1 / 66

BIOTEHNOLOĢIJA III : REKOMBINANTU BIOTEHNOLOĢIJA

BIOTEHNOLOĢIJA III : REKOMBINANTU BIOTEHNOLOĢIJA. JAUNĀ BIOTEHNOLOĢIJA. I. Muižnieks, 2013. g. SVEŠA PROTEĪNA EKSPRESIJA BAKTĒRIJĀS 1. EKSPRESIJAS REGULĀCIJAS LĪMEŅI 2. TRANSKRIPCIJAS REGULĀCIJA promoters operators aktivatori terminatori 3 . DNS SEKVENĒŠANAS PRINCIPI

ajaxe
Download Presentation

BIOTEHNOLOĢIJA III : REKOMBINANTU BIOTEHNOLOĢIJA

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. BIOTEHNOLOĢIJA III : REKOMBINANTU BIOTEHNOLOĢIJA JAUNĀ BIOTEHNOLOĢIJA I. Muižnieks, 2013. g.

  2. SVEŠA PROTEĪNA EKSPRESIJA BAKTĒRIJĀS • 1. EKSPRESIJAS REGULĀCIJAS LĪMEŅI • 2. TRANSKRIPCIJAS REGULĀCIJA • promoters • operators • aktivatori • terminatori • 3. DNS SEKVENĒŠANAS PRINCIPI • 4. DNS UN PROTEĪNU MIJIEDARBĪBAS PĒTĪŠANA

  3. GĒNU INŽENIERIJA RESTRIKTĀZES, LIGĀZES, DNS MODIFICĒJOŠIE ENZĪMI

  4. GĒNA EKSPRESIJAS REGULĀCIJAS LĪMEŅI: • Transkripcija • mRNS stabilitāte • Translācija • Proteīna funkcionalitāte un stabilitāte • Replikona funkcionalitāte un stabilitāte • Šūnas kopējie regulācijas tīkli un metabolisma homeostāze

  5. GĒNS - NUKLEOTĪDU SECĪBA, KAS KODĒ PROTEĪNA STRUKTŪRU O P KODĒJOŠĀ DAĻA T GĒNA DARBĪBU REGULĒ: P - promoters, nukleīnskābes rajons, kurā sākas gēna informācijas pārrakstīšana par mRNS O - operators, nukleīnskābes rajons, kas regulē promotera aktivitāti T - terminators, nukleīnskābes rajons, kurā tiek pārtraukta gēna transkripcija

  6. Transkripcija un translācija: prokarioti/ eikarioti

  7. Transkripcijas cikls

  8. Transkripcijas regulācija Polimerāzes saistīšanas etapi

  9. Promotera un RNS polimerāzes saisitības efektivitātes noteikšana Hinc restrikcijas saita aizsardzība ar RNAPol proteīnu

  10. Promotera spēks – RNS sintēzes efektivitātes mērīšana

  11. Transkripcijas regulācija

  12. GĒNU EKSPRESIJAS REGULĀCIJA Transkripcijas regulācija Operons Cistrons +1 Operators RNA-Pol piesaiste SD DB

  13. Promoters Promotera sekvences pamatelementi

  14. Transkripcijas regulācija

  15. METODES mRNS starta punkta kartēšana ar S1 nukleāzi DNS fragments, kas satur promotera rajonu Plazmīda ar klonētu promotera rajonu

  16. DNS sekvenēšana ar daļēji specifiskas ķīmiskās degradācijas palīdzību Walter Gilbert, 1932 Andrejs Mirzabekovs, 1937 -2002

  17. http://nationaldiagnostics.com/article_info.php/articles_id/20http://nationaldiagnostics.com/article_info.php/articles_id/20

  18. benzoyl dimethoxytrityl 3'-O-(N,N-diisopropyl phosphoramidite) isobutyryl

  19. Frederick Sanger, 1918

  20. www.nwfsc.noaa.gov/.../figures/moranfig4.htm

  21. METODES Manuāla sekvenēšana

  22. Analīzes metodes

  23. Resekvenēšanas metodes “Resekvenēšana”, vai genoma sekvenēšana nto reizi, vai genoma daļas sekvenēšana organismam, kam viena genoma sekvence jau zināma (vai pat radniecīgam organismam) ir vieglāka un lētāka nekā de novo sekvenēšana. Vairākas firmas piedāvā liela apjoma, ātrdarbīgas paralēlās resekvenēšanas platformas. 454 Life Sciences (http://www.454.com/enabling-technology/the-system.asp) Solexa (Illumina) (http://www.illumina.com/pages.ilmn?ID=203)

  24. PERSONISKIE GENOMA PROJEKTI Samuel Levy, et al. (Craig Venter) The Diploid Genome Sequence of an Individual Human PLoS BIOLOGY October 2007 | Volume 5 | Issue 2113 10 | e254 David A. Wheeler, et al. (James Watson) The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing Nature 452, 872-876 (17 April 2008) Jeffrey M. Kidd, et al. Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes Nature 453, 56-64 (1 May 2008)

  25. Analīzes metodes

  26. Analīzes metodes Solex – Illumina tehnoloģija

  27. Analīzes metodes Solex – Illumina tehnoloģija

  28. Analīzes metodes Solex – Illumina tehnoloģija

  29. Solex – Illumina

  30. JONU PUSVADĪTĀJU SEKVENĒŠANA –ION TORRENT TECHNOLOGIES

  31. January 10, 2012 Life Technologies Benchtop Ion Proton Sequencer will sequence human genomes in one day for less than $1000 by yearend and Illumina will have a competing sub-$1000 per human genome sequencer by yearend The Ion Proton™ Sequencer is ideal for sequencing both exomes — regions in the DNA that code for protein — and human genomes. The Ion Proton™ I Chip, ideal for sequencing exomes, will be available mid-2012. The Ion Proton™ II Chip, ideal for sequencing whole human genomes, will be available about six months later. In addition, the Ion Proton™ OneTouch™ system automates template prep and a stand-alone Ion Proton™ Torrent Server performs the primary and secondary data analysis.

  32. Nanopore DNA sequencing technique promises entire genome in minutes or your money back

  33. PERSONISKIE GENOMA PROJEKTI Samuel Levy, et al. (Craig Venter) The Diploid Genome Sequence of an Individual Human PLoS BIOLOGY October 2007 | Volume 5 | Issue 2113 10 | e254 David A. Wheeler, et al. (James Watson) The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing Nature 452, 872-876 (17 April 2008) Jeffrey M. Kidd, et al. Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes Nature 453, 56-64 (1 May 2008) October 31, 2012 An integrated map of genetic variation from 1092 human genomes An Integrated map of genetic variation from 1092 human genomes is now available from Nature and can be downloaded directly from the ftp site.

  34. Knome Software Makes Sense of the Genome The startup’s software takes raw genome data and creates a usable report for doctors. June 12, 2012 Advances in DNA sequencing technology have sharply reduced the amount of time and money required to identify all three billion base pairs of DNA in a person’s genome. But the use of genomic information for medical decisions is still limited because the process creates such large volumes of data. Less than five years ago, Knome, based in Cambridge, Massachusetts, made headlines by offering what seemed then like a low price—$350,000—for a genome sequencing and profiling package. The same service now costs just a few thousand dollars.

  35. Transkripcijas regulācija Operators lacZ – b galaktozidāze lacY – laktozes permeāze lacA – laktozes transacetilāze laktoze 1, 4-O-b-D-galaktopiranozil-a-D-glikopiranozīds Negatīvā kontrole ar iespējamu indukciju Represors / induktors

  36. Izopropil-β-D-tio-galaktozīds (IPTG) lac operona induktors Ortofenil-β-D-galaktozīds lac operona hromogēnais substrāts 5-bromo-4-hloro-3-indolil-β-D-galaktozīds (X-gal) lac operona hromogēnais substrāts

  37. Operators Triptofāns Indolilakrilskābe Negatīvā kontrole ar iespējamu represiju Aporepresors / korepresors

  38. Operators Pozitīvā kontrole ar represiju Aktivators / inhibītors

  39. Operators Pozitīvā kontrole ar indukciju Apoaktivators / Koaktivators

  40. Transkripcijas regulācija: UP (proteīna neatkarīgie) - elementi

  41. Transkripcijas regulācija: CAP aktivācija CAP- proteīna saistīšanās konsensus: TGTGA --- N6 --- TCACA

More Related