B&B (J. Dolan, S. Gasparini , R. Lemée , M.L. Pedrotti , M. Weinbauer )

1. Action 3:Biodiversités et fonctions des écosystèmes pélagiques, une approche intégrative des communautés, des virus aux poissons (Projet PLANETE) B&B (J. Dolan, S. Gasparini, R. Lemée, M.L. Pedrotti, M. Weinbauer) PEPS (L. Stemmann, L. Mousseau, J.O. Irisson)

2. Contexte et OBJECTIFS Dans le cadre de la DCSMM, de nouveaux indicateurs des systèmes biologiques sont demandés. Des consortiums se créent pour répondre au futur appel d’offre de H2020. Nous souhaitons montrer les capacités et compétences du LOV (et l’OOV) dans ce domaine pour intégrer un consortium européen ou national. • Définir un protocole de collecte du plancton à travers les classes de taille (bactérie, macroplancton) • Définir des indicateurs basés sur les méthodes morphologiques traditionnelles et les méthodes génétiques. • Analyser la dynamique de groupes cibles (radiolaires, ciliés) Méthodes courantes Méthodes futures

3. Les attendus à court (dans l'année), moyen (dans 5 ans) et éventuellement long (vision) termes A court terme, nous sommes actuellement membre partenaire de l’action COST EMBOS (Development and implementation of a pan-European Marine BiodiversityObservatory System) qui vise à constituer un consortium pour H2020. Nous participons au réseau MARS (Amsterdam mars 2014, the European Network of Marine Research Institutes and Stations) et au niveau international World Association of Marine Stations (WAMS). Soumission d’un projet LEFE de type de celui que nous avions soumis à LITEAU en 2011 ou participer à une ANR Méditerranéenne. A moyen terme, nous souhaitons prendre le leadership sur la partie pélagique dans l’approche intégrée. A notre connaissance ce type d’approche n’est pas opéré par d’autres laboratoires qui sont cloisonnés par disciplines. L’approche originale de comparaison de la diversité génétique avec la diversité morphologique devra aboutir à des publications de hauts niveaux. La comparaison entre eux des différents niveaux trophiques (morphologie et taxonomie) est aussi encore originale et devrait aboutir à une bonne valorisation. A long terme, les protocoles pourront être implémentés pour l’observation (SO Rade).

4. Démontrer la transversalité et rappeler en quoi ces axes sont spécifiques au LOV Les participants sont de deux équipes du LOV, plutôt chacune spécialisée dans un compartiment planctonique et des méthodes complémentaires. Peu de laboratoires en France ont des disciplines aussi complémentaires permettant l’approche intégrative.

5. Actions déjà entreprises ou qui seront entreprises dans un futur proche ou moins proche • En plus des observations courantes de l’Observatoire, nous avons mis en place depuis début 2013. • un prélèvement bi-mensuel par Filets Phyto 50µm et Filets 200µm (préservation dans l’éthanol et dans le lugol) pour collecter le nano et le micro plancton et l’analyser du point de vue morphologique et génétique. • un prélèvement mensuel par filet Phyto 50µm et bouteille Niskin dans 5 profondeurs (filtration sur membrane en polycarbonate 10 μm, 0.8 μm et 0.2 µm ) pour estimer la diversité de la communauté planctonique grâce aux techniques de séquençage haut débit (barcode V9). • - un prélèvement hebdomadaire dans 6 profondeurs au Pt. B (mis en place lors du projet pre-PLANETE et la thèse de JB) pour analyser le compartiment virus-pico-nanoplancton par la cytométrie en flux . • Ces 3 actions, complémentaires à SO Rade-SOMLIT, seront poursuivie jusqu’en juin 2014 au moins (cadre de la thèse de Tristan Biard). Nous faisons le nécessaire pour les poursuivre au delà.

6. Y associer les moyens requis, et ceux qui feront l'objet d’une demande spécifique cette année Sur la période 2014-2017, 13500euros En 2014-2015 : Un étudiant M2 pour la période de janvier à juin 2015 (titre : analyse des séries temporelles morphologiques acquises de février 2013 à juin 2014 et mises en correspondance avec les données de SO Rade), 2500 euros Participation au séquençage des échantillons (1000 euros) et réunion MARS en sept 2014 (1500 euros) En 2015-2016 : Un étudiant M2 pour la période de janvier à juin 2016 (titre : analyse des séries temporelles génétiques acquises de février 2013 à juin 2014 et mises en correspondance avec les données de SO Rade) , 2500 euros Participation au séquençage des échantillons (1000 euros) et réunion (consortium, 1000 euros) En 2016-2017 : Un étudiant M2 pour la période de janvier à juin 2017 (titre : analyse combinée des données acquises de février 2013 à la fin de la série ) , 2500 euros Participation aux frais de congrès et publications (2000 euros)