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アセンブル ( PCAP.rep )

解析パイプライン. Sanger ( 1,025,856 リード). 454 ( 2.5 ラン) ( 2,312,839 リード). ペアエンド. コンティグ 1. コンティグ 2. cDNA. Polynucleotide 長の補正 ( Pyrobayes ) Artifact の除去( 454 Rep. Filter ). ベクターのトリミング ( Lucy, Figaro ). コンティグ 1. コンティグ 2. アセンブル ( MIRA ). アセンブル ( PCAP.rep ). (ドラフト配列): 286Mb スキャッフォールド

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アセンブル ( PCAP.rep )

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Presentation Transcript


  1. 解析パイプライン Sanger (1,025,856 リード) 454(2.5ラン) (2,312,839 リード) ペアエンド コンティグ1 コンティグ2 cDNA Polynucleotide長の補正 (Pyrobayes) Artifactの除去(454 Rep. Filter) ベクターのトリミング (Lucy, Figaro) コンティグ1 コンティグ2 アセンブル (MIRA) アセンブル (PCAP.rep) (ドラフト配列):286Mb スキャッフォールド コンティグ シングレット コンティグ シングレット コンティグ シングレット Indelの修正 (GS ref. mapper) BAC end (53,760 リード) アセンブル (PCAP.rep) 454 ・メイトペア(3kb;1ラン) ・cDNA(葉、カルス;1ラン) BAC end情報の統合 ペアエンド (Illumina) コンティグ シングレット アセンブル (Velvet) コンティグ EST (dbEST) スキャッフォールド コンティグ シングレット スキャッフォールディング (GS reference mapper, BLAT)

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