SNP varyantlar, bir proteinin amino asit sekansn deitirmekte ve protein fonksiyonunu dorudan etkilemektedir .

  • Gen kodlayan blgelerdeki SNPsin saysnn 10000-50000 dolaylarnda olduu tahmin edilmektedir.

  • Bunlarn belirli bir populasyonda grlme sklklar %1in altnda olabilmektedir.

  • Baz SNP, regulatuar sekanslar deitirmekte ve gen ekspresyonunu dolayl yoldan etkilemektedir.


Apolipoprotein E

  • Apo E iin 3 SNP alleli tanmlanmtr: E2, E3 and E4.

  • Bu 3 allelin varl 3 varyant proteinin ortaya kmasna neden olur: apo 2, apo 3 and apo 4.


  • E2 alleli en yaygn grlen alleldir (%90).

  • E2 allelinden iki kopya tayan bireyler klinik olarak normaldir.

  • Bunun dndaki bireylerde, premature arteriyel hastalklara yatknla yol aan anormal kan lipit dzeyi ile birlikte tip III hiperlipidemi grlr.

  • Ancak, obezite, ya, cinsiyet ve hormonal etkiler gibi faktrlerin etkisiyle, E2 homozigot bireylerde de arteriyel hastalklar geliebilmektedir.


  • E4 alleli ise Alzheimer hastal ile ilikilidir.

  • E4 allelinden iki kopya tayan bireyler, hastala kar duyarldr ve bunlarda 5-15 ya arasnda demans geliebilmektedir.

  • Bat populasyonunda tayc olmayan bireylerle karlatrldnda, E4 tayclarnda Alzheimer geliimi iin rlatif risk, tek kopya tayanlarda yaklak 3, iki kopya tayanlarda 6-15tir.


Apoliprotein E


Bu pozisyonlardaki sistein arjinin deiimi, C-T transisyonundan ileri gelmektedir.


SNPin Kullanm Alanlar

  • Tan ve Risk Profillenmesinde

  • Aday Gen Tayini ve Haritalamada

  • Polimorfizm Testlerinde

  • Epidemiyolojik alma Planlamasnda

  • Farmakogenomik ve Fizyolojik Genomikte

  • evresel Uyaranlar ve Diete Yantta

  • Adli Tpta


SNPin Hastalklarla likisi

  • Baz yaygn hastalklar multifaktriyeldir.

  • nsan populasyonlar arasndaki genetik farkllklar nedeniyle baz populasyonlar, baz hastalklara daha duyarldr.


  • Populasyonlar arasnda grlen genetik farkllklar, hastalklara kar duyarllk, diren ve hastalk prognozunu etkileyebilmektedir.

  • Epidemiyolojik ve biyomedikal aratrmalar, farkl populasyonlarda hasta bireyler ve salkl kontroller arasndaki SNP farkllklarn ortaya koymaktadr.


Kanser, Diabetes mellitus, Alzheimer, baz kardiovaskler hastalklar ve Migren gibi hastalklar SNP ile yakn ilikilidir.


  • SNP taramalarnda, hangi varyant allellerin hastalkla yakn ilikili olduu belirlenebilmektedir.

  • eitli hastalklara zg SNP profilleri belirlenmitir.

  • DNA rneklerinde spesifik SNP allelleri incelenerek bireylerin hastalklara yatknlklarn belirlemek amacyla tarama yaplabilmektedir.


Farmakogenetik ve SNP

  • Yllardr, bireyler arasnda ilalara kar gelien yantta gzlenen farkllklar aratrlmaktadr.

  • SNP, ila matabolizmasnda rol alan enzimlerin fonksiyonlarn deitirir.

  • Farmakogenetik, hastalarn genotipine uygun ila kullanm zerine younlamtr.


SNP ve Kanser

SNP

  • DNA tamir mekanizmasndan sorumlu genlerde,

  • Karsinojenlerin metabolizma ve detoksifikasyonundan sorumlu genlerde


  • Kanser, kimyasal karsinojenlerin aktivasyonunda art ve hcrenin mutajenik hasara kar gelitirdii detoksifikasyon ile tamir yeteneinin azalmas sonucu olumaktadr.

  • Genotipik varyasyonlarn tanmlanmas ve kanserle ilikisinin ortaya konmas, kanser etiyolojisinin daha iyi anlalmas ve hastalk riskinin ve kemoterapiye yantn tahmin edilebilmesine olanak salayacaktr.


  • la metabolizmas ve DNA tamirinde rol alan, kanserle ilikili genlerde varyant alleller tanmlanmtr.

  • MTHFR (metil tetrahidrofolat redktaz)

  • GST (Glutathione S-Transferases)

  • Sitokrom P450 monooksijenaz

  • NAD(p)H Quinone Oksidoredktaz

  • N-Asetil Transferaz


MTHFR

  • MTHFR geni kromozom 1de (1p36.3) lokalizedir

  • Folat metabolitlerinin homosistein remetilasyon yolu ile uzaklatrlmas ve DNA-RNA biyosentezinin doru bir biimde gereklemesini salar.

  • DNAnn mutajenik hasarn nler.

  • likili SNP C677T ve A1298Cdir.


GST

  • Gst enzimi, ekzojen ve endojen reaktiflerin detoksifikasyonunu katalizler.

  • GST M1 ve GST T1 null allellerinde meydana gelen delesyon polimorfizmi enzim aktivitesinin kayb ile sonulanr.

  • Sigara ienlerde akut lsemi, kolorektal adenokarsinoma, tiroid kanseri, mide, akcier ve pankreas kanseri riskini arttrr.


NAD(p)H quinone Oxidoreductases

  • 16. kromozomda lokalizedir.

  • Hcreleri oksidatif hasardan korur.

  • C609T polimorfizmi, enzim aktivitesinin azalmas ile sonulanr.

  • Akcier kanseri ve akut lsemi riskiartar.


CytochromeP450 monooxigenases

  • Sitokrom monooksijenaz enzimi, ila metabolizmas, endojen ve ekzojen karsinojenlerin uzaklatrlmas ile yakn ilikilidir.

  • Cyp1A1 polimorfizmi, akut lsemi ve erken yata sigaraya balayan kadnlarda postmenapozal akcier kanseri riskini arttrr.


N-Acetyle Transferases

  • NAT 1 ve NAT 2 genleri kromozom 8de lokalizedir.

  • Aromatik ve heterosiklik karsinojenlerin N-asetilasyon (deaktivasyon) ve O-asetilasyon (aktivasyon) mekanizmalarnda rol alr.

  • NAT2deki T341C ve C481T SNPlerinde enzim aktivitesinde azalma grlr.

  • Akut lenfositik lsemi ve sigara ienlerde riner mezhane kanseri riski artar.


SNP dentifikasyonunda Kullanlan Yntemler

  • Bilinen SNPlerin Analizi

  • Yeni SNP dentifikasyonu


Bilinen SNPin Analizi

  • PCR

  • ARMS (Allele zg Amplifikasyon)

  • Oligonkleotid Ligasyon Testleri

  • Minisekanslama

  • FRET (TaqMan Genotipleme)

  • ip Teknolojisi


Bilinen SNPlerin Belirlenmesi

Jel Analizleri

  • Restriksiyon Enzimleri ile PCR Analizi

  • ARMS

  • Oligonkleotid Ligasyon Analizi

  • Minisekanslama


PCR

  • En yaygn yntemdir.

  • Bir ift restriksiyon enzimi kullanlr.

  • zellikler bir restriksiyon blgesini ortadan kaldran ve yeni bir restriksiyon blgesi oluturan SNPs analizi iin uygundur.

  • Farkl restriksiyon deiim paternleri belirleyebilir.


ARMS

  • Primerler, normal DNA sekanslar ile eleir.

  • Sadece normal bireylerde amplifikasyon gerekleir.


Oligonkleotid Ligasyon Analizi

  • Hibridizasyon spesifik oligonkleotid problarla olur.


Dier Genotipleme Teknolojileri

  • FRET Teknolojisi

  • Chip Teknolojileri


Yeni SNP dentifikasyonu

  • Konformasyon Temelli Mutasyon Tarama

  • Direk DNA Sekanslama


Konformasyon Temelli Mutasyon Tarama

  • SSCP

    * En yaygn kullanlan metodtur.

    * Tek iplikli DNA ipliinin nondenature jeldeki mobilitesinin belirlenmesi esasna dayanr.


SSCP


KAYNAKLAR

  • Alan FWright. Genetic Variation: Polymorphisms and Mutations. MRC Human Genetics Unit, Edinburgh, UK, 2005

  • http://www.hpcgg.org/Genotyping/index.jsp?name=servicesforresearchers&subname=genotyping

  • http://en.wikipedia.org/wiki/Single_nucleotide_polymorphism

  • www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/snps.shtml

  • www.ornl.gov/sci/techresources/meetings/brookes.shtml -


TEEKKRLER


  • Login