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I materiali biologici per l’esame colturale: tipologia ed importanza di un corretto prelievo

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I materiali biologici per l’esame colturale: tipologia ed importanza di un corretto prelievo. Diagnostica Microbiologica delle Infezioni delle Basse Vie Respiratorie Firenze, 13 Marzo 2007. A. Raglio, A Grigis A.O. Ospedali Riuniti di Bergamo U.O. Microbiologia e Virologia

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Presentation Transcript
i materiali biologici per l esame colturale tipologia ed importanza di un corretto prelievo
I materiali biologici per l’esame colturale: tipologia ed importanza di un corretto prelievo

Diagnostica Microbiologica delle Infezioni delle Basse Vie RespiratorieFirenze, 13 Marzo 2007

A. Raglio, A Grigis

A.O. Ospedali Riuniti di Bergamo

U.O. Microbiologia e Virologia

Direttore Dott A. Goglio

i temi
I temi
  • Il problema
  • Il nemico
  • L’importanza di un corretto prelievo
  • I materiali biologici
  • Criteri di idoneità
slide3

IL PROBLEMALa polmonite acuta è fra le prime sei cause di morte ed è la più comune causa di mortalità correlata a infezione(Mandell 99)Tanti quadri cliniciTanti patogeniTanti materiali biologiciPoche diagnosiSolo nel 20-50% delle polmoniti comunitarie si riesce a raggiungere una diagnosi eziologicaMancanza di:- standardizzazione- test di riferimento (gold standard)

cap principali patogeni isolati in corso di differenti studi di sorveglianza
CAP: Principali patogeni isolati in corso di differenti studi di sorveglianza

60

S. pneumoniae

H. influenzae

50

Legionella

40

Gram negativi

nessun patogeno

%

30

20

10

0

Rello 1996

Moine 1994

Feldman 1995

28/01

il nemico 28 batteri 28 virus 10 funghi 2 rickettsie 5 mycoplasmi e chlamydie 5 parassiti

IL NEMICO28 Batteri28 Virus10 Funghi 2 Rickettsie 5 Mycoplasmi e Chlamydie 5 Parassiti

Mandell, Infectious Diseases, Fourth Edition

i microbi del cavo orale
I microbi del cavo orale

- Flora endogenadel cavo orale:10 15

1.

0

0

0.

0

0

0.

0

0

0.

0

0

0.

0

0

0

slide7

Flora naso-orofaringea

Opportunisti (raramente patogeni)- Str. - emolitici- S.coag.negativi- neisseriacee- Candide- Haemophilus spp- Actinobacillus spp- Anaerobi-………...

Normalmente non presenti:

- BGN (ferm. e non)

- Enterococchi

-…….

Ma nei pz intubati sì

slide8

Flora naso-orofaringea

Patogeni (stato di portatore sano)- S. aureus 35-40 %- N. meningitidis 5-15 %- S. pneumoniae 0-50 %- Haemophilus influenzae 5-20 %-………...

slide9

Infezioni comunitarie

Infanti-bambini:-> 80% virali:Influenza, RSV, adenovirus,…..- altre: Haemophilus, S. pneumoniae, S.aureusAdulti giovani:-> batteriche:M. pneumoniaeAdulti e anziani:- < 10-20% virali- altre:S. pneumoniae, Haemophilus, S.aureus e BGN fermentanti e non

slide10

Polmonite ospedaliera o nosocomiale

-La seconda I.O. per frequenza(27% di tutte le I.O.in TI)- Prevalentemente batterica - S. aureus (MSSA) - S. pneumoniae, H. influenzae-------------------------Enterobatteri - Bacilli GN non fermentanti - S. aureus (MRSA)- Elevata mortalità

vap agenti eziologici in base al tempo cdc draft 2002
Early Onset Pneumonia EOP

E.coli

Klebsiella spp

Proteus spp

S.pneumoniae

H.influenzae

MSSA

Late Onset Pneumonia LOP

P.aeruginosa

BGN con ESBL

MRSA

Acinetobacter spp

……….

VAP: agenti eziologici in base al tempoCDC Draft 2002

NON Multi R

Spesso Multi R

slide12

Immunodepressi per patologia di base

- Fibrosi cistica: - P. aeruginosa (spesso mucoso) - Alcaligenes spp - B. cepacia - S. maltophilia - S. aureus - H. influenzae (anche non b) e S.pneumoniae - Aspergillus - Micobatteri spp

il nemico
Il nemico

Occorre conoscerne:

  • la patogenicità e i meccanismi di virulenza
  • le caratteristiche colturali (esigenze nutritive, l’atmosfera di crescita, i tempi di crescita) e la carica per distinguerlo fra la flora contaminante
  • i determinanti antigenici
  • le sequenze identificative
  • le sensibilità ad antibiotici e disinfettanti
contributo della microbiologia
Contributo della microbiologia

Diversamente da altre indagini strumentali e di laboratorio, la richiesta di indagini microbiologiche presenta aspetti peculiari:

il tipo e la qualità del campione condizionano in modo assoluto i risultati dell\'indagine microbiologica,

l\'invio del campione al microbiologo sottintende la domanda: "C\'è qualcosa nel campione che può contribuire alla diagnosi ed alla terapia della malattia infettiva?"; ciò equivarrebbe ad inviare al Laboratorio di chimica clinica un campione di sangue "per ricerca di anormalità chimiche", senza ulteriore indicazione o precisazione

contributo della microbiologia1
Contributo della microbiologia

Garbage in

Garbage out

il manuale di raccolta
Il Manuale di raccolta

M&V

Ospedali Riuniti di Bergamo

PRELIEVO, CONSERVAZIONE ED INVIO

DEI CAMPIONI

PER INDAGINI MICROBIOLOGICHE

3a ed., maggio 2001, pag. 114

www.ospedaliriuniti.bergamo.it

Altri Manuali consultabili al sito: www.apsi.it

polmoniti campioni per la diagnosi eziologica
PolmonitiCampioni per la diagnosi eziologica
  • Materiali raccolti con metodiche protette, a bassa contaminazione
        • Lavaggio bronco-alveolare (BAL)
        • Lavaggio bronco-alveolare mirato con cateterino
        • Spazzolatura endobronchiale protetta (PSB)
  • Materiali ad alto rischio di contaminazione con saliva
        • Espettorato (o espettorato indotto o indotto-protetto)
        • Aspirato endotracheale / bronchiale / da tracheostomia
  • Altri materiali
        • Materiali bioptici
        • Liquido pleurico
        • Sangue (emocoltura, indagini sierologiche)
        • Succo gastrico (per micobatteri)
        • Tampone (aspirato) naso-faringeo (virus)
        • Urine (ricerca antigeni Legionella , Pneumococco)
aspirato tracheo bronchiale
Aspirato tracheo-bronchiale
  • Di semplice esecuzione, non richiede manovre invasive
  • La coltura identifica di solito il patogeno in causa (alta sensibilità), ma insieme ad altri microrganismi non responsabili dell’infezione (bassa specificità)
  • L’indagine microbiologica deve:
    • determinare la carica batterica (coltura quantitativa)
    • accompagnarsi all’esame microscopico (batteri e cellularità)

Grossman R, Chest, 2000

aspirato tracheo bronchiale1
Aspirato tracheo-bronchiale

San Pedro, Chest, 2001

lavaggio broncoalveolare
Lavaggio broncoalveolare
  • Procedura invasiva
  • Fattori che condizionano la “qualità” del BAL
    • competenza dell’esecutore
    • recupero > 10% della soluzione instillata
    • immediato invio alla microbiologia
    • terapia antibiotica in corso
  • Idoneità del campione
    • > 10 cellule per campo a x500
    • presenza di < 1% di celluleepiteliali

Grossman R, Chest, 2000

prelievi protetti e risultati microbiologici

Tecniche diagnostiche

Sensibilità

Specificità

Valore predittivo Positivo

Valore predittivo Negativo

Colture PSB (>103 CFU/mL)

82%

89%

90%

89%

Colture BAL (>104 CFU/mL)

91%

78%

83%

87%

Esaminazione microscopica di fluidi da BAL (>5% organismi intracellulari)

91%

89%

91%

89%

Tecniche diagnostiche

Sensibilità

Specificità

Colture PSB(>103 CFU/mL)

67%

95%

Colture BAL(>104 CFU/mL)

73%

82%

Esaminazione microscopica di fluidi da BAL

37-100%

89-100%

Prelievi “protetti” e risultati microbiologici

Mayhall G., Emerging Infectious Diseases, 2001

Grossman R., Chest, 2000

Grosman R, Chest, 2000

slide24

Infezioni delle basse vie respiratorie

Possibilmente

campioni protetti

Solo se CAP grave:

Espettorato o BroncoAsp

Emocoltura

(IDSA 2007)

Solo campioni protetti:

Broncolavaggio

Spazzolatura

Emocoltura (FADOI,’07)

slide25

Diagnosi delle infezioni respiratorie

- Più del 50% non sono diagnosticate- Non c’è un solo test per fare diagnosi - coltura secrezioni - emocoltura - ricerca antigeni (RSV, Legionella, S.pneumoniae, Aspergillus,…)- Per i batteri, spesso non è unproblema tecnico, ma diinterpretazione !!!!

slide26

Diagnosi: due quesiti

- Se isolo patogeni (spesso presenti anche nel cavo orale), sono quelli colonizzanti o sono quelli che hanno raggiunto il polmone?

In pratica:Ho raccolto quelli del cavo orale o quelli dell’infezione ?

slide27

Diagnosi: due quesiti

- Se isolo non patogeni (normalmente non presenti nel cavo orale), sono quelli che hanno colonizzato il tratto respiratorio alto o hanno raggiunto anche il polmone?

In pratica:Ho raccolto quelli delle alte vie o quelli dell’infezione ?

slide28

Infezioni delle basse vie respiratorie

La contaminazione con la flora del cavo orale inficia il risultato dell’esame colturale

slide29

Campioni NON protetti

Passano attraverso il cavo orale:- Espettorato (anche indotto, protetto)

Raccolti con broncoscopio attraverso il cavo orale:- Lavaggio tracheo-bronchiale

Raccolti con aspirazione: - durante la broncoaspirazione di intubati:- Aspirato tracheo-bronchiale- attraverso fistola tracheostomica:- Aspirato da tracheo-stomia

slide30

Diagnosi

Come evitare la raccolta dei colonizzanti?

slide31

Campioni protetti

- PSB= Brushing endo-bronchiale protetto- Mini-BAL= Lavaggio bronco-alveolare protetto

- BAL= Lavaggio bronco-alveolare (più negli immuno-compromessi o polmoniti interstiziali)

vap diagnosi cdc draft 2002 gisig 1998
VAP: DiagnosiCDC Draft 2002 -GISIG 1998
  • - i criteri tradizionali:
      • - clinici (tosse, febbre, leucocitosi, secrezioni purulente)
      • - strumentali (evidenze radiologiche di un infiltrato nuovo o progressivo)
      • - microbiologici (coltura dell’aspirato endotracheale, l.pleurico, sangue)
    • NON SONO SUFFICIENTI PER UNA VAP
  • PERCHE’ ASPECIFICI E INAFFIDABILI
vap standardizzazione dei metodi diagnostici cdc draft 2002 gisig 1998
VAP: Standardizzazione dei metodi diagnosticiCDC Draft 2002 -GISIG 1998
  • - PSB (Protected Specimen Brush)
  • - BAL (Broncho-Alveolar Lavage)
  • - Mini-BAL (Protected Broncho-Alveolar Lavage)
slide39

Criteri di idoneità

Esame microscopico

Cellule bronchiali epiteliali squamose

Neutrofili

Batteri intracellulari

Flora Cavo Orale

Semina

Non Protetti con 1 mcl

Protetti con 10 mcl

Rilevazione cariche

Non Protetti > 106 ucf/ml

Broncolavaggio > 104 ucf/ml

Mini-BAL > 102 ucf/ml

Identificazione microrganismi

Patogeni

Non Patogeni

slide40

Esame microscopico

IdoneoNon idoneo

slide44

Esame microscopico: Q-score

Lettura: media di 10 campi

slide45

Semina NON protetti

Significative cariche >106 (10-100 UCF)

slide46

Semina protetti

Significative cariche >103 (1-10 UCF)(104 per BAL: 10-100 colonie)

slide47

…e valutare il germe in causa

Cioccolato 1l (diluito 1:10)

- assenza crescita- 1 CFU = 104- 10 CFU = 105 - 100 CFU = 106 > 100 CFU = 107

Patogeni

Non Patogeni

FBM

ATB +ID

descrittivo

FBM

microrganismi respiratori
Microrganismi respiratori

Patogeni

-BGN (fermentanti e non)-S. pneumoniae e beta-emolitici-S.aureus-Haemophilus influenzae-B.catarrhalis

Non patogeni

- S.coagulasi negativi- Strept. alfa-emolitici- Neisseriaceae- Altri Haemophilus

emocoltura
Emocoltura

20-30% polmoniti batteriche hanno batteriemia

L’emocoltura dovrebbe essere sempre eseguita

in caso di polmonite

ad