Struktura i ewolucja genom w ro linnych
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 16

Struktura i ewolucja genomów roślinnych PowerPoint PPT Presentation


  • 86 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

Struktura i ewolucja genomów roślinnych. Liczba chromosomów. Metody ustalania: analiza w mikroskopie świetlnym gniecionych preparatów komórek. Rośliny nasienne: od: 2n=4 (np.Haplopappus gracilis) do 2n=ok.600 (Voanioala gerardii). Poliploidy. Wnioski na podstawie analizy kariotypów.

Download Presentation

Struktura i ewolucja genomów roślinnych

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Struktura i ewolucja genom w ro linnych

Struktura i ewolucja genomów roślinnych


Liczba chromosom w

Liczba chromosomów

  • Metody ustalania: analiza w mikroskopie świetlnym gniecionych preparatów komórek.

  • Rośliny nasienne: od: 2n=4 (np.Haplopappus gracilis) do 2n=ok.600 (Voanioala gerardii)


Poliploidy

Poliploidy

  • Wnioski na podstawie analizy kariotypów.

  • 50-70% roślin kwiatowych przeszło podwojenie liczby chromosomów co najmniej raz w swojej historii ewolucyjnej.

  • Poliploidy częste wśród roślin użytkowych: pszenica, rzepak, ziemniak, bawełna.

  • Auto- i allopolipolidy.


Rozmiar genom w

Metody ustalania: Kinetyka reasocjacji DNA, pomiary objętości jądra kom., oceny na podst, próbek klonów z bibliotek genomowych, mikrodesytometria jąder po barwieniu odcz. Feulgena, cytometria przepływowa izolowanych jąder po barwieniu jodkiem propiodyny.

Na podstawie analiz >2800 gatunków roślin nasiennych:

Haploidalny genom od 0.1 pg do125 pg.

Ok. 50% roślin kwiatowych: 0.1 – 3.5 pg.

Arabidopsis 125 Mb DNA – Fritillaria assyriaca – 120 000 Mb.

Różnice także miedzy gatunkami z jednej rodziny: np. Poaceae :450 Mb (ryż), 750 Mb (sorgo), 2500 Mb (kukurydza), 5000 Mb (jęczmień), 16 000Mb (pszenica)

Rozmiar genomów


Wewn trzna struktura genom w

WEWNĘTRZNA STRUKTURA GENOMÓW

  • Paralogia – bliskie podobieństwo nie allelicznych segmentów chromosomów lub sekwencji DNA w obrębie gatunku, wskazuje na bliskie pokrewieństwo ewolucyjne. Paralogami są np. dwa różne ludzkie geny a-globinowe.

  • Ortologia – bliskie podobieństwo segmentów chromosomów lub sekwencji DNA pomiędzy gatunkami. Ortologami są np. główny ludzki gen determinujący płeć SRY i jego odpowiednik (ortolog) u myszy – gen Sry.

  • Homologia – ogólny termin określający podobieństwa sekwencji wskazujące na wspólne pochodzenie ewolucyjne (wewnątrz- lub pomiędzy gatunkami).


Kinetyka reasocjacji dna

Kinetyka reasocjacji DNA

  • DNA cięty na odcinki ok.. 300 pz, denaturowany, następnie inkubowany w różnych stężeniach w ciągu różnych okresów czasu.

  • Analiza - pomiar niezreasocjowanego (jednoniciowego) DNA (chromatografia na hydroksyapatycie)

  • C0 – stężenie jednoniciowego DNA ( w molach nukleotydów/litr) na początku reakcji, t – czas reasocjacji w sekundach


Z o ono sekwencyjna genom w ro linnych na podstawie analizy kinetyk reasocjacji

Złożoność sekwencyjna genomów roślinnych na podstawie analizy kinetyk reasocjacji

  • Złożone z sekwencji powtarzalnych i jednokopijnych

  • Różnice w rozmiarach genomów głównie z powodu różnej ilości sekwencji powtarzalnych (istotny także poziom ploidalności).

  • Podział sekwencji powtarzalnych: a) ułożone tandemowe (większość w centromerach, telomerach) i b) rozrzucone po genomie.

  • W klasie b) najczęściej transpozony. W Arabidopsis stanowią ok.10% genomu, w kukurydzy - 50%


Organizacja centromer w w arabidopsis

Organizacja centromerów w Arabidopsis


Rodzaje sekwencji w genomach ro lin i

Rodzaje sekwencji w genomach roślin-I

  • Elementy transpozonowe: (na przykładzie Arabidopsis) - copia- i gypsy-like long terminal repeat (LTR) retrotransposons, long interspersed nuclear elements (LINEs); short interspersed nuclear elements (SINEs), hobo/Activator /Tam3 (hAT)-like elements, CACTA-like elements and miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs).


Model obszar w genowych w genomach ro lin

Model obszarów genowych w genomach roślin

  • Strzałki = geny (eksony zaznaczone na czarno)

  • MITE =miniature inverted transposable elements

  • LTR = long terminal repeat

  • SSR = simple sequence repeat


Struktura chromosom w arabidopsis

Struktura chromosomów Arabidopsis


Rodzaje duplikacji w arabidopsis

Rodzaje duplikacji w Arabidopsis


Por wnanie rejon w zduplikowanych arabidopsis

Porównanie rejonów zduplikowanych/Arabidopsis


Relacje mi dzy gatunkowe syntenia

Relacje między gatunkowe/syntenia

  • Syntenia = podobieństwo genów i ich ułożenia w chromosomach


Struktura i ewolucja genom w ro linnych

Porównanie rejonów ortologicznych obszaru adh w genomach sorgo i kukurydzy (zacienienia= silne podobieństwo sekwencji)


Syntenia arabidopsis ry

Syntenia: Arabidopsis/ryż


  • Login