UR GEQA INRA San Giuliano Journée de présentation de la Fédération de Recherche Corte, 11 novembre 2007

1. UR GEQA INRA San Giuliano Journée de présentation de la Fédération de Recherche Corte, 11 novembre 2007 Présentation FRES 11 décembre 2007

2. Présentation de l’unité GEQA Les structures • Un bâtiment de recherche de 1000 m² Illustration possible sur le côté • Un domaine de 100 ha en propriété • 2000 m² de serres et tunnels Présentation FRES 11 décembre 2007

3. Présentation de l’unité Le potentiel humain • 35 titulaires : 9 C + I , 24 cat. B + C • 3 doctorants • Contribution des départements • GAP : 62.8% • EA : 28.6% • SPE : 5.7% Présentation FRES 11 décembre 2007

4. Présentation de l’unité Les missions • Développer des programmes de recherche • Inclus dans la stratégie des départements GAP et EA • Collaborations locales, nationales et internationales • Contribuer au développement local • Expérimentation (AREFLEC) • Relation Recherche-développement • Diffusion de matériel végétal • Former et informer • Enseignement (120 à 150 h/an M1 et M2) • Formation de stagiaires, thésards, chercheurs, techn. • Communication Présentation FRES 11 décembre 2007

5. Unité GEQA INRA Programmes de recherche Présentation FRES 11 décembre 2007

6. Programmes Outil et objet de recherche La collection d’agrumes INRA-CIRAD Collection d’arbres sains conservés en plein champ => patrimoine unique d’intérêt national et international ~ 1100 accessions de 3 espèces botaniques + qq apparentés Présentation FRES 11 décembre 2007

7. Maintien et gestion de la collection Les enjeux - Pérennisation des Ressources Génétiques - Gestion du matériel végétal (utilisation, diffusion…) - Gestion de la connaissance sur les RG Les actions - Amélioration des protocoles de détection de µ-organismes pathogènes (certification fruitière) - Démarche d’accréditation CRB agrumes (réseau INRA GAP) - Développement d’un outil informatique pour la gestion des bases de données (réseau INRA GAP, projet SIREgal) Présentation FRES 11 décembre 2007

8. Interface recherche-expérimentation- développement Un appui à la filière agrumicole Les enjeux • Proposer un matériel végétal adapté • - Amélioration de la production (génétique-environnement-qualification) Les actions • Sélection de variétés et porte-greffe (transfert à l’AREFLEC) - Lutte intégrée (AREFLEC) - Qualité et certification des clémentines – IGP clémentine de Corse (=> objet de recherche) Présentation FRES 11 décembre 2007

9. Poncirus trifoliata Etude de la diversité génétique et de l’évolution des espèces Les enjeux • Optimiser la gestion de la conservation des R.G. (homonymie, synonymie, core collection…) ; • Rationaliser son exploitation (choix des géniteurs, probabilité de succès, stratégies d’amélioration adaptées) Présentation FRES 11 décembre 2007

10. Etude de la diversité génétique et de l’évolution des espèces Les moyens - Descripteurs phénotypiques (IPGRI, UPOV) • Collaborations: Laboratoires Université Corse; INRA Maroc; IAV Hassan II; CIRAD… • Contrats: CTPS 2000-2002 « Mandariniers »; CPER; PRAD 2005; BRG 2007… - Développement de marqueurs de l’ADN • Collaborations: CIRAD, PR, IVIA (Espagne), … • Contrats: Génoscope 2000 ; CRB 2001-2002 ; PRAD 2003 Génoscope 2005; … Présentation FRES 11 décembre 2007

11. Etude de la diversité génétique et de l’évolution des espèces Transfert du savoir faire • Développement de coopérations internationales -> accès à des ressources génétiques originales (Coopération décentralisée Vietnam; PRADsMaroc) • Collaboration avec l’IVIA et le CIRAD pour harmonisation des procédés– co-encadrement d’une thèse sur la génétique d’association (2008-2011) • Aide au développement d’une structure privée pour l’expertise analytique des fraudes sur les jus de fruits (société ADNid) Présentation FRES 11 décembre 2007

12. Thématiques de recherche GEQA Recentrage des compétences sur la qualité organoleptique des fruits Objectifs • Elaboration d’une vision globale de la qualité • Etude de l’élaboration de la qualité en situation de contrainte • Création de modèles mixtes écophysiologiques et génétiques de la qualité (objectif à LT) ; Enjeux • Contrôle des principaux paramètres de la qualité • Recherche de génotypes adaptés aux conditions Présentation FRES 11 décembre 2007

13. Thématiques de recherche GEQA Deux approches complémentaires • Génétique: Etude du contrôle génétique des critères de qualité (QTL) • Localisation des gènes sur cartes génétiques • Identifier les gènes impliqués (génomique…) • Recherche de la variabilité des QTL dans la collection • Eco-physiologique: Identifier les processus et, au sein de processus, les étapes-clés affectées par les facteurs de l’environnement Présentation FRES 11 décembre 2007

14. Les critères majeurs ciblés • Composants essentiels qualité (coloration, maturité, valeur santé) Les caroténoïdes • Variation de coloration chez agrumes • Les voies de biosynthèse sont connues • Critère majeur de la qualité (maturité, valeur santé) • Pb du cahier des charges de l’IGP • Connaissances empiriques (températures,..) L’acidification de la pulpe • Calibre = qualité ‘marchande’ Croissance du fruit • Sucre/eau : cœur des modèles « qualité » • Contribution de la peau des fruits à peau épaisse ? Présentation FRES 11 décembre 2007

15. Réseau de collaborations local / national • Université de Corse: labo de Biochimie -Thèse de M.V. Albertini (2004-2007) « Déterminismes biochimique et génétique de l’acidification de la pulpe » - Nouvelle thèse dans la continuité «  Relation Carbonne-acidité » 2008-2010 • CIRAD UPR « Multiplication végétative » et autres - Thèse de l’université de Corse A.L. Fanciullino (05-07) « Etude du déterminisme génétique de la variation biochimique en caroténoïdes » - • à moyen terme étude des car. sous contraintes saline (thématique CIRAD) et hydrique (fut une thématique GEQA) • Université de Corse: labos de Chimie ‘Corte’ et CBM ‘Vignola’ composition autres métabolites secondaires (huiles essentielles, composés volatils, polyphénols) objet d’études inclus dans les thématiques de plusieurs thèses • 3 thématiques = supports des APR de la CTC Présentation FRES 11 décembre 2007

16. Facteurs biotiques et abiotiques Sucres ROS Synthèse des caroténoïdes Etude des paramètres sous contraintes Objectifs • Effet direct de l’environnement via les ROS ; • Effet indirect de l’environnement via les sucres ; • Effet des viroïdes • Effet du stress salin et hydrique. Perspectives • Modélisation (avec réseau INRA ) • Intégration avec « croissance/sucres  » et « acidité » • Valorisation/AREFLEC. Présentation FRES 11 décembre 2007

17. Collaborations internationales • Connaissance du génome / • membre consortium international citrus • développement carte génétique avec IFAS (USA, FL) • protéomique CNR Pisa (INTERREG IIIa) • Ressources génétiques / • IVIA harmonisation des procédés de caractérisation • transfert du savoir faire (B.Méd.; Vietnam…) • Thématique ‘qualité’ / • IVIA (acidité) => outils d’analyse d’expression des gènes Présentation FRES 11 décembre 2007