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Un outil pour prédire la pertinence d’une structure secondaire d’ADN - Le point. J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007. Context e (Rappel). splitfasta.pl, callMfold.sh. Séquence fasta. callShuffle.sh. splitfasta.pl, callMfold.sh. Shuffleseq (100 ou 1000 fois). Mfold. lire_mfold.pl.

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Un outil pour prédire la pertinence d’une structure secondaire d’ADN - Le point

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Un outil pour pr dire la pertinence d une structure secondaire d adn le point
Un outil pour prédire la pertinence d’une structure secondaire d’ADN - Le point

J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007


Context e rappel
Context secondaire d’ADN - Le pointe (Rappel)

splitfasta.pl,

callMfold.sh

Séquence fasta

callShuffle.sh

splitfasta.pl,

callMfold.sh

Shuffleseq (100 ou 1000 fois)

Mfold

lire_mfold.pl

Extraction des entropies,

du nombre de folds

Plus un programme qui appelle tous les autres.

Graph dans JMP

J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007


Contexte rappel
Contexte (Rappel) secondaire d’ADN - Le point

  • A la sortie de lire_mfold.pl:

  • A la sortie de JMP:

J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007


Probl me rappel
Problème (Rappel) secondaire d’ADN - Le point

  • JMP est cher.

  • Trouver un logiciel libre similaire à JMP (densité non-paramétrique), et utilisable en ligne de commande.

J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007


Premi re id e contourner jmp avec r
Première idée : Contourner JMP avec R secondaire d’ADN - Le point

  • Pas de fonction miracle !

  • Algorithme d’après JMP :

Divide each axis into 50 binning intervals, for a total of 2,500 bins over the whole surface.

Count the points in each bin.

Decide the smoothing kernel standard deviation using the recommendations of Bowman and Foster (1992).

Run a bivariate normal kernel smoother using an FFT and inverse FFT to do the convolution.

Create a contour map on the 2,500 bins using a bilinear surface patch model.

J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007


Deuxi me id e utiliser un z score
Deuxième idée : Utiliser un Z score secondaire d’ADN - Le point

  • Définition du Z score :

    où  est la moyenne, et  l'écart type.

J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007


Deuxi me id e utiliser un z score1
Deuxième idée : Utiliser un Z score secondaire d’ADN - Le point

  • Deux possibilités :

    • Calcul du Z score par séquences.

    • Calcul du Z score par nombres de repliements

Pour un nombre de repliements

Pour une séquence

J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007


Conclusion
Conclusion secondaire d’ADN - Le point

  • A votre avis, dans les idées exposées, quelle est la meilleure, la plus juste ?

  • Je n’ai pas beaucoup avancé, je suis lente et au LEPG, il y a d’autres priorités…

J. Cambefort, LEPG, 15 octobre 2007


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