Bakteerien taksonomia
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 12

Bakteerien taksonomia PowerPoint PPT Presentation


  • 123 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

Bakteerien taksonomia. Taksonominen hierarkia Domeenit – Fyylat – Luokat – Alaluokat – Lahkot – Heimot – Suvut – Lajit – Alalajit Yli 5000 lajia identifioitu Arvio: ehkä vain 0,01…1% olemassa olevista bakteereista tunnetaan Noin 16 000 bakteerikannan 16SrDNA sekvenssit on taltioitu

Download Presentation

Bakteerien taksonomia

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Bakteerien taksonomia

Bakteerien taksonomia

  • Taksonominen hierarkia

    • Domeenit – Fyylat – Luokat – Alaluokat – Lahkot – Heimot – Suvut – Lajit – Alalajit

  • Yli 5000 lajia identifioitu

  • Arvio: ehkä vain 0,01…1% olemassa olevista bakteereista tunnetaan

  • Noin 16 000 bakteerikannan 16SrDNA sekvenssit on taltioitu

  • Jos 16SrDNA sekvenssien samanlaisuus < 97% , kuuluvat vertailtavat bakteerit eri sukuihin

  • Käsikirja bakteerien ominaisuuksista ja taksonomiasta

    • Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology

Etunimi Sukunimi


Bakteerien taksonomia

Classification order

KingdomPhylumClass OrderFamilyGenusSpecies

Etunimi Sukunimi


Bakteeriluokat 1

Bakteeriluokat, 1

  • Aquificae

    • G-, itiöttömiä, termofiilejä, aerobeja tai anaerobeja esim. Aquifex aeolicus (genomi)

  • Thermotogae

    • G-, itiöttömiä, anaerobeja esim. Thermotoga maritima (genomi)

  • Thermodesulfobacteria

    • G-, termofiilejä, aerobeja tai anaerobeja

  • Deinococci

    • yleensä G+, aerobeja esim. Deinococcus radiodurans (genomi) ja Thermus spp.

  • Chrysiogenetes

    • vain 1 laji

  • Chloroflexi

    • G-, aerobeja tai anaerobeja, fototrofeja

  • Thermomicrobia

    • 1 suku (Thermomicrobium)

Etunimi Sukunimi


Bakteeriluokat 2

Bakteeriluokat, 2

  • Nitrospira

    • G-, kemoautotrofeja, esim. Magnetobacterium spp.

  • Deferribacteres

    • G-, kemoheterotrofeja

  • Cyanobacteria

    • fotosynteettisiä, pimeässä heterotrofeja, ennen sinilevät; esim. Synechocystis sp. (genomi)

  • Chlorobia

    • anaerobeja, fotosynteettisiä, rikkibakteereita

  • Alfaproteobacteria

    • G-, monipuolisia esim. Acetobacter, Gluconobacter, Zymomonas, Rhizobium, Nitrobacter

  • Betaproteobacteria

    • useita taudinaiheuttajia esim. Bordetella pertussis (hinkuyskä), Neisseria meningitidis (aivokalvontulehdus)

    • Thiobacillus, Methylophilus, Nitrosomonas

Etunimi Sukunimi


Bakteeriluokat 3

Bakteeriluokat, 3

  • Gammaproteobacteria

    • esim. Legionella, Vibrio cholera, Pasteurella, Salmonella, Xanthomonas, Pseudomonas aeruginosa, Erwinia, Serratia, Shigella, Yersinia, E.coli

  • Deltaproteobacteria

    • pääasiassa anaerobeja, sulfaatin pelkistäjiä esim. Desulfovibrio

  • Epsilonproteobacteria

    • esim. Campylobacter jejuni (genomi), Helicobacter pylori

  • Clostridia

    • G+, lämpökestävien itiöiden muodostajia esim. Clostridium, Sarcina, Pectinatus

  • Mollicutes

    • esim. Mycoplasma ja muita patogeeneja

  • Bacilli

    • esim. Bacillus, Lactobacillus, Listeria, Streptococcus

Etunimi Sukunimi


Bakteeriluokat 4

Bakteeriluokat, 4

  • Actinobacteria

    • proteobakteerien jälkeen lajirikkain, korkea GC-pitoisuus (guaniini + sytosiini DNA/RNA:ssa), monilla ilmarihmastoa esim. Mycobacterium tuberculosis, M. leprae, Corynebacterium, Actinoplanes, Propionibacterium, Saccharopolyspora, Streptomyces, Frankia, Bifidobacterium

  • Planctomycetacia

    • pieni luokka

  • Chlamydiae

    • taudinaiheuttajia C. pneumonia (hengitystieinf.), C. trachomatis (sukupuolitauti)

  • Spirochaetes

    • sis. parasiitteja ja patogeeneja esim. Treponema pallidum (kuppa)

  • Fibrobacteres

    • obligaatteja anaerobeja, G-, itiöttömiä

Etunimi Sukunimi


Bakteeriluokat 5

Bakteeriluokat, 5

  • Acidobacteria

    • G-, aerobeja tai anaerobeja

  • Bacteroides

    • anaerobeja, suussa ja suolistossa

  • Flavobacteria

    • pääasiassa vesibakteereita, usein keltaisia

  • Sphingobacteria

    • esim. Cytophaga, Chitinophaga, lyyttisiä

  • Fusobacteria

    • esim. suussa (plakki) filamenttimaisia

  • Verrucomicrobiae

    • G-, sauvoja

  • Dictyoglomi

    • Dictyoglomus thermophilum, G-, ksylanaasi

Etunimi Sukunimi


Teollisesti t rkeit bakteereja

Teollisesti tärkeitä bakteereja

  • Gramnegatiivisia:

    • Escherichia coli(vieraiden proteiinien ja aminohappojen tuotto)

    • Gluconobacter oxydans(C-vitamiinin ja etikan tuotto)

    • Acetobacter aceti(etikan tuotto)

    • Zymomonas mobilis(etanolin tuotto)

    • Thiobacillus ferrooxidans(rautamalmien liuotus)

    • Pseudomonas fluorescens(vieraiden proteiinien tuotto)

    • Clostridium acetonutylicum(asetonin ja butanolin tuotto)

  • Grampositiivisia:

    • Bacillus subtilis(proteiinien ja entsyymien tuotto)

    • Lactobacillus spp.(meijerihapatteet, probiootit)

    • Lactoococcus lactis(hapate, diasetyylin (voin maku) tuotto)

    • Corynebacterium glutamicum(aminohappojen tuotto)

    • Streptomyces spp.(antibioottien, entsyymien tuotto)

Etunimi Sukunimi


Taksonomiset tunnistusenetelm t

Taksonomiset tunnistusenetelmät

  • Fenotyyppiset ominaisuudet

    • ulkonäkö ja morfologia

    • värjäystekniikat

    • aineenvaihdunta ja trofiat

    • suhtautuminen happeen

    • lipidien kemiallinen koostumus

    • kapselien muodostus ja niiden koostumus

    • pigmenttien muodostus ja koostumus

    • olosuhdetoleranssit

    • patogeenisuus

    • antibioottiherkkyydet

    • symbioottiset suhteet

    • elinympäristö

Etunimi Sukunimi


Taksonomiset tunnistusenetelm t1

Taksonomiset tunnistusenetelmät

  • Genotyyppiset ominaisuudet

    • GC-pitoisuus (guaniini+sytosiini/(adeniini+guaniini+sytosiini+tymiini; bakteereilla 20…80 %)

    • 16SrDNA sekvenointi (DNAn monistus PCR:lla, sekvenointi, vertailu DB-da taan, => lajikohtaiset alueet paljastavia; jos ei min. 97% ident tisyyttä löydy => uusi laji)

    • DNA-DNA hybridisointi (leimattu koetin (probe); sekvenssien samankaltaisuus => hybridisointi; >70% hybridisoituu => sama laji, >20…30% hybridisoituu => sama suku)

Etunimi Sukunimi


Taksonomiset tunnistusenetelm t2

Taksonomiset tunnistusenetelmät

  • Ribotyypitys (ribotyping, ”molecular fingerprinting”) (DNA tai 16SrDNA katkotaan restriktioentsyymeillä, erotellaan pätkät elektroforeesilla

    • FISH tunnistus (esim. kliinisistä näytteistä) (fluorescent in-situ hybridization; fluoresoivat 16SrDNA koettimet suoraan solujen sisään, mikroskopointi fluoresenssimikroskoopilla)

Etunimi Sukunimi


Taksonomiset tunnistusenetelm t3

Taksonomiset tunnistusenetelmät

  • Lipidien kemia

    • arkit vs. bakteerit (eetterilipidit vs. esterilipidit)

    • rasvahappoanalyysit (rasvahapot uutetaan soluista, metyloidaan ja analysoidaan kaasukromatografisesti, verrataan tietokannoissa olevaan dataan)

    • rasvahappomenetelmän ongelma: solujen rasvahappokoostumus vaihtelee solun kasvun aikana

Etunimi Sukunimi


  • Login