IF803 - Introdução à Biologia Molecular Computacional

1. IF803 - Introdução à Biologia Molecular Computacional Profa. Katia Guimarães 2007/2

2. Conteúdo Programático 1. Visão geral da Biologia Molec. Computacional 2. Alinhamento de Seqüências e Seqüenciamento de DNA 3. Classificação de Seqüências Biológicas 4. Estruturas de Dados Biológicos e Busca em Cadeias 5. Introdução à Biologia celular 6. Famílias de Proteínas e Predição de Estruturas 7. Bancos de Dados Biológicos

3. Referências Bibliográficas Handbook of Computational Molecular Biology. Srinivas Aluru - Chapman & Hall/CRC, 2006. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. Neil C. Jones and Pavel Pevzner - The MIT Press, 2004. Computational Molec. Biology - An Algorithmic Approach. Pavel Pevzner - The MIT Press, 2000. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. A. Baxevanis & F. Ouellette - Wiley, 1998. Introduction to Computational Molecular Biology. J. C. Setubal & J. Meidanis - PSW Publ. Co., 1997. Essential Cell Biology: An Intr. to the Molec. Biol. of the Cell. Bruce Alberts et al. - Garland Pub., 1997.

4. Calendário Acadêmico Início das aulas: 02/10/2007 Aulas: Terças, 10:00-12:00hs e Quintas, 08:00-10:00hs Não teremos aula nos dias: Quinta, 25/out -- Reunião geral do CIn Quinta, 01/nov -- X-Meeting Quinta, 15/nov -- Feriado Proclamação da República Término das aulas: 24/01/2008

5. Projetos e Avaliação O curso terá vários projetos que serão introduzidos ao longo do semestre. Eles vão requerer programação, de preferência em: C, C++, Python ou Perl. Alunos de Computação que não dominam nenhuma destas linguagens e alunos de outros cursos devem falar com a profa. Katia sobre isso na primeira semana de aula.

6. Visão Geral da Biologia Molecular Computacional História   Ciências envolvidas   Estrutura e função do DNA, do RNA e das proteínas Tipos de Problemas Computacionais Métodos da Biologia Computacional

7. Alinhamento de Seqüências e Seqüenciamento de DNA   Replicação de DNA, Clonagem e Construção de Bibliotecas    Alinhamento de duas seqüências    Alinhamento de múltiplas seqüências    Repeats, Contigs e Scaffolds    Alguns programas de montagem de DNA  (Phred/Phrap/Consed, CAP3)

8. Seqüenciamento de DNA Uso de métodos bioquímicos para determinar a ordem dos nucleotídeos em uma amostra. Método Chain-termination

9. Classificação de Seqüências Biológicas Estrutura do DNA: Genes, intron, exons, regiões reguladoras, sítios de ligação Anotação de Seqüências Estrutura e função do DNA, do RNA e das proteínas Tradução, transcrição e o código genético

10. Estruturas de Dados Biológicos e Busca em Cadeias Tries Patricia Suffix Trees Suffix Arrays

11. Introdução à Biologia celular Sinalização intra-celular Regulação gênica Expressão gênica Análise de Dados de Micro-array Redes de Genes Complexos e processos metabólicos

12. Famílias de Proteínas e Predição de Estruturas Protein Data Bank (PDB) Níveis de representação de proteínas Domínios conservados e famílias de proteínas Predição de estruturas de proteínas

13. Bancos de Dados Biológicos    Seqüências de DNA    Genomas    Seqüências de proteínas    Estruturas de proteínas    Interação proteína-proteína    Caminhos metabólicos    Microarrays    Diversos (SNPs, doenças)

14. Bancos de Dados Biológicos NCBI / NLM / NIH Gen Bank Protein Data Bank Europian Bioinformatics Institute