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蛋白質棕櫚酸酯化作用位置之研究與辨識 Investigation and Identification of Protein Palmitoylation Sites

蛋白質棕櫚酸酯化作用位置之研究與辨識 Investigation and Identification of Protein Palmitoylation Sites. 指導教授：李宗夷 學生姓名：簡婉 竹、陳昱宏、胡堞. 大綱. 背景介紹 動機 與 目的 研究方法 研究成果. 背景介紹. 棕櫚酸酯化作用 ( palmitoylation ) 是什麼 ? 棕櫚酸酯化作用 是 蛋白質轉譯後，蛋白質上的半胱胺酸 ( cysteine ) 與棕櫚酸 ( palmitic acid) 間形成硫酯鍵 ( thioester bond) 的現象。 重要性 :

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蛋白質棕櫚酸酯化作用位置之研究與辨識 Investigation and Identification of Protein Palmitoylation Sites

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Presentation Transcript

  1. 蛋白質棕櫚酸酯化作用位置之研究與辨識Investigation and Identification of Protein Palmitoylation Sites 指導教授：李宗夷 學生姓名：簡婉竹、陳昱宏、胡堞

  2. 大綱 • 背景介紹 • 動機與目的 • 研究方法 • 研究成果

  3. 背景介紹 • 棕櫚酸酯化作用(palmitoylation)是什麼? • 棕櫚酸酯化作用是蛋白質轉譯後，蛋白質上的半胱胺酸 (cysteine) 與棕櫚酸 (palmitic acid) 間形成硫酯鍵 (thioester bond)的現象。 • 重要性: • 這種蛋白質修飾作用存於許多參與訊息傳遞的蛋白質上，且潛在影響蛋白質的結構及功能。

  4. 動機與目的 • 動機: • 棕櫚酸酯化作用涉及許多細胞上的反應，具有重要的影響力。 • 得知棕櫚酸酯化作用的潛在位置有益生物醫學上之研究。 • 目的: • 研究出能夠準確預測棕櫚酸酯化作用的潛在位置之方法 • 實作出預測的工具

  5. 研究流程 • 資料收集 • 各種特徵屬性之測試 • 分類器之訓練 • 驗證與評估 • 預測工具之開發

  6. 研究方法 • 資料收集 • 307條蛋白質序列 • 來源:UniprotKB/SwissProt version 99/11/30 • 資料處理 • 截取以C為中心、window size為11的片段序列 • 分類為Positive和Negative兩種 • 過濾重複的序列

  7. Sn= Sp= Acc= Mcc= • 各種特徵屬性之測試 • 利用數學或是機率統計上的概念，將資料由蛋白質序列數據化為libsvm格式之檔案。 • 分類器之訓練 • 把分類器的技術應用至預測反應作用位置上，將數據依據屬性的數量來作多維的分類 • 驗證與評估 • 分類器做五群資料交叉驗證 • 評估量測值：sensitivity (Sn)、specific (Sp)、accuracy (Acc)和Mathew correlation coefficient (MCC)。

  8. 研究成果- 數據分析 • 使用屬性: AA、B62、PWM、AAPC、PSSM • 使用分類器:SVM、QuickRBF、RandomForest • 根據各種屬性與分類器之測試結果，挑選出適合的組合來建構預測模型。 • 篩選條件: • Acc值高 (Best accuracy) • Sn和Sp值差距小 (Balanced sensitivity and specificity) • 最後挑選B62+AAPC做為訓練屬性，並利用QuickRBF分類工具和五群資料交叉驗證法建構預測模型。

  9. 研究成果- 預測工具開發 • 名稱:PPAB-palm(Prediction of Palmitoylation site with AAPC and B62) • 以網站形式呈現 • 首頁、預測頁面、聯絡頁面、下載頁面 • 網站開發 • 將收集到的資料做為自己的資料庫 • 挑選適合的屬性做為Model • 將預測程式嵌入網站 • 使用方式 • 輸入: FASTA格式之資料 • 輸出: 預測結果之資訊 網站網址: http://140.138.150.145/~s971548/site/index.php

  10. 研究成果- 與現有工具CKSAAP之比較 • CKSAAP是一個現有的棕櫚酸酯化作用位置之預測工具 • CKSAAP發表於X.B. Wang, L.Y. Wu, Y.C. Wang, N.Y. Deng, Prediction of palmitoylation sites using the composition of k-spaced amino acid pairs, (2009) Protein Eng. Des. Sel., 22, 707-712. • 可至http://www.aporc.org/doc/wiki/CKSAAP-Palm免費下載。

  11. Thank you for listening!  Q&A

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