1 / 20

Molekulární dynamika a simulace

Molekulární dynamika a simulace. Michael Bouzekri. Co je Molekulární dynamika?. Teorie i experiment Proces vytváření virtuálních experimentů Numerické přiblížení pomocí jednoho nebo více mikroprocesorů

aysel
Download Presentation

Molekulární dynamika a simulace

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Molekulární dynamika a simulace Michael Bouzekri

  2. Co je Molekulární dynamika? • Teorie i experiment • Proces vytváření virtuálních experimentů • Numerické přiblížení pomocí jednoho nebo více mikroprocesorů • Použití: při složitých, časově nebo finančně náročných laboratorních pokusech, pro získáni grantu na projekt

  3. Typy Molekulární dynamiky • 3 hlavní typy • Vzájemné silové ovlivňování – Newtonovy zákony • Kvantová mechanika – Schrödingerovy rovnice • Hybrid

  4. Potřebné softwary • Gromacs MD suit - otevřený zdroj (zdarma a možnost úpravy), GNU Linux • VMD - Bezplatný molekulárně vizuální program, Windows i GNU Linux • Gaussian - komerční software

  5. Počáteční informace • Soubor PDB molekuly v simulaci • PDB můžeme stáhnout z internetu, nebo si ho vytvořit v nějakém programu (Gaussian) Fulvinová kyselina (iontová forma) struktura fulvinové kyseliny

  6. Základní příkazy grompp vytvoří topologický soubor z pdb genbox vytvoří box vody s fulvinovou kyselinou mdrun spustí simulaci pro optimalizaci systému genion vloží ionty do boxu vody s kyselinou fulvinovou znovu mdrun pro simulaci Make_ndx udělá soubor ndx potřebný pro rdf a hustotu g_rdf vytvoří graf rdf g_density vytvoří graf hustoty všech částic v simulaci Jak vytvořit simulaci

  7. Soubory • *.pdb – Protein Data bank • *.gro – Typický Gromacsovývstupní/výstupnísour • *.top – Systémové Informace • *.tpr – Topologickýsoubor • *.trr & *.xtc – Trajektorovýsoubor • *.xvg – Výstupnísouborpro data získanézesimulace

  8. Screenshoty

  9. Simulace První snímek Poslední snímek

  10. Výpočty • Požijeme všechna data, která jsme si připravili v gromacsu (g_rdf a g_density) a následně je požijeme v xmgrace • Xmgrace je program pro vizualizaci dat z gromacsu • Tento program vytváří grafy z informací *.trr souboru

  11. Radiální distribuční funkce 1st solvation shell (nearest neighbours) g(r) r 2nd solvation shell rmin r

  12. RDF grafy

  13. Hustota

  14. Závěry • Zdařilá molekulárně dynamická simulace • Má smysl dále pokračovat ve zkoumání kyseliny fulvinové, výborně reaguje s s vodou a sodnými ionty

  15. Poděkování • Ústavu systémové biologie a ekologie Akademie věd ČR v Nových Hradech • Dr. Babaku Minofarori • Ricardo Alnanis • RNDr. Květě Tůmové

  16. Děkuji Za Pozornost

More Related